More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1063 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  100 
 
 		 263 aa  527  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  77.69 
 
 		 263 aa  395  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  71.48 
 
 		 265 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  71.1 
 
 		 265 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  70.5 
 
 		 265 aa  370  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  69.96 
 
 		 265 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  68.34 
 
 		 263 aa  367  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  70.66 
 
 		 275 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  69.5 
 
 		 271 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5311  glutamate racemase  71.54 
 
 		 265 aa  354  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61660  glutamate racemase  70.77 
 
 		 265 aa  347  9e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.106056 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  56.81 
 
 		 270 aa  276  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1276  glutamate racemase  56.2 
 
 		 271 aa  267  2e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.696646  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  51.2 
 
 		 282 aa  261  1e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  54.51 
 
 		 282 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  54.12 
 
 		 280 aa  259  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  54.9 
 
 		 277 aa  258  5.0000000000000005e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0621  glutamate racemase  53.05 
 
 		 290 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  53.05 
 
 		 290 aa  258  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  53.05 
 
 		 290 aa  258  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  52.53 
 
 		 292 aa  258  9e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1411  glutamate racemase  51.34 
 
 		 284 aa  257  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426181  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3138  glutamate racemase  50.96 
 
 		 295 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478139  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2060  glutamate racemase  52.67 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1799  glutamate racemase  52.67 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1088  glutamate racemase  52.67 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0796  glutamate racemase  52.67 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  44.66 
 
 		 266 aa  247  1e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  53.16 
 
 		 254 aa  245  4.9999999999999997e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  50.39 
 
 		 288 aa  244  8e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2233  glutamate racemase  50.97 
 
 		 272 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.491949  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1943  glutamate racemase  49.06 
 
 		 303 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2114  glutamate racemase  51.94 
 
 		 287 aa  242  5e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  51.15 
 
 		 270 aa  242  5e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2235  glutamate racemase  51.75 
 
 		 287 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.682473  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2221  glutamate racemase  51.15 
 
 		 285 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5881  glutamate racemase  51.15 
 
 		 285 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2196  glutamate racemase  51.15 
 
 		 285 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.626892  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  51.77 
 
 		 272 aa  231  1e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5525  glutamate racemase  52.53 
 
 		 286 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0073  glutamate racemase  45.74 
 
 		 286 aa  225  7e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1451  glutamate racemase  53.94 
 
 		 279 aa  224  1e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00367617  normal  0.1291 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2265  glutamate racemase  45.74 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  45.29 
 
 		 260 aa  223  2e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  46.25 
 
 		 263 aa  223  2e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  50 
 
 		 272 aa  223  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  45.29 
 
 		 260 aa  223  3e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  45.53 
 
 		 268 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1360  glutamate racemase  42.8 
 
 		 269 aa  218  6e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  46.99 
 
 		 264 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  46.06 
 
 		 276 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  42.29 
 
 		 256 aa  211  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  45.83 
 
 		 272 aa  209  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  46.42 
 
 		 271 aa  208  9e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  46.36 
 
 		 271 aa  206  3e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  45.41 
 
 		 259 aa  206  3e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  48.61 
 
 		 268 aa  204  1e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3213  glutamate racemase  46.86 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  48.39 
 
 		 269 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  45.49 
 
 		 281 aa  198  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3114  glutamate racemase  52.23 
 
 		 269 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1088  glutamate racemase  38.87 
 
 		 266 aa  194  1e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2354  glutamate racemase  46.43 
 
 		 291 aa  192  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0496334  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2867  glutamate racemase  47.88 
 
 		 291 aa  191  9e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  44.4 
 
 		 266 aa  191  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2651  glutamate racemase  44.68 
 
 		 296 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal  0.507569 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1543  glutamate racemase  41.83 
 
 		 277 aa  188  5.999999999999999e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1488  glutamate racemase  48.05 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.044045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2038  glutamate racemase  34.9 
 
 		 267 aa  187  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00710975  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3790  glutamate racemase  39 
 
 		 270 aa  186  5e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0490998  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1686  glutamate racemase  43.15 
 
 		 263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000161224  hitchhiker  0.00000616393 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0518  glutamate racemase  42.86 
 
 		 276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000716913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1522  glutamate racemase  40 
 
 		 265 aa  183  3e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.167317  normal  0.205372 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1732  Glutamate racemase  40.15 
 
 		 276 aa  183  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.648223 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1315  glutamate racemase  37.98 
 
 		 282 aa  182  3e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.278048  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0487  glutamate racemase  39.66 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3846  glutamate racemase  41.09 
 
 		 280 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3920  glutamate racemase  41.09 
 
 		 280 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0104  glutamate racemase  40.8 
 
 		 264 aa  180  2e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3675  glutamate racemase  35.97 
 
 		 258 aa  180  2e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00345939  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08350  glutamate racemase  40.52 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0479  glutamate racemase  41.35 
 
 		 265 aa  179  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.553791  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2923  glutamate racemase  40.08 
 
 		 272 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1411  glutamate racemase  38.59 
 
 		 272 aa  178  9e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.093968  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3832  glutamate racemase  40.7 
 
 		 280 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2724  glutamate racemase  41.11 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  41.33 
 
 		 275 aa  177  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11368  glutamate racemase  40.77 
 
 		 271 aa  176  3e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110986  normal  0.482837 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4289  glutamate racemase  38.13 
 
 		 281 aa  176  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244249 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0940  glutamate racemase  38.43 
 
 		 277 aa  175  8e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.389602 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1954  glutamate racemase  36.69 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998132 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3764  glutamate racemase  39.45 
 
 		 282 aa  174  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.030559 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0590  glutamate racemase  39.16 
 
 		 293 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.169456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2356  glutamate racemase  39.02 
 
 		 278 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0280232  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2602  glutamate racemase  36.65 
 
 		 264 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1073  glutamate racemase  47.14 
 
 		 277 aa  172  6.999999999999999e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0632  glutamate racemase  35.86 
 
 		 269 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000756048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4603  glutamate racemase  35.86 
 
 		 269 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.171271  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4328  glutamate racemase  35.66 
 
 		 267 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2361  glutamate racemase  39.08 
 
 		 289 aa  171  9e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.566119  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>