More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1018 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 298 aa  594  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  75.84 
 
 		 272 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1049  short chain dehydrogenase  75.84 
 
 		 272 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1225  short chain dehydrogenase  75.37 
 
 		 276 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  70.7 
 
 		 270 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  70.7 
 
 		 270 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  70.7 
 
 		 270 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0945  short chain dehydrogenase  76.56 
 
 		 274 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  68.86 
 
 		 274 aa  377  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13680  short chain dehydrogenase  74.26 
 
 		 276 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.995121 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.87 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  37.41 
 
 		 275 aa  155  9e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 272 aa  153  4e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  35.36 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10875  short chain dehydrogenase/reductase (Ayr1), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G04530)  36.4 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  31.16 
 
 		 273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 		 285 aa  146  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.3 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  36.32 
 
 		 277 aa  145  9e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  45.21 
 
 		 283 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  31.97 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 		 267 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 		 266 aa  143  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  44.68 
 
 		 283 aa  142  5e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.11 
 
 		 281 aa  142  7e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  40.44 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  32.96 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 286 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  36.76 
 
 		 272 aa  141  1.9999999999999998e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 		 267 aa  140  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05379  conserved hypothetical protein  34.81 
 
 		 365 aa  139  6e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.228242  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.1 
 
 		 273 aa  139  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 		 285 aa  139  6e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.83 
 
 		 289 aa  139  6e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  32.61 
 
 		 272 aa  139  7.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  33.7 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  32.97 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10399  short-chain dehydrogenase/reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03370)  32.13 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.94715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 		 271 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 		 280 aa  136  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31 
 
 		 271 aa  136  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 		 276 aa  136  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 		 278 aa  135  9e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 		 271 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  35.51 
 
 		 277 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 		 275 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  35.51 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  34.88 
 
 		 271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.89 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  35.51 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  35.51 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  31.52 
 
 		 276 aa  132  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7039  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 275 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0246661  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  30.85 
 
 		 278 aa  132  6.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  41.85 
 
 		 286 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1902  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  33.21 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1977  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 		 277 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.92 
 
 		 276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 		 277 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2359  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.97 
 
 		 286 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6919  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 		 276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  38.3 
 
 		 258 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 277 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  36.59 
 
 		 279 aa  129  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 		 256 aa  129  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 		 291 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  34.15 
 
 		 276 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  36.54 
 
 		 344 aa  128  9.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6478  short chain dehydrogenase  33.88 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0193628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2188  thiamine pyrophosphate protein central region  38.05 
 
 		 847 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.941679 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  31.25 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85576  1-acyl dihydroxyacetone phosphate reductase  31.05 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.764393  hitchhiker  0.00283469 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 280 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 		 280 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  34.7 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  38.38 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  37.76 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54648  1-Acyl dihydroxyacetone phosphate reductase  31.52 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.329924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  31.79 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>