85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0988 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0988  saccharopine dehydrogenase  100 
 
 
413 aa  856  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  5.77497e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2125  saccharopine dehydrogenase  92.17 
 
 
399 aa  771  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530272  normal  0.238501 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2844  saccharopine dehydrogenase  91.92 
 
 
399 aa  769  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.241943 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0438  saccharopine dehydrogenase  76.16 
 
 
426 aa  659  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0417875  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1380  saccharopine dehydrogenase  77.07 
 
 
412 aa  672  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000104449  normal  0.291708 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4157  saccharopine dehydrogenase  76.53 
 
 
413 aa  666  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.152115  normal  0.83779 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0352  hypothetical protein  77.13 
 
 
413 aa  669  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2764  saccharopine dehydrogenase  92.46 
 
 
414 aa  798  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.114818  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2884  saccharopine dehydrogenase  73.97 
 
 
412 aa  641  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5844  hypothetical protein  73.48 
 
 
413 aa  642  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2928  saccharopine dehydrogenase  92.46 
 
 
414 aa  798  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0335  hypothetical protein  77.13 
 
 
413 aa  669  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0126  saccharopine dehydrogenase  73.77 
 
 
412 aa  623  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.281282 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1475  saccharopine dehydrogenase family protein  73.77 
 
 
412 aa  623  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1715  saccharopine dehydrogenase  72.13 
 
 
422 aa  616  1e-175  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  6.59439e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0914  putative saccharopine dehydrogenase family protein  71.57 
 
 
424 aa  612  1e-174  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.867111  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1501  saccharopine dehydrogenase  71.57 
 
 
424 aa  611  1e-174  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0028  saccharopine dehydrogenase  71.32 
 
 
412 aa  600  1e-170  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2955  saccharopine dehydrogenase  71.15 
 
 
407 aa  592  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2289  saccharopine dehydrogenase  46.91 
 
 
405 aa  386  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.772575  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003102  carboxynorspermidine dehydrogenase putative  46.34 
 
 
414 aa  382  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.185885  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02740  hypothetical protein  47.28 
 
 
417 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2137  saccharopine dehydrogenase  45.01 
 
 
414 aa  375  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0299628  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1231  hypothetical protein  45.61 
 
 
414 aa  363  3e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.292e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1555  Saccharopine dehydrogenase  42.93 
 
 
401 aa  344  1e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.42738e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1128  Saccharopine dehydrogenase  43.18 
 
 
399 aa  343  3e-93  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.785881  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2607  saccharopine dehydrogenase  42.51 
 
 
398 aa  338  1e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2320  Saccharopine dehydrogenase  43.64 
 
 
396 aa  337  2e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1181  saccharopine dehydrogenase  41.79 
 
 
394 aa  337  2e-91  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.886294  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2095  saccharopine dehydrogenase-like protein  42.64 
 
 
399 aa  337  2e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1676  Saccharopine dehydrogenase  43.03 
 
 
398 aa  337  3e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0203222  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0902  saccharopine dehydrogenase  43.43 
 
 
397 aa  335  8e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  1.68136e-06 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0208  saccharopine dehydrogenase  41.5 
 
 
401 aa  333  3e-90  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.69447  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1790  saccharopine dehydrogenase  41.69 
 
 
401 aa  333  4e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1922  saccharopine dehydrogenase  43.72 
 
 
392 aa  332  5e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00339893 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0165  saccharopine dehydrogenase  42.04 
 
 
401 aa  332  6e-90  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2539  saccharopine dehydrogenase  42.43 
 
 
398 aa  330  2e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0572  saccharopine dehydrogenase  42.17 
 
 
398 aa  330  3e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1201  saccharopine dehydrogenase  41.65 
 
 
402 aa  328  9e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.150944  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0186  saccharopine dehydrogenase  41 
 
 
401 aa  328  9e-89  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6504  Saccharopine dehydrogenase  44.64 
 
 
395 aa  328  1e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.752719  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3052  saccharopine dehydrogenase  42.64 
 
 
399 aa  324  1e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0747  saccharopine dehydrogenase  40.66 
 
 
403 aa  325  1e-87  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  4.18334e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0458  saccharopine dehydrogenase  40.25 
 
 
401 aa  324  2e-87  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0148  Saccharopine dehydrogenase  42.21 
 
 
409 aa  323  4e-87  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0061  saccharopine dehydrogenase  40.6 
 
 
403 aa  320  3e-86  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1597  Acyl carrier protein (ACP)  42.11 
 
 
399 aa  319  5e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.30891  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0981  saccharopine dehydrogenase  43.14 
 
 
398 aa  318  1e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0620633  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1307  Saccharopine dehydrogenase  43.14 
 
 
399 aa  318  1e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.84986e-15 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0415  saccharopine dehydrogenase  40.5 
 
 
405 aa  316  5e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4440  saccharopine dehydrogenase  40.93 
 
 
401 aa  316  6e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2918  Saccharopine dehydrogenase  42.89 
 
 
398 aa  313  5e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3519  Saccharopine dehydrogenase  40.45 
 
 
405 aa  309  7e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.368548  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0748  saccharopine dehydrogenase  39.75 
 
 
400 aa  308  1e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2142  Saccharopine dehydrogenase  41.35 
 
 
404 aa  307  2e-82  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2888  Saccharopine dehydrogenase  39.9 
 
 
403 aa  307  2e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.120454 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03351  Carboxynorspermidine dehydrogenase  40.7 
 
 
400 aa  307  2e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00142848  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0999  saccharopine dehydrogenase  39.65 
 
 
405 aa  307  3e-82  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0445398  hitchhiker  0.00533099 
 
 
-
 
NC_002950  PG0677  saccharopine dehydrogenase  39.75 
 
 
397 aa  303  3e-81  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.10466 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0125  Saccharopine dehydrogenase  40.69 
 
 
403 aa  301  1e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1535  Saccharopine dehydrogenase  40.66 
 
 
396 aa  300  2e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.82797 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2516  saccharopine dehydrogenase  40.91 
 
 
396 aa  300  3e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.558897  normal  0.297438 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1081  saccharopine dehydrogenase  38.92 
 
 
399 aa  298  1e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.706576  normal  0.0928318 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0285  saccharopine dehydrogenase  37.59 
 
 
404 aa  297  2e-79  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1950  hypothetical protein  30.98 
 
 
408 aa  177  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.275408  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3295  Saccharopine dehydrogenase  29.05 
 
 
403 aa  165  1e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.886794  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4677  Saccharopine dehydrogenase  31.14 
 
 
401 aa  162  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3221  saccharopine dehydrogenase  28.71 
 
 
407 aa  149  1e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5034  saccharopine dehydrogenase  27.99 
 
 
407 aa  142  8e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4946  saccharopine dehydrogenase  27.99 
 
 
407 aa  142  8e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5327  saccharopine dehydrogenase  27.99 
 
 
407 aa  142  1e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0356987  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2976  saccharopine dehydrogenase  24.18 
 
 
415 aa  85.5  2e-15  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.809568  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1835  Saccharopine dehydrogenase  21.24 
 
 
398 aa  63.5  7e-09  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.257501  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1202  saccharopine dehydrogenase  22.71 
 
 
403 aa  54.3  4e-06  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4394  saccharopine dehydrogenase  28.19 
 
 
384 aa  53.1  9e-06  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000130212 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4315  saccharopine dehydrogenase  24.41 
 
 
378 aa  50.8  5e-05  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.224112  normal  0.228939 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3651  Saccharopine dehydrogenase  21.32 
 
 
367 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4609  hypothetical protein  26.45 
 
 
392 aa  47.4  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.856643  normal  0.0914614 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1495  Saccharopine dehydrogenase  33.87 
 
 
376 aa  47.4  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  6.91069e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5058  saccharopine dehydrogenase  26.03 
 
 
369 aa  47.4  0.0005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2468  saccharopine dehydrogenase  26.32 
 
 
392 aa  45.1  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4278  saccharopine dehydrogenase  25.83 
 
 
388 aa  44.7  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0878  Homospermidine synthase  24.55 
 
 
485 aa  43.9  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2611  Saccharopine dehydrogenase  20.29 
 
 
413 aa  43.9  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1424  potassium efflux system protein  32.17 
 
 
371 aa  43.1  0.009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>