228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0939 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0939  putative nucleotide-binding protein  100 
 
 
159 aa  325  1e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911761  normal  0.507719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4966  putative nucleotide-binding protein  83.65 
 
 
159 aa  276  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57130  putative nucleotide-binding protein  83.65 
 
 
159 aa  275  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13410  putative nucleotide-binding protein  83.02 
 
 
159 aa  272  1e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4087  putative nucleotide-binding protein  77.99 
 
 
159 aa  257  4e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.568883  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0959  putative nucleotide-binding protein  78.88 
 
 
161 aa  255  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4393  hypothetical protein  76.1 
 
 
159 aa  254  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4421  putative nucleotide-binding protein  76.4 
 
 
161 aa  252  2e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425503  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4372  putative nucleotide-binding protein  78.26 
 
 
161 aa  251  4e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0514431 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1352  putative nucleotide-binding protein  78.26 
 
 
161 aa  251  4e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154119  normal  0.12708 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4497  putative nucleotide-binding protein  78.26 
 
 
161 aa  249  9e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253922  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02358  putative nucleotide-binding protein  60 
 
 
160 aa  192  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0533  putative nucleotide-binding protein  56.25 
 
 
160 aa  187  7e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2585  putative nucleotide-binding protein  55.62 
 
 
160 aa  182  2e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0358565  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04099  nucleotide-binding protein  56.52 
 
 
160 aa  182  2e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003420  protein yajQ  56.25 
 
 
160 aa  181  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1115  putative nucleotide-binding protein  56.25 
 
 
160 aa  176  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2254  putative nucleotide-binding protein  56.88 
 
 
160 aa  175  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  9.45037e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1902  putative nucleotide-binding protein  56.52 
 
 
161 aa  175  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1728  putative nucleotide-binding protein  53.12 
 
 
160 aa  176  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.499513  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0203  putative nucleotide-binding protein  54.37 
 
 
160 aa  175  3e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1993  putative nucleotide-binding protein  54.37 
 
 
160 aa  175  3e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0973999  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4311  putative nucleotide-binding protein  52.5 
 
 
160 aa  174  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.57751  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3114  putative nucleotide-binding protein  55.28 
 
 
161 aa  172  1e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2893  putative nucleotide-binding protein  53.42 
 
 
161 aa  171  3e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2261  putative nucleotide-binding protein  50.62 
 
 
160 aa  171  3e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.299234  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2524  putative nucleotide-binding protein  55.21 
 
 
161 aa  171  4e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.983821  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3443  putative nucleotide-binding protein  54.04 
 
 
161 aa  171  6e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.33798e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0818  putative nucleotide-binding protein  52.8 
 
 
161 aa  170  7e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1670  putative nucleotide-binding protein  51.23 
 
 
161 aa  170  7e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.502764  normal  0.473324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0811  putative nucleotide-binding protein  52.8 
 
 
161 aa  169  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3156  putative nucleotide-binding protein  52.8 
 
 
161 aa  169  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0782  putative nucleotide-binding protein  52.8 
 
 
161 aa  169  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499744  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1098  putative nucleotide-binding protein  53.12 
 
 
160 aa  168  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.157658  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2557  putative nucleotide-binding protein  51.55 
 
 
161 aa  168  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.317915 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3601  putative nucleotide-binding protein  54.66 
 
 
161 aa  168  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0710  putative nucleotide-binding protein  54.66 
 
 
161 aa  168  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3724  putative nucleotide-binding protein  54.66 
 
 
161 aa  168  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3532  putative nucleotide-binding protein  54.66 
 
 
161 aa  168  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.07458e-05 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1196  putative nucleotide-binding protein  55 
 
 
160 aa  167  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.699154  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03091  putative nucleotide-binding protein  52.17 
 
 
172 aa  167  5e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3815  putative nucleotide-binding protein  52.17 
 
 
161 aa  167  6e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0537  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
163 aa  165  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.323651  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3646  putative nucleotide-binding protein  54.04 
 
 
161 aa  165  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.507653  normal  0.0694826 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0770  putative nucleotide-binding protein  54.04 
 
 
161 aa  165  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.79998e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0482  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
163 aa  165  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.101201 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0495  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
163 aa  165  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0474  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
163 aa  165  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0476  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
163 aa  165  3e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2888  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
163 aa  164  5e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3079  putative nucleotide-binding protein  50.92 
 
 
163 aa  164  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.421568  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1169  putative nucleotide-binding protein  50.93 
 
 
161 aa  164  6e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1175  putative nucleotide-binding protein  50.93 
 
 
161 aa  164  6e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3487  putative nucleotide-binding protein  51.25 
 
 
160 aa  162  1e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.660179  normal  0.50409 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2033  hypothetical protein  53.42 
 
 
161 aa  162  1e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0893  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
163 aa  162  2e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0977  hypothetical protein  46.58 
 
 
161 aa  162  2e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1091  protein of unknown function DUF520  46.58 
 
 
161 aa  162  2e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0732  putative nucleotide-binding protein  52.17 
 
 
161 aa  162  2e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1036  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
163 aa  161  4e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.448426  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1846  putative nucleotide-binding protein  50.93 
 
 
161 aa  158  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0688  putative nucleotide-binding protein  49.08 
 
 
163 aa  157  5e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.067831  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3067  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  157  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3247  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  157  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3104  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  157  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3275  putative nucleotide-binding protein  47.24 
 
 
163 aa  157  7e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1044  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  155  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3058  putative nucleotide-binding protein  51.53 
 
 
163 aa  155  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.309078 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0458  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  154  5e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00378  hypothetical protein  48.47 
 
 
163 aa  154  5e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0498  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  154  5e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3183  protein of unknown function DUF520  48.47 
 
 
163 aa  154  5e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.387868  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00374  nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  154  5e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3207  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  154  5e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  5.36011e-05 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0348  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  154  5e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0462  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  154  5e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0510  putative nucleotide-binding protein  48.47 
 
 
163 aa  154  5e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781965  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2177  putative nucleotide-binding protein  45.96 
 
 
161 aa  154  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.946938  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1084  putative nucleotide-binding protein  46.01 
 
 
163 aa  150  5e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.235952  hitchhiker  3.04548e-06 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2671  putative nucleotide-binding protein  49.69 
 
 
161 aa  149  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2750  putative nucleotide-binding protein  50.31 
 
 
161 aa  149  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821102  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4781  putative nucleotide-binding protein  50.93 
 
 
161 aa  149  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0520927  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3769  putative nucleotide-binding protein  49.69 
 
 
161 aa  148  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3206  putative nucleotide-binding protein  47.2 
 
 
161 aa  148  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.32382e-06  hitchhiker  2.62338e-18 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2240  putative nucleotide-binding protein  49.69 
 
 
161 aa  147  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.065474  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2826  putative nucleotide-binding protein  49.69 
 
 
161 aa  147  7e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.931729 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1854  putative nucleotide-binding protein  49.69 
 
 
161 aa  146  1e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3039  hypothetical protein  50 
 
 
162 aa  145  2e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0959  hypothetical protein  49.38 
 
 
164 aa  144  4e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.486251  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2420  putative nucleotide-binding protein  49.07 
 
 
161 aa  144  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3204  putative nucleotide-binding protein  45.34 
 
 
161 aa  143  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.118693  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2804  protein of unknown function DUF520  45.96 
 
 
165 aa  143  1e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.72661e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0919  putative nucleotide-binding protein  47.2 
 
 
161 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1927  putative nucleotide-binding protein  45.28 
 
 
166 aa  142  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0682804  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0122  putative nucleotide-binding protein  47.2 
 
 
161 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0673  putative nucleotide-binding protein  47.2 
 
 
161 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1071  putative nucleotide-binding protein  47.2 
 
 
161 aa  142  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2474  putative nucleotide-binding protein  47.83 
 
 
161 aa  142  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0278079 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2508  putative nucleotide-binding protein  47.2 
 
 
161 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0373  putative nucleotide-binding protein  47.2 
 
 
161 aa  142  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>