126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1137 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1137  short chain fatty acid transporter  100 
 
 		 462 aa  916    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.534367 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1708  short chain fatty acid transporter  60.09 
 
 		 446 aa  543  1e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3052  short chain fatty acid transporter  53.83 
 
 		 457 aa  498  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.284551 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3315  hypothetical protein  52.01 
 
 		 448 aa  482  1e-135  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3110  hypothetical protein  52.23 
 
 		 448 aa  482  1e-135  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3000  short-chain fatty acids transporter  52.01 
 
 		 448 aa  483  1e-135  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.405946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3356  hypothetical protein  52.23 
 
 		 448 aa  482  1e-135  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3308  hypothetical protein  52.23 
 
 		 448 aa  484  1e-135  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000959102  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3328  hypothetical protein  52.01 
 
 		 448 aa  484  1e-135  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3033  short chain fatty acid transporter  52.01 
 
 		 448 aa  484  1e-135  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.625274  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3329  hypothetical protein  52.23 
 
 		 448 aa  482  1e-135  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3097  short-chain fatty acids transporter  51.79 
 
 		 448 aa  480  1e-134  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2108  short chain fatty acid transporter  52.6 
 
 		 448 aa  473  1e-132  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.289141  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0888  short chain fatty acid transporter  54.55 
 
 		 439 aa  456  1e-127  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2249  short chain fatty acid transporter  51.24 
 
 		 440 aa  444  1e-123  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3088  short chain fatty acid transporter  50.34 
 
 		 436 aa  413  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2938  short chain fatty acid transporter  49.32 
 
 		 436 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01176  hypothetical Short chain fatty acid transporter  50.23 
 
 		 435 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.680659  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1391  Short-chain fatty acid transporter  48.21 
 
 		 443 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1445  short chain fatty acid transporter  47.51 
 
 		 435 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1201  short chain fatty acid transporter  49.12 
 
 		 447 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2886  short chain fatty acid transporter  48.77 
 
 		 442 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2982  short chain fatty acid transporter  48.99 
 
 		 442 aa  396  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3081  short chain fatty acid transporter  48.57 
 
 		 451 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.45839  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3091  short chain fatty acid transporter  48.25 
 
 		 451 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1286  short chain fatty acid transporter  48.46 
 
 		 451 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.567744 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3234  short chain fatty acid transporter  48.68 
 
 		 451 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2803  short chain fatty acid transporter  48.77 
 
 		 442 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02150  short chain fatty acid transporter  46.38 
 
 		 440 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.795271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1435  short chain fatty acid transporter  46.38 
 
 		 440 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.203536  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02109  hypothetical protein  46.38 
 
 		 440 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.853182  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2364  putative short chain fatty acid transporter  46.38 
 
 		 440 aa  382  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1427  short chain fatty acid transporter  46.38 
 
 		 440 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516519 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2372  putative short chain fatty acid transporter  46.38 
 
 		 440 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.608941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1677  hypothetical protein  48.22 
 
 		 440 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0121429  normal  0.563194 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3747  hypothetical protein  48.13 
 
 		 450 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.243526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4279  short chain fatty acid transporter  49.11 
 
 		 440 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0354483  normal  0.955578 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4221  short chain fatty acid transporter  48.67 
 
 		 440 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.545369  normal  0.396779 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0831  hypothetical protein  48.39 
 
 		 456 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.627864  normal  0.0867852 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3939  short chain fatty acid transporter  44.49 
 
 		 445 aa  325  9e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.506022  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4680  short chain fatty acid transporter  40.41 
 
 		 445 aa  317  4e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0556803  normal  0.668538 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3761  short chain fatty acid transporter  39.91 
 
 		 442 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0115875 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1419  short chain fatty acid transporter  42.25 
 
 		 434 aa  312  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.989346 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2419  short chain fatty acid transporter  40.53 
 
 		 464 aa  301  1e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1923  short-chain fatty acids transporter  40.31 
 
 		 455 aa  301  2e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15960  short chain fatty acids transporter  43.37 
 
 		 441 aa  285  1.0000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.287757  normal  0.0635103 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3807  short chain fatty acid transporter  35.29 
 
 		 474 aa  209  6e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.164784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1381  Short chain fatty acid transporter  31.4 
 
 		 482 aa  192  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.789846  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3147  short chain fatty acid transporter  31.35 
 
 		 489 aa  187  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1689  short chain fatty acid transporter  29.85 
 
 		 471 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.316692 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0648  short chain fatty acid transporter  31.39 
 
 		 479 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2232  short chain fatty acid transporter  31.24 
 
 		 474 aa  181  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.606878  normal  0.533903 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4736  short chain fatty acid transporter  32.41 
 
 		 491 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3457  short-chain fatty acid transporter  30.67 
 
 		 472 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5759  Short chain fatty acid transporter  31.79 
 
 		 482 aa  177  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0613926  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3646  short chain fatty acid transporter  30.8 
 
 		 478 aa  176  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.030585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4768  Short chain fatty acid transporter  30.43 
 
 		 472 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.122565 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0243  short chain fatty acid transporter  29.04 
 
 		 478 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.254017 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2433  short chain fatty acid transporter  30.56 
 
 		 472 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.7764  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6880  Short chain fatty acid transporter  30.56 
 
 		 483 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0265966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3239  Short chain fatty acid transporter  29.82 
 
 		 472 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.243579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4199  short chain fatty acid transporter  31.53 
 
 		 492 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0850906  normal  0.824523 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38610  hypothetical protein  31.4 
 
 		 474 aa  163  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.457227  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3124  short-chain fatty acid transporter family protein  30.61 
 
 		 472 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.04212  normal  0.891467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2592  short chain fatty acid transporter  30.61 
 
 		 509 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2733  short chain fatty acid transporter  30.37 
 
 		 472 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2627  short chain fatty acid transporter  30.96 
 
 		 479 aa  159  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.764911  normal  0.061315 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2304  short chain fatty acid transporter  30.98 
 
 		 479 aa  159  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0856531  normal  0.0189751 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3291  hypothetical protein  30.77 
 
 		 474 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2348  short chain fatty acid transporter  30.96 
 
 		 479 aa  158  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.294076 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33780  Short chain fatty acid transporter family protein  31.45 
 
 		 494 aa  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0368969  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2668  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  36.96 
 
 		 460 aa  51.6  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0064  AbgT putative transporter  42.37 
 
 		 518 aa  50.1  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000877421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1143  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  45.1 
 
 		 484 aa  49.7  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.171784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0146  AbgT putative transporter  25.67 
 
 		 519 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2386  hypothetical protein  36.73 
 
 		 509 aa  49.3  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.416992  normal  0.0308106 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01760  hypothetical protein  43.1 
 
 		 500 aa  47.8  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0028  AbgT putative transporter  37.04 
 
 		 512 aa  47.4  0.0006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.790153  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0151  AbgT putative transporter  25.37 
 
 		 519 aa  47.4  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1853  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  40 
 
 		 461 aa  47.4  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000744962  normal  0.0199441 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00653  putative p-aminobenzoyl-glutamate transport protein (AbgT family)  37.11 
 
 		 525 aa  47  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0160  transporter, putative  25.83 
 
 		 519 aa  47  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1502  hypothetical protein  34.69 
 
 		 520 aa  47  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.342277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3438  hypothetical protein  28.65 
 
 		 513 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2448  hypothetical protein  28.65 
 
 		 513 aa  47  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000669935  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4261  C4-dicarboxylate anaerobic carrier-like protein  40 
 
 		 460 aa  47  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1005  hypothetical protein  40.85 
 
 		 502 aa  46.6  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2592  hypothetical protein  28.65 
 
 		 513 aa  46.6  0.0009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000045044  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2454  hypothetical protein  28.65 
 
 		 513 aa  46.6  0.0009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000219916  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02223  predicted inner membrane protein  28.65 
 
 		 506 aa  46.6  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000247482  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1358  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  28.65 
 
 		 492 aa  46.6  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126812  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2328  efflux pump component MtrF  28.38 
 
 		 516 aa  46.6  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.25696  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0146  AbgT putative transporter  26.19 
 
 		 519 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3423  transporter  42.19 
 
 		 515 aa  45.8  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.898769 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0147  AbgT putative transporter  45.61 
 
 		 519 aa  46.2  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1678  hypothetical protein  33.68 
 
 		 514 aa  46.2  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.113687  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1354  hypothetical protein  28.65 
 
 		 492 aa  46.6  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000651661  normal  0.856488 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0018  AbgT putative transporter  35.19 
 
 		 511 aa  46.6  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2674  hypothetical protein  28.65 
 
 		 513 aa  46.2  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000012139  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02183  hypothetical protein  28.65 
 
 		 506 aa  46.6  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000257833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>