220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0797 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  100 
 
 		 367 aa  721    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  52.29 
 
 		 382 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  52.38 
 
 		 370 aa  347  3e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  44.93 
 
 		 381 aa  330  2e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  44.66 
 
 		 389 aa  330  2e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  44.66 
 
 		 389 aa  330  2e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  44.1 
 
 		 383 aa  280  2e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  36.63 
 
 		 375 aa  265  8e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  37.06 
 
 		 375 aa  263  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  42.69 
 
 		 401 aa  259  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  39.73 
 
 		 370 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  40.22 
 
 		 370 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  39.38 
 
 		 371 aa  253  4.0000000000000004e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  35.89 
 
 		 373 aa  253  5.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  40.87 
 
 		 369 aa  245  6.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  36.86 
 
 		 406 aa  241  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  33.7 
 
 		 373 aa  239  6.999999999999999e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  38.53 
 
 		 366 aa  236  4e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.53 
 
 		 366 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  38.53 
 
 		 366 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  40.75 
 
 		 377 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  34.29 
 
 		 377 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  36.21 
 
 		 375 aa  227  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  38.86 
 
 		 368 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  35.79 
 
 		 378 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  33.6 
 
 		 383 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  34.25 
 
 		 378 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  36.46 
 
 		 383 aa  214  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  33.07 
 
 		 386 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  35.06 
 
 		 365 aa  200  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  34.44 
 
 		 377 aa  192  7e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  31.44 
 
 		 371 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  30.84 
 
 		 394 aa  185  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  30.9 
 
 		 427 aa  180  4e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  32.29 
 
 		 380 aa  179  9e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  30.72 
 
 		 375 aa  179  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  32.79 
 
 		 365 aa  176  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  28.69 
 
 		 372 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  28.32 
 
 		 384 aa  171  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  29.65 
 
 		 374 aa  170  4e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  29.34 
 
 		 372 aa  169  7e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  34.33 
 
 		 363 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  28.06 
 
 		 374 aa  155  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  29.21 
 
 		 407 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  29.73 
 
 		 429 aa  143  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  25.73 
 
 		 360 aa  126  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  27.56 
 
 		 364 aa  125  9e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  24.38 
 
 		 392 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  28.45 
 
 		 363 aa  119  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  28.45 
 
 		 363 aa  119  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  24.73 
 
 		 368 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  25.54 
 
 		 365 aa  107  4e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  26.88 
 
 		 478 aa  102  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  27.89 
 
 		 483 aa  96.7  6e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  25.14 
 
 		 380 aa  94  3e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  26.96 
 
 		 409 aa  92  1e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  26.72 
 
 		 380 aa  90.9  3e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  24.12 
 
 		 517 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  23.84 
 
 		 353 aa  79.7  0.00000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2097  periplasmic binding protein  22.88 
 
 		 376 aa  79.7  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.328694  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  28.19 
 
 		 358 aa  79.7  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 345 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  24.78 
 
 		 390 aa  78.2  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1593  periplasmic binding protein  25.34 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0653353  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  26.57 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  24.59 
 
 		 346 aa  75.1  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  23.48 
 
 		 370 aa  73.2  0.000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  23.96 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  23.73 
 
 		 381 aa  72  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.62 
 
 		 349 aa  72  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  24.14 
 
 		 429 aa  72.4  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0286  periplasmic binding protein  23.04 
 
 		 338 aa  72  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.234357  normal  0.193996 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0836  periplasmic binding protein  25.78 
 
 		 397 aa  70.9  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00603144  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  29.84 
 
 		 363 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  24.27 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  21.58 
 
 		 359 aa  70.1  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  25.34 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00450  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.21 
 
 		 342 aa  69.3  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.123713  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1653  periplasmic binding protein  27.5 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  25.82 
 
 		 362 aa  68.2  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  25 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0759  periplasmic binding protein  24.65 
 
 		 358 aa  67.4  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00294843  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  23.2 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0735  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 358 aa  67.4  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243949  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  24.5 
 
 		 402 aa  66.2  0.0000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1611  periplasmic binding protein  23.91 
 
 		 341 aa  65.5  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0495  periplasmic binding protein  29.32 
 
 		 372 aa  65.5  0.000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0117562  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1870  iron(III) dicitrate-binding protein  24.18 
 
 		 403 aa  64.7  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.874813  normal  0.198975 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1679  periplasmic binding protein  22.7 
 
 		 363 aa  65.1  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  24.86 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  22.79 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  29.18 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  26.85 
 
 		 372 aa  63.9  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4648  periplasmic binding protein  26.91 
 
 		 353 aa  63.9  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76116  hitchhiker  0.000482562 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  22.16 
 
 		 375 aa  63.9  0.000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  21.39 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  22.91 
 
 		 353 aa  63.5  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3695  periplasmic binding protein  28.42 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  24.54 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 340 aa  62.8  0.000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>