113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0803 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0803  putative hydroxylase  100 
 
 
222 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12340  putative hydroxylase  68.58 
 
 
226 aa  318  5e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0377  putative hydroxylase  65.93 
 
 
226 aa  315  2e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.925919  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0701  putative hydroxylase  58.85 
 
 
226 aa  279  3e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.455712 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2812  putative hydroxylase  54.42 
 
 
226 aa  272  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.192542  decreased coverage  0.000000224129 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58580  putative hydroxylase  57.78 
 
 
226 aa  271  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00121484  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12420  putative hydroxylase  56.64 
 
 
226 aa  268  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.455137  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5129  putative hydroxylase  56 
 
 
242 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0482297  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1172  2OG-Fe(II) oxygenase  56.44 
 
 
226 aa  261  6.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3725  hypothetical protein  56.89 
 
 
251 aa  257  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.780792 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2317  putative hydroxylase  51.98 
 
 
227 aa  255  5e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000110026  hitchhiker  0.000149055 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0990  2OG-Fe(II) oxygenase  53.98 
 
 
225 aa  254  8e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.20118 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0799  putative hydroxylase  52.65 
 
 
226 aa  250  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0905  putative hydroxylase  51.77 
 
 
226 aa  247  8e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0497199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0862  putative hydroxylase  51.77 
 
 
226 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4316  putative hydroxylase  51.33 
 
 
226 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0120702 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0106  2OG-Fe(II) oxygenase  52.68 
 
 
227 aa  244  6e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0892  putative hydroxylase  51.33 
 
 
226 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.137748 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3557  putative hydroxylase  53.57 
 
 
227 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4810  putative hydroxylase  53.57 
 
 
227 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.63397  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5473  putative hydroxylase  53.57 
 
 
227 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0632728 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4714  putative hydroxylase  53.57 
 
 
227 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.730869 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4660  putative hydroxylase  50.89 
 
 
227 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0892  putative hydroxylase  53.57 
 
 
227 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132513  normal  0.456008 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0838  putative hydroxylase  51.54 
 
 
228 aa  242  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.143447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4192  putative hydroxylase  53.57 
 
 
227 aa  242  3e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.540469  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1709  putative hydroxylase  53.48 
 
 
230 aa  241  5e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.822877  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3793  putative hydroxylase  52.68 
 
 
227 aa  241  7e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0084294 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0528  putative hydroxylase  52.65 
 
 
227 aa  241  7.999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0512  putative hydroxylase  52.65 
 
 
234 aa  240  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.647783  normal  0.011367 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5374  putative hydroxylase  51.98 
 
 
227 aa  240  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.983229  normal  0.422627 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0099  2OG-Fe(II) oxygenase  51.79 
 
 
227 aa  239  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7101  putative hydroxylase  53.12 
 
 
226 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1638  putative hydroxylase  52.17 
 
 
230 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2089  putative hydroxylase  51.53 
 
 
229 aa  237  8e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0632378 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3637  putative hydroxylase  48.68 
 
 
228 aa  238  8e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3541  putative hydroxylase  50 
 
 
229 aa  237  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11463  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1690  putative hydroxylase  52.68 
 
 
227 aa  236  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1609  putative hydroxylase  52.68 
 
 
227 aa  236  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0236  2OG-Fe(II) oxygenase  50.67 
 
 
226 aa  236  2e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.740629  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0200  putative hydroxylase  52.68 
 
 
227 aa  235  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0103343  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0792  putative hydroxylase  50.45 
 
 
227 aa  236  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.182432  normal  0.929966 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7102  putative hydroxylase  51.75 
 
 
227 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1130  putative hydroxylase  50.22 
 
 
227 aa  235  4e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.671813  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1201  putative hydroxylase  51.79 
 
 
227 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.515429  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1077  putative hydroxylase  48.23 
 
 
227 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3244  putative hydroxylase  52 
 
 
224 aa  234  8e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0054374  hitchhiker  0.00000245191 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3334  putative hydroxylase  50.88 
 
 
229 aa  234  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0690816  normal  0.437526 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4677  putative hydroxylase  48.46 
 
 
227 aa  232  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000773199  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1570  2OG-Fe(II) oxygenase  51.5 
 
 
231 aa  232  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.278935 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0717  putative hydroxylase  51.56 
 
 
224 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00266806  hitchhiker  0.000189122 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0219  putative hydroxylase  50.66 
 
 
227 aa  231  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0698  putative hydroxylase  51.56 
 
 
224 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00417487  hitchhiker  0.000293405 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4479  putative hydroxylase  50.44 
 
 
227 aa  231  9e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1514  putative hydroxylase  49.34 
 
 
229 aa  230  1e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35715  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5004  putative hydroxylase  50.44 
 
 
227 aa  230  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0577  2OG-Fe(II) oxygenase  51.77 
 
 
225 aa  229  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0176076  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3575  putative hydroxylase  50.22 
 
 
227 aa  228  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.574336 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3968  putative hydroxylase  49.34 
 
 
229 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.713172  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4046  putative hydroxylase  49.56 
 
 
227 aa  227  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.866851 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3913  putative hydroxylase  50.67 
 
 
224 aa  226  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3634  putative hydroxylase  50.67 
 
 
224 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0721  putative hydroxylase  51.56 
 
 
252 aa  224  6e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000319663  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0750  putative hydroxylase  51.56 
 
 
252 aa  224  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.904412  hitchhiker  0.000158665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0045  putative hydroxylase  48.67 
 
 
227 aa  222  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635627  normal  0.44842 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0741  putative hydroxylase  51.11 
 
 
224 aa  222  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0366446  hitchhiker  0.0000066194 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3916  putative hydroxylase  46.93 
 
 
228 aa  221  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.721944  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3803  putative hydroxylase  46.93 
 
 
228 aa  221  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.327184 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3048  putative hydroxylase  48.02 
 
 
227 aa  221  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1313  putative hydroxylase  52.15 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325019  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1949  2OG-Fe(II) oxygenase  45.98 
 
 
227 aa  220  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2273  putative hydroxylase  48.21 
 
 
227 aa  219  3e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2877  putative hydroxylase  48.68 
 
 
228 aa  218  5e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0828  putative hydroxylase  49.33 
 
 
225 aa  218  7.999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00771  putative hydroxylase  48.89 
 
 
225 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2838  2OG-Fe(II) oxygenase  48.89 
 
 
225 aa  216  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3084  putative hydroxylase  47.58 
 
 
227 aa  216  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.418159  normal  0.523268 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00788  hypothetical protein  48.89 
 
 
225 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0859  putative hydroxylase  48.89 
 
 
225 aa  216  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2839  putative hydroxylase  48.89 
 
 
225 aa  216  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.113073 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0872  putative hydroxylase  48.44 
 
 
225 aa  215  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2559  putative hydroxylase  48.02 
 
 
227 aa  215  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00546533 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2548  putative hydroxylase  48.44 
 
 
225 aa  215  5e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3078  putative hydroxylase  46.49 
 
 
228 aa  213  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1809  2OG-Fe(II) oxygenase  46.22 
 
 
228 aa  210  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.893749  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0953  putative hydroxylase  47.81 
 
 
228 aa  209  3e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0612  2OG-Fe(II) oxygenase  44 
 
 
226 aa  186  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.240573  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03560  putative hydroxylase  41.33 
 
 
226 aa  184  9e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1523  2OG-Fe(II) oxygenase  41.31 
 
 
259 aa  182  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2199  2OG-Fe(II) oxygenase  41.96 
 
 
224 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.568044  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0015  putative hydroxylase  40.44 
 
 
223 aa  161  7e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.587927  normal  0.457656 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1929  putative hydroxylase  39.56 
 
 
220 aa  159  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0096  putative hydroxylase  51.88 
 
 
176 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3426  putative hydroxylase  36.73 
 
 
223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.475229  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20491  putative hydroxylase  40.45 
 
 
221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.126115 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2258  putative hydroxylase  35.43 
 
 
222 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0352243 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2196  putative hydroxylase  35.43 
 
 
222 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1675  putative hydroxylase  37.72 
 
 
219 aa  136  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.899153  normal  0.0319364 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16191  putative hydroxylase  38.31 
 
 
221 aa  129  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12561  putative hydroxylase  36.16 
 
 
221 aa  128  8.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131814 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>