More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1080 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
241 aa  487  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  28.64 
 
 
572 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 
247 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  28.18 
 
 
572 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 
255 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 
251 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
262 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 
262 aa  73.2  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1907  histidine kinase  26.1 
 
 
560 aa  71.2  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.649995 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  24.28 
 
 
257 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  22.76 
 
 
255 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  24.07 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  28 
 
 
262 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 
252 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 
255 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 
272 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  23.21 
 
 
596 aa  68.6  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.47 
 
 
584 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  26.73 
 
 
264 aa  68.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 
257 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 
265 aa  67.8  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.02 
 
 
264 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 
264 aa  66.2  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 
261 aa  65.9  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.53 
 
 
604 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  28.78 
 
 
303 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  23.75 
 
 
257 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 
257 aa  65.1  0.0000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  23.33 
 
 
257 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.39 
 
 
620 aa  65.1  0.0000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  30.16 
 
 
251 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  25.93 
 
 
254 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0471  extracellular solute-binding protein  21.5 
 
 
254 aa  64.3  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.295976  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  25 
 
 
262 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 
270 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.39 
 
 
1047 aa  63.5  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 
248 aa  63.5  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  23.79 
 
 
598 aa  63.2  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 
259 aa  63.2  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 
259 aa  63.2  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  28.05 
 
 
248 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  27.62 
 
 
251 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  27.62 
 
 
251 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.97 
 
 
253 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  21.94 
 
 
265 aa  62.4  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.78 
 
 
1047 aa  62.4  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.27 
 
 
276 aa  62  0.000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
262 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  25.23 
 
 
590 aa  61.2  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3233  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 
263 aa  61.2  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.228634  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  22.94 
 
 
289 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 
262 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  28.99 
 
 
254 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
246 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 
251 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  28.26 
 
 
243 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 
263 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  25.48 
 
 
228 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  28.82 
 
 
257 aa  60.1  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.48 
 
 
1055 aa  60.1  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  24.14 
 
 
246 aa  60.1  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3545  solute-binding family 3 protein  22.75 
 
 
263 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  25.47 
 
 
288 aa  59.7  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  26.34 
 
 
275 aa  59.7  0.00000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 
276 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 
286 aa  59.3  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 
254 aa  58.9  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 
268 aa  58.9  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.99 
 
 
503 aa  58.9  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  25.91 
 
 
599 aa  58.5  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  25 
 
 
502 aa  58.5  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  21.43 
 
 
265 aa  58.5  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 
270 aa  58.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.65 
 
 
289 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.07 
 
 
503 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  25 
 
 
502 aa  58.5  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  25.91 
 
 
597 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  25 
 
 
252 aa  57.4  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.2 
 
 
251 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1579  metal dependent phosphohydrolase  22.73 
 
 
618 aa  57.8  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3190  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 
226 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0211783 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1665  amino acid ABC transporter periplasmic protein  20.72 
 
 
282 aa  57  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  21.68 
 
 
265 aa  56.6  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29 
 
 
251 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.99 
 
 
489 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  26.99 
 
 
489 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  27.91 
 
 
321 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  22.95 
 
 
284 aa  56.2  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 
262 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.4 
 
 
489 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.72 
 
 
1080 aa  56.6  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  23.01 
 
 
263 aa  56.6  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3594  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.09 
 
 
274 aa  56.2  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.31 
 
 
710 aa  56.2  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  25.91 
 
 
596 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0684  extracellular solute-binding protein family 3  24.89 
 
 
228 aa  56.2  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1478  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  22.94 
 
 
284 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0533166  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  22.64 
 
 
251 aa  55.8  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>