More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0897 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  100 
 
 		 335 aa  698    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  81.27 
 
 		 334 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  80.66 
 
 		 334 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  81.27 
 
 		 334 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  82.46 
 
 		 331 aa  566  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  78.48 
 
 		 332 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  80 
 
 		 336 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  79.38 
 
 		 334 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  81.31 
 
 		 306 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  79.6 
 
 		 299 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 328 aa  263  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 324 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  35.2 
 
 		 330 aa  217  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  35.4 
 
 		 325 aa  216  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 330 aa  212  7e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 332 aa  209  6e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 329 aa  205  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.44 
 
 		 329 aa  204  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 322 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  35.89 
 
 		 331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36 
 
 		 330 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  34.12 
 
 		 361 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  35.74 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 321 aa  187  3e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 336 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 344 aa  180  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.99 
 
 		 325 aa  172  7.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 343 aa  172  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 335 aa  170  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 324 aa  169  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  37.13 
 
 		 345 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.79 
 
 		 327 aa  166  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 360 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 347 aa  165  8e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  33.93 
 
 		 351 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.99 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  30 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.03 
 
 		 327 aa  163  3e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  30 
 
 		 347 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 326 aa  162  7e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.85 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 347 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 333 aa  159  9e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  35.84 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 335 aa  158  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  30.63 
 
 		 320 aa  158  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  31.37 
 
 		 326 aa  157  3e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 330 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 339 aa  155  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 326 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  30.64 
 
 		 322 aa  153  5e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 338 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 327 aa  151  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  33.96 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 326 aa  150  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.95 
 
 		 323 aa  150  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 316 aa  146  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  30.75 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  30.49 
 
 		 329 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  33.48 
 
 		 344 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 345 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 345 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  29.93 
 
 		 354 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0972  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 340 aa  139  8.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  26.07 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  28.74 
 
 		 338 aa  137  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0923  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 331 aa  136  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0068  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 409 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  29.63 
 
 		 322 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2875  ThiJ/PfpI domain-containing protein  31.78 
 
 		 330 aa  135  7.000000000000001e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.276432  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  30.92 
 
 		 314 aa  136  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0070  AraC family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 406 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 333 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2995  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  31.08 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0059  AraC family transcription regulator  31.99 
 
 		 404 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 387 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4339  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.400268 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 336 aa  133  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3481  transcriptional regulator  32.79 
 
 		 336 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>