More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1031 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1288  GDP-mannose 6-dehydrogenase  80.82 
 
 		 438 aa  735    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.534034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1031  GDP-mannose 6-dehydrogenase  100 
 
 		 436 aa  889    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1243  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  82.19 
 
 		 438 aa  755    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4437  GDP-mannose 6-dehydrogenase  80.59 
 
 		 438 aa  734    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.379553  normal  0.963128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1063  GDP-mannose 6-dehydrogenase  81.96 
 
 		 438 aa  756    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.763895 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  80.82 
 
 		 438 aa  744    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1678  GDP-mannose 6-dehydrogenase  78.67 
 
 		 436 aa  725    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165535  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0889  nucleotide sugar dehydrogenase  81.05 
 
 		 438 aa  734    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10970  GDP-mannose 6-dehydrogenase  79.59 
 
 		 436 aa  726    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1605  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  83.03 
 
 		 439 aa  766    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.952196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18580  GDP-mannose 6-dehydrogenase AlgD  82.8 
 
 		 436 aa  765    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.156779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4561  GDP-mannose 6-dehydrogenase  80.37 
 
 		 438 aa  734    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0655  GDP-mannose 6-dehydrogenase  53.06 
 
 		 438 aa  466  9.999999999999999e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.634375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5882  nucleotide sugar dehydrogenase  49.54 
 
 		 437 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.969972  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0673  GDP-mannose 6-dehydrogenase  48.63 
 
 		 438 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0577586  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3792  GDP-mannose 6-dehydrogenase  45.43 
 
 		 429 aa  382  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1896  GDP-mannose 6-dehydrogenase  43.61 
 
 		 469 aa  346  5e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883945  normal  0.0307058 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2940  nucleotide sugar dehydrogenase  42.69 
 
 		 447 aa  341  1e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3220  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.05 
 
 		 421 aa  325  7e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.712763  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3885  nucleotide sugar dehydrogenase  43.12 
 
 		 420 aa  306  6e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2263  GDP-mannose 6-dehydrogenase  40.88 
 
 		 451 aa  300  3e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1796  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.64 
 
 		 431 aa  293  3e-78  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.101485  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1699  GDP-mannose 6-dehydrogenase  41.6 
 
 		 419 aa  282  7.000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1719  UDP-glucose 6-dehydrogenase  44.32 
 
 		 447 aa  276  7e-73  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3078  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.42 
 
 		 426 aa  270  4e-71  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.455066  normal  0.236804 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2781  nucleotide sugar dehydrogenase  36.94 
 
 		 429 aa  249  9e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2113  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.55 
 
 		 428 aa  246  6e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1430  nucleotide sugar dehydrogenase  38.73 
 
 		 431 aa  245  9e-64  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0207  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.84 
 
 		 421 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1764  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.99 
 
 		 425 aa  243  5e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.796911  normal  0.409605 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1505  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.97 
 
 		 424 aa  241  1e-62  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00000902471  normal  0.721727 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2536  nucleotide sugar dehydrogenase  36.26 
 
 		 427 aa  237  3e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.171539 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1130  nucleotide sugar dehydrogenase  36.34 
 
 		 453 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1081  UDP-glucose 6-dehydrogenase  38.46 
 
 		 425 aa  236  6e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.151094  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0866  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.9 
 
 		 467 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.359864 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1110  nucleotide sugar dehydrogenase  34.87 
 
 		 446 aa  234  3e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.6072  unclonable  0.0000000437012 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1141  nucleotide sugar dehydrogenase  35.1 
 
 		 432 aa  232  1e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2015  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.63 
 
 		 463 aa  231  2e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0917  nucleotide sugar dehydrogenase  35.37 
 
 		 486 aa  231  2e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.834794  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5424  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.65 
 
 		 429 aa  228  1e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1236  nucleotide sugar dehydrogenase  35.17 
 
 		 448 aa  228  1e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.038693  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4156  UDP-glucose 6-dehydrogenase  38.95 
 
 		 438 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22770  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.33 
 
 		 460 aa  227  4e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3767  nucleotide sugar dehydrogenase  35.25 
 
 		 473 aa  226  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0312169 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1710  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.92 
 
 		 448 aa  226  6e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0481028  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2487  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.06 
 
 		 442 aa  226  9e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1352  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.65 
 
 		 443 aa  225  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000465012  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0130  udp-glucose 6-dehydrogenase  36.94 
 
 		 443 aa  224  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2178  UDP-glucose 6-dehydrogenase  32.71 
 
 		 447 aa  223  4e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1408  nucleotide sugar dehydrogenase  35.48 
 
 		 445 aa  223  4e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0334536  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1276  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.68 
 
 		 450 aa  222  9e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1244  nucleotide sugar dehydrogenase  35.58 
 
 		 450 aa  222  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.170617  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1858  nucleotide sugar dehydrogenase  35.09 
 
 		 450 aa  221  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.840288  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3094  nucleotide sugar dehydrogenase  35.93 
 
 		 440 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.72 
 
 		 428 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2616  nucleotide sugar dehydrogenase  34.35 
 
 		 449 aa  221  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  0.111464 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0289  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.29 
 
 		 447 aa  221  3e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.62 
 
 		 434 aa  220  3.9999999999999997e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1185  nucleotide sugar dehydrogenase  36.44 
 
 		 437 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  36.44 
 
 		 437 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1121  nucleotide sugar dehydrogenase  36.09 
 
 		 447 aa  220  5e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.396392  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4070  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.43 
 
 		 449 aa  219  7e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.476098  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1502  nucleotide sugar dehydrogenase  35.16 
 
 		 445 aa  219  7e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.239103  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3703  nucleotide sugar dehydrogenase  35.89 
 
 		 470 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.757511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4542  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.89 
 
 		 470 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3821  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.89 
 
 		 470 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0618  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  35.96 
 
 		 434 aa  219  8.999999999999998e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3724  nucleotide sugar dehydrogenase  35.62 
 
 		 470 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.114247  normal  0.168718 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0769  nucleotide sugar dehydrogenase  35.96 
 
 		 434 aa  219  8.999999999999998e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1003  nucleotide sugar dehydrogenase  35.01 
 
 		 445 aa  218  1e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.783372 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1057  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.16 
 
 		 437 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1142  nucleotide sugar dehydrogenase  33.98 
 
 		 451 aa  218  1e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3200  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.66 
 
 		 446 aa  219  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421836  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5547  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.62 
 
 		 470 aa  219  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27790  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.39 
 
 		 440 aa  218  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2275  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.62 
 
 		 470 aa  218  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.74283  normal  0.168164 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1585  UDP-glucose 6-dehydrogenase  39.78 
 
 		 435 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5066  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.38 
 
 		 440 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2308  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.66 
 
 		 450 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000179328  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1761  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.36 
 
 		 446 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385474  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2708  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.13 
 
 		 447 aa  217  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0287014  decreased coverage  0.0000651143 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1843  nucleotide sugar dehydrogenase  35.26 
 
 		 441 aa  217  4e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.0000229884  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2339  nucleotide sugar dehydrogenase  34.03 
 
 		 443 aa  216  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.247119  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  34.44 
 
 		 436 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.44 
 
 		 436 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1022  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.14 
 
 		 452 aa  216  5e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000993362  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1143  sugar dehydrogenase  35.64 
 
 		 522 aa  216  5.9999999999999996e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4918  nucleotide sugar dehydrogenase  35.62 
 
 		 470 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103768  hitchhiker  0.000469095 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4441  nucleotide sugar dehydrogenase  34.44 
 
 		 435 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0500  nucleotide sugar dehydrogenase  35.21 
 
 		 440 aa  216  5.9999999999999996e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.64439  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1280  nucleotide sugar dehydrogenase  34.29 
 
 		 445 aa  216  7e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000077614  normal  0.824571 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1859  nucleotide sugar dehydrogenase  34.81 
 
 		 466 aa  216  8e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29960  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase protein  35.43 
 
 		 440 aa  216  8e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3180  nucleotide sugar dehydrogenase  33.92 
 
 		 449 aa  216  8e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000062373  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1223  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.73 
 
 		 445 aa  216  8e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000260089  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0276  nucleotide sugar dehydrogenase  35.93 
 
 		 441 aa  216  8e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4548  nucleotide sugar dehydrogenase  38.19 
 
 		 436 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0956  UDP-glucose 6-dehydrogenase  33.99 
 
 		 444 aa  215  9.999999999999999e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1072  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.07 
 
 		 457 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3775  UDP-glucose 6-dehydrogenase  36.03 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>