More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0848 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0848  two component Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 186 aa  374  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4230  helix-turn-helix, Fis-type  86.63 
 
 		 187 aa  329  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547094  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4553  DNA-binding response regulator  86.1 
 
 		 187 aa  328  4e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.023221  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5107  putative two-component response regulator  92.47 
 
 		 186 aa  327  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58300  putative two-component response regulator  92.47 
 
 		 186 aa  327  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4290  two component Fis family transcriptional regulator  89.25 
 
 		 187 aa  317  9e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.566048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0931  two component Fis family transcriptional regulator  88.71 
 
 		 187 aa  314  4e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0888  two component transcriptional regulator, Fis family  88.71 
 
 		 186 aa  314  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0927  two component Fis family transcriptional regulator  88.71 
 
 		 187 aa  314  4e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0821  two component Fis family transcriptional regulator  88.71 
 
 		 186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal  0.860547 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12560  Response regulator RegA/PrrA/ActR type  85.48 
 
 		 186 aa  302  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.555573  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2202  response regulator receiver domain-containing protein  56.99 
 
 		 183 aa  223  1e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2976  DNA binding response regulator  57.87 
 
 		 184 aa  214  5e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0007  two component Fis family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 187 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1641  response regulator receiver protein  56.32 
 
 		 183 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.772734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1826  response regulator receiver domain-containing protein  62.5 
 
 		 179 aa  193  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00235342  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1419  two component Fis family transcriptional regulator  54.6 
 
 		 178 aa  190  9e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104403  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0666  two component transcriptional regulator, Fis family  54.6 
 
 		 180 aa  189  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0341  two component transcriptional regulator, Fis family  53.98 
 
 		 180 aa  188  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4382  two component Fis family transcriptional regulator  53.98 
 
 		 180 aa  188  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0068  two component Fis family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 180 aa  184  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3895  two component Fis family transcriptional regulator  51.45 
 
 		 182 aa  181  6e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1585  helix-turn-helix, Fis-type  52.63 
 
 		 177 aa  181  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0640788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0199  Fis family DNA-binding response regulator  51.7 
 
 		 180 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453843  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2914  Fis family DNA-binding response regulator  51.7 
 
 		 180 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.600454  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3252  response regulator  51.7 
 
 		 180 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10506  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2690  two component Fis family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0384  response regulator protein  51.7 
 
 		 180 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.396029  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0163  response regulator  51.7 
 
 		 180 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3434  Fis family DNA-binding response regulator  51.7 
 
 		 180 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.810628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2175  Fis family DNA-binding response regulator  51.7 
 
 		 180 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0189  Fis family DNA-binding response regulator  51.7 
 
 		 180 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0063  two component response regulator  56.14 
 
 		 191 aa  177  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2736  two component transcriptional regulator, Fis family  49.13 
 
 		 191 aa  174  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.564364  hitchhiker  0.00000000117794 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3089  two component Fis family transcriptional regulator  50.57 
 
 		 180 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_004310  BR0137  DNA-binding response regulator  52.6 
 
 		 187 aa  172  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0299  two component Fis family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 177 aa  172  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3137  DNA-binding response regulator  49.71 
 
 		 171 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0521248  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0131  DNA-binding response regulator  52.6 
 
 		 187 aa  172  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00417692  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1518  PrrA (RegA), response regulator involved in oxygen regulation of photosynthesis genes  51.35 
 
 		 184 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385601  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6444  two component Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 180 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.307921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3989  two component transcriptional regulator, Fis family  54.17 
 
 		 192 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0170  two component Fis family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 184 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.485216  normal  0.727058 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3110  two component Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 180 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.195644 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3002  two component Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 180 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.593842 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2479  response regulator receiver protein  50 
 
 		 180 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000248912  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3140  response regulator receiver protein  50 
 
 		 180 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3093  response regulator receiver protein  50 
 
 		 180 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0804017  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2959  two component Fis family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 184 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0531334 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4317  response regulator receiver protein  53.57 
 
 		 192 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3388  two component transcriptional regulator, Fis family  50.26 
 
 		 192 aa  169  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3711  two component transcriptional regulator, Fis family  50.26 
 
 		 192 aa  169  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0018  two component Fis family transcriptional regulator  52.98 
 
 		 208 aa  168  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.594546  normal  0.0172011 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2838  response regulator receiver protein  51.35 
 
 		 184 aa  167  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0306  two component Fis family transcriptional regulator  49.73 
 
 		 184 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327963  normal  0.0618542 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2149  response regulator receiver protein  50.86 
 
 		 192 aa  166  1e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0520959  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2064  two component Fis family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 192 aa  165  2.9999999999999998e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0553  two component Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 179 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3430  photosynthetic apparatus regulatory protein RegA  50.27 
 
 		 184 aa  165  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0040  response regulator transcription regulator protein  48.69 
 
 		 192 aa  165  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1522  two component transcriptional regulator, Fis family  51.74 
 
 		 189 aa  164  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3273  two component Fis family transcriptional regulator  52.98 
 
 		 194 aa  164  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00797  two-component system regulatory protein  50.58 
 
 		 178 aa  164  6.9999999999999995e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0209554  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4063  two component Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 178 aa  164  9e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.309785  normal  0.299316 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0135  response regulator receiver domain-containing protein  51.35 
 
 		 187 aa  164  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0404616 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2343  two component transcriptional regulator, Fis family  51.41 
 
 		 185 aa  161  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.888574  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2255  two component transcriptional regulator, Fis family  51.41 
 
 		 185 aa  161  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0449716  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2036  putative photosynthetic apparatus regulatory protein regA  49.71 
 
 		 177 aa  161  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1607  two component Fis family transcriptional regulator  51.41 
 
 		 185 aa  161  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.016434  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1502  response regulator receiver protein  48.57 
 
 		 177 aa  160  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233016  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0150  two component Fis family transcriptional regulator  53.18 
 
 		 187 aa  160  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4890  two component Fis family transcriptional regulator  51.15 
 
 		 198 aa  159  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.993283  decreased coverage  0.000990624 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0596  response regulator receiver  51.15 
 
 		 209 aa  159  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.186654  normal  0.0367411 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2205  two component Fis family transcriptional regulator  51.98 
 
 		 182 aa  159  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1834  response regulator receiver protein  51.15 
 
 		 199 aa  159  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.743005  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0231  response regulator receiver domain-containing protein  49.12 
 
 		 184 aa  159  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0607  response regulator receiver protein  51.15 
 
 		 200 aa  159  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.307658  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0571  two component transcriptional regulator, Fis family  51.15 
 
 		 200 aa  159  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3186  response regulator receiver protein  48.55 
 
 		 178 aa  159  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7660  two-component transcriptional regulator RegR  48.81 
 
 		 224 aa  158  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0059  two component Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 184 aa  158  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0236  two component Fis family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 177 aa  157  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0131  response regulator receiver  49.12 
 
 		 184 aa  157  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2781  two component Fis family transcriptional regulator  53.76 
 
 		 182 aa  157  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.463044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0172  helix-turn-helix, Fis-type  50.27 
 
 		 206 aa  156  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00427429  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0111  helix-turn-helix, Fis-type  49.71 
 
 		 184 aa  157  1e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0286945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4069  two component Fis family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 200 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0574  two component transcriptional regulator, Fis family  50.29 
 
 		 184 aa  156  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64403  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4041  response regulator receiver protein  48.59 
 
 		 188 aa  156  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.631958  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0321  response regulator receiver protein  47.8 
 
 		 186 aa  155  3e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0435098 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0360  response regulator receiver domain-containing protein  47.95 
 
 		 195 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0692819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4363  two component Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 199 aa  155  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5543  two component transcriptional regulator, Fis family  48.3 
 
 		 180 aa  155  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.657887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3325  two component Fis family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 199 aa  154  8e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363618  normal  0.0552341 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1738  two-component response regulator  48.26 
 
 		 178 aa  153  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.570135  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4052  two component transcriptional regulator, Fis family  46.33 
 
 		 182 aa  152  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.444391  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2781  two component Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 177 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2271  two component transcriptional regulator, Fis family  49.12 
 
 		 177 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0464  two component transcriptional regulator, Fis family  46.24 
 
 		 183 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1844  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 180 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0730516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>