236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1097 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  100 
 
 		 446 aa  917    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  52.71 
 
 		 441 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  51.84 
 
 		 443 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  47.41 
 
 		 448 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  47.02 
 
 		 425 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  46.68 
 
 		 447 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  46.55 
 
 		 448 aa  388  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  47.64 
 
 		 445 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  47.41 
 
 		 445 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  46.17 
 
 		 441 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  45.08 
 
 		 447 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  45.08 
 
 		 447 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  45.08 
 
 		 447 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  45.08 
 
 		 447 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  45.95 
 
 		 441 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  44.86 
 
 		 441 aa  368  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  45.25 
 
 		 440 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  43.64 
 
 		 446 aa  360  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  48.14 
 
 		 421 aa  359  7e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  47.26 
 
 		 421 aa  359  7e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  46.5 
 
 		 447 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  44.01 
 
 		 441 aa  354  1e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  46.36 
 
 		 447 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  46.36 
 
 		 447 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  44.42 
 
 		 420 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  45.02 
 
 		 427 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  44.86 
 
 		 422 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  41.29 
 
 		 431 aa  348  8e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  44.66 
 
 		 420 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  44.17 
 
 		 420 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  44.66 
 
 		 448 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  44.88 
 
 		 455 aa  340  4e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  42.06 
 
 		 435 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  41.83 
 
 		 435 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  41.57 
 
 		 468 aa  318  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  44.29 
 
 		 414 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  41.92 
 
 		 452 aa  310  4e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  40.67 
 
 		 449 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  40.67 
 
 		 479 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  41.22 
 
 		 452 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  40.86 
 
 		 427 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  41.09 
 
 		 427 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  41.92 
 
 		 417 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  39.05 
 
 		 444 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  39.26 
 
 		 444 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  39.2 
 
 		 421 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  37.92 
 
 		 422 aa  283  5.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  38.06 
 
 		 425 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  37.85 
 
 		 425 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  38.8 
 
 		 454 aa  276  7e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  39.26 
 
 		 433 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  39.03 
 
 		 433 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  39.03 
 
 		 429 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  38.29 
 
 		 418 aa  273  5.000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  39.22 
 
 		 433 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  37.3 
 
 		 429 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  38.71 
 
 		 438 aa  273  7e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  37.53 
 
 		 433 aa  270  5e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  36.22 
 
 		 421 aa  270  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  36 
 
 		 421 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  37.45 
 
 		 439 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  36.3 
 
 		 411 aa  266  5.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  37.31 
 
 		 444 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  38.18 
 
 		 444 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  37.53 
 
 		 429 aa  262  8e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  38.18 
 
 		 444 aa  262  8e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  36.81 
 
 		 439 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5115  putative porin  38.22 
 
 		 478 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470464  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  37.96 
 
 		 444 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  37.3 
 
 		 429 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  36.6 
 
 		 439 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  36.6 
 
 		 439 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  37.3 
 
 		 429 aa  259  8e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  36.22 
 
 		 444 aa  259  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  35.97 
 
 		 412 aa  256  7e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58410  putative porin  38.48 
 
 		 484 aa  256  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  35.1 
 
 		 416 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  38.22 
 
 		 431 aa  253  6e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  35.43 
 
 		 421 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  38.22 
 
 		 431 aa  252  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  36.38 
 
 		 417 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  36.72 
 
 		 417 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  36.98 
 
 		 452 aa  249  5e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  37.14 
 
 		 417 aa  249  8e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  35.96 
 
 		 418 aa  249  8e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  36.72 
 
 		 417 aa  249  8e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  36.7 
 
 		 418 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  37 
 
 		 424 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4930  outer membrane porin  37.44 
 
 		 424 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  37.3 
 
 		 416 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  35.71 
 
 		 417 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  35.51 
 
 		 418 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  34.72 
 
 		 420 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  36.51 
 
 		 415 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  34.47 
 
 		 420 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  36.65 
 
 		 421 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  36.03 
 
 		 417 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  35.84 
 
 		 418 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  36.49 
 
 		 418 aa  243  5e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  34.52 
 
 		 423 aa  243  5e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>