More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0775 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0313  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.05 
 
 		 569 aa  693    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2096  type IV pilus assembly protein PilB  57.12 
 
 		 571 aa  666    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3423  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  61.09 
 
 		 569 aa  706    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4447  type IV pilus biogenesis protein PilB  57.55 
 
 		 566 aa  677    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3438  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.65 
 
 		 569 aa  694    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.141365  normal  0.083139 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0416  type IV pilus biogenesis protein PilB  61.06 
 
 		 569 aa  708    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0926  type IV pilus biogenesis protein PilB  80.25 
 
 		 564 aa  942    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12090  type IV pilus assembly protein  78.66 
 
 		 566 aa  924    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0413  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.57 
 
 		 568 aa  686    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1479  pilus assembly protein PilB  55.01 
 
 		 574 aa  643    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1504  pilus assembly protein PilB  55.18 
 
 		 574 aa  646    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0798  type II secretion system protein E  79.37 
 
 		 564 aa  933    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0064  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilB  59.82 
 
 		 591 aa  696    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.978792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2370  type IV pilus assembly protein, PilB  58.05 
 
 		 571 aa  650    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.881077  normal  0.0893992 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0312  type II secretion system protein E  60.99 
 
 		 571 aa  714    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4820  type II secretion system protein E  79.37 
 
 		 566 aa  959    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0425  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.22 
 
 		 569 aa  689    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  hitchhiker  0.000552387 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0775  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  100 
 
 		 567 aa  1161    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.621188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0863  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  60.91 
 
 		 573 aa  696    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3389  type II secretion system protein E  58.23 
 
 		 569 aa  675    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0069  type II secretion system protein E  59.25 
 
 		 570 aa  695    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.73093  normal  0.361926 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0787  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  64.72 
 
 		 549 aa  731    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60.88 
 
 		 570 aa  710    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00735332  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4060  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60.71 
 
 		 570 aa  711    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0244852  normal  0.314215 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0420  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60 
 
 		 569 aa  703    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3605  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60.53 
 
 		 569 aa  706    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.464844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2079  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.72 
 
 		 578 aa  686    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292786 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3783  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60.11 
 
 		 568 aa  694    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.458272  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5162  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  82.74 
 
 		 561 aa  933    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3942  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60.88 
 
 		 570 aa  711    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58750  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  82.36 
 
 		 567 aa  956    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.497058 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0419  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60.71 
 
 		 569 aa  711    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.447977  hitchhiker  0.00974258 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3867  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60.71 
 
 		 570 aa  712    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0369  type IV pilus biogenesis protein PilB  61.06 
 
 		 568 aa  700    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0217494  unclonable  0.0000124471 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2681  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  66.55 
 
 		 572 aa  789    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722105  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04882  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  55.28 
 
 		 577 aa  631  1e-180  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.415694  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0480  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  55.32 
 
 		 562 aa  633  1e-180  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.942114  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0639  type II secretion system protein E  55.06 
 
 		 571 aa  619  1e-176  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2184  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  58.44 
 
 		 572 aa  617  1e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.48405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1579  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  55.48 
 
 		 565 aa  612  9.999999999999999e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2141  type II secretion system protein E  53.79 
 
 		 569 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000466372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2114  pilus biogenesis protein  53.78 
 
 		 577 aa  613  9.999999999999999e-175  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3167  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  55.17 
 
 		 577 aa  608  1e-173  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.644973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2174  type II secretion system protein E  53.79 
 
 		 579 aa  609  1e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1175  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  54.58 
 
 		 571 aa  608  1e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2034  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  53.78 
 
 		 577 aa  610  1e-173  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.226289  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0550  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  54.09 
 
 		 574 aa  605  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0509  pilus biogenesis ATPase  53.53 
 
 		 572 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0385141 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  53.44 
 
 		 555 aa  603  1.0000000000000001e-171  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.762326  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0768  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.71 
 
 		 577 aa  600  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0805  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.71 
 
 		 577 aa  601  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0766  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.51 
 
 		 578 aa  588  1e-167  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.59759  normal  0.16115 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3680  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.41 
 
 		 578 aa  588  1e-167  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5488  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.47 
 
 		 580 aa  590  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.388204  normal  0.1076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0841  type II secretion system protein E  51.96 
 
 		 578 aa  587  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0657263  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4220  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.5 
 
 		 577 aa  582  1.0000000000000001e-165  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2902  type II secretion system protein E  50.26 
 
 		 577 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2960  type II secretion system protein E  51.61 
 
 		 586 aa  548  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548556  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3108  type II secretion system protein E  51.36 
 
 		 573 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.275217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2000  type IV pilus assembly protein PilB  48.76 
 
 		 562 aa  522  1e-147  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.758865  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03469  hypothetical protein  48.9 
 
 		 561 aa  522  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2705  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.36 
 
 		 575 aa  518  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2825  type IV pilus assembly protein  50.18 
 
 		 575 aa  518  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00509282  normal  0.0351792 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0183  type IV pilus assembly protein  46.73 
 
 		 569 aa  520  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3070  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.18 
 
 		 575 aa  518  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0362  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.73 
 
 		 569 aa  520  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002545  type 4 fimbrial assembly ATPase PilB  50.77 
 
 		 561 aa  517  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.255614  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.91 
 
 		 568 aa  500  1e-140  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.84 
 
 		 568 aa  498  1e-140  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2630  type IV pilus assembly protein PilB  51.38 
 
 		 563 aa  501  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.02 
 
 		 568 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  45.66 
 
 		 568 aa  498  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  44.46 
 
 		 568 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.68 
 
 		 568 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.1 
 
 		 563 aa  491  1e-137  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  44.65 
 
 		 568 aa  491  1e-137  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.5 
 
 		 568 aa  489  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.64 
 
 		 568 aa  487  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  44.29 
 
 		 566 aa  484  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.7 
 
 		 568 aa  484  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.96 
 
 		 568 aa  483  1e-135  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0151  type II secretion system protein E  56.56 
 
 		 420 aa  476  1e-133  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  42.78 
 
 		 571 aa  465  1e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1103  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.16 
 
 		 571 aa  437  1e-121  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.202418  decreased coverage  0.00743342 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.77 
 
 		 571 aa  436  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  42.45 
 
 		 557 aa  420  1e-116  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  41.52 
 
 		 557 aa  420  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  40.21 
 
 		 556 aa  416  9.999999999999999e-116  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  40.43 
 
 		 559 aa  409  1e-113  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  39.5 
 
 		 871 aa  411  1e-113  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  40.48 
 
 		 553 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1951  type 4 pili biogenesis protein (nuleotide-binding protein)  39.75 
 
 		 517 aa  399  1e-109  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  41.76 
 
 		 577 aa  396  1e-109  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2655  type II secretion system protein E  46.41 
 
 		 432 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.488787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  40.47 
 
 		 558 aa  394  1e-108  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1156  type II secretion system protein E  40.97 
 
 		 591 aa  392  1e-108  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0247  type IV-A pilus assembly protein PilB  38.88 
 
 		 516 aa  390  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1166  type II secretion system protein E  40.43 
 
 		 572 aa  391  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3257  type II secretion system protein E  38.17 
 
 		 561 aa  387  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1034  type II secretion system protein E  39.77 
 
 		 558 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>