More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0824 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
206 aa  417  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  64.39 
 
 
212 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  64.39 
 
 
212 aa  275  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10080  Transcriptional regulator, TetR family  62.44 
 
 
217 aa  248  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
238 aa  146  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  43.98 
 
 
228 aa  145  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
231 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  42.36 
 
 
212 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
205 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  38.5 
 
 
206 aa  136  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
213 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
213 aa  132  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
213 aa  132  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
213 aa  132  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
211 aa  131  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
261 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
221 aa  131  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 
219 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 
222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
216 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0324  TetR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
203 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.720161 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4830  transcriptional regulator, TetR family  40.86 
 
 
226 aa  125  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  37.31 
 
 
219 aa  124  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  35.96 
 
 
211 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
211 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  35.96 
 
 
211 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
230 aa  124  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  35.96 
 
 
211 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
211 aa  123  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  36.04 
 
 
211 aa  123  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  36.04 
 
 
211 aa  123  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  36.04 
 
 
211 aa  123  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  37.37 
 
 
223 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 
210 aa  122  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
210 aa  121  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  37.37 
 
 
219 aa  121  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3587  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
208 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.73 
 
 
213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1410  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
228 aa  118  4.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.398203  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  39.43 
 
 
208 aa  118  6e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  35.32 
 
 
212 aa  117  9e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  36.19 
 
 
223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.33 
 
 
216 aa  115  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
210 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 
223 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
210 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
239 aa  114  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  35.79 
 
 
219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.9 
 
 
227 aa  112  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.86 
 
 
213 aa  111  8.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.66 
 
 
218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.66 
 
 
218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.66 
 
 
218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.02 
 
 
217 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  33.7 
 
 
215 aa  108  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 
215 aa  108  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.7 
 
 
215 aa  108  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.7 
 
 
215 aa  108  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.7 
 
 
215 aa  108  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.7 
 
 
215 aa  108  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.7 
 
 
215 aa  108  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0374  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
215 aa  108  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.120665  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  33.7 
 
 
215 aa  108  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.7 
 
 
215 aa  108  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0290  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
209 aa  108  7.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547414  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0304  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
209 aa  108  7.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661097  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.2 
 
 
217 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.2 
 
 
217 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.2 
 
 
217 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.2 
 
 
217 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
210 aa  107  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.2 
 
 
217 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
205 aa  100  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
202 aa  99.4  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  33.82 
 
 
215 aa  97.1  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
207 aa  97.1  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  33.33 
 
 
220 aa  92  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.84 
 
 
220 aa  91.7  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  32.84 
 
 
220 aa  91.3  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 
220 aa  91.3  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.84 
 
 
220 aa  91.3  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.84 
 
 
220 aa  91.3  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.84 
 
 
220 aa  91.3  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  32.84 
 
 
220 aa  91.3  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.84 
 
 
220 aa  91.3  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3750  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.67 
 
 
220 aa  90.1  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.833551 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3580  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.67 
 
 
220 aa  90.1  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.344721  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1196  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
235 aa  90.5  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270816  normal  0.528782 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3653  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.67 
 
 
220 aa  89.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.451581 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.67 
 
 
220 aa  89.7  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3687  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.67 
 
 
220 aa  89  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0386851 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5677  regulatory protein  34.36 
 
 
201 aa  85.9  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.106455  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  34.05 
 
 
211 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38380  putative transcriptional regulator  30.58 
 
 
210 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0126427 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4766  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
215 aa  72  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.745504 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>