268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0773 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0773  prepilin peptidase  100 
 
 
289 aa  568  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0924  type IV pilus prepilin peptidase PilD  78.55 
 
 
290 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0796  prepilin peptidase  76.82 
 
 
290 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58770  type 4 prepilin peptidase PilD  78.55 
 
 
290 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.896389  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5164  type 4 prepilin peptidase PilD  78.2 
 
 
290 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12070  type IV Pilus Prepilin peptidase, PilD  74.65 
 
 
289 aa  415  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0974512  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4822  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  72.57 
 
 
290 aa  387  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.823452  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4538  prepilin peptidase  66.09 
 
 
288 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0632  prepilin peptidase  63.67 
 
 
288 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0678  prepilin peptidase  66.32 
 
 
288 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0673  prepilin peptidase  63.32 
 
 
288 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0406181 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1173  Prepilin peptidase  59.34 
 
 
283 aa  325  5e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0785  type IV pilus prepilin peptidase PilD  57.49 
 
 
288 aa  315  4e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.460819  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3342  prepilin peptidase  53.56 
 
 
300 aa  315  5e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.501054  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0303  prepilin peptidase  48.48 
 
 
303 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0310  prepilin peptidase  56.6 
 
 
288 aa  297  1e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03471  Type II secretory pathway, prepilin signal peptidase PulO  54.74 
 
 
289 aa  297  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3921  prepilin peptidase  48.66 
 
 
304 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.985112  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4062  prepilin peptidase  48.66 
 
 
304 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.81553  normal  0.488715 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2225  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  53.71 
 
 
288 aa  295  5e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000075446  normal  0.643146 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2683  prepilin peptidase  52.41 
 
 
291 aa  295  6e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000151009  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3785  prepilin peptidase  51.34 
 
 
308 aa  295  8e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2131  prepilin peptidase  51.5 
 
 
302 aa  294  1e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0411  prepilin peptidase  48.32 
 
 
303 aa  293  2e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3869  Prepilin peptidase  49.65 
 
 
308 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000036956 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3944  prepilin peptidase  49.65 
 
 
308 aa  292  5e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002543  leader peptidase (Prepilin peptidase)/N-methyltransferase  54.58 
 
 
289 aa  291  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000528098  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03233  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  54.79 
 
 
297 aa  290  3e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0166212  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0367  prepilin peptidase  55.56 
 
 
304 aa  287  1e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0600095  unclonable  0.00000838241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3607  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  51.33 
 
 
308 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.551443  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2081  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  57.89 
 
 
293 aa  285  4e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.587572 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0418  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  51.67 
 
 
308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3110  type 4 prepilin peptidase 1  58.78 
 
 
289 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0417  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  51.67 
 
 
309 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.167807  hitchhiker  0.00108139 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2002  leader peptidase PilD  55.11 
 
 
291 aa  282  5.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00673434  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2707  Prepilin peptidase  58.48 
 
 
293 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2632  type IV prepilin peptidase PilD (type IV-A prepilin peptidase PilD) (leader peptidase PilD)  52.35 
 
 
295 aa  280  3e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2094  leader peptidase PilD  55.39 
 
 
289 aa  278  6e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3425  prepilin peptidase  51.22 
 
 
308 aa  276  3e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195496  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0414  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  50.69 
 
 
308 aa  275  5e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2368  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  56.59 
 
 
283 aa  275  5e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.66665  normal  0.125964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0861  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  56.52 
 
 
298 aa  275  7e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3072  Prepilin peptidase  57.04 
 
 
293 aa  275  8e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.373458  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2962  prepilin peptidase  60.69 
 
 
295 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3325  prepilin peptidase  53.96 
 
 
290 aa  270  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2186  Prepilin peptidase  55.88 
 
 
296 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.295989  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1481  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  49.44 
 
 
287 aa  270  2e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1581  Prepilin peptidase  55.3 
 
 
294 aa  268  5.9999999999999995e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4449  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme PilD  52.17 
 
 
301 aa  268  7e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255527  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3391  prepilin peptidase  50.17 
 
 
305 aa  268  8e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3440  prepilin peptidase  50.17 
 
 
303 aa  268  8e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.823823  normal  0.0376305 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1502  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  48.69 
 
 
287 aa  265  8e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04888  type IV prepilin peptidase  53.9 
 
 
287 aa  263  3e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.528237  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2827  type 4 prepilin peptidase bifunctionnal: leader peptidase and N-methyltransferase transmembrane protein  57.4 
 
 
294 aa  259  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00920454  normal  0.142968 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0637  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  59.7 
 
 
284 aa  256  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000248086  normal  0.774777 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0502  Type 4 prepilin-like peptidase, leader peptide processing enzyme  50.54 
 
 
318 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0423  prepilin peptidase  49.49 
 
 
303 aa  255  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2657  prepilin peptidase  50.55 
 
 
309 aa  255  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.956099  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0768  prepilin peptidase  52.01 
 
 
283 aa  254  8e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.312939  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0507  signal peptidase  54.05 
 
 
283 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0697104 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2904  prepilin peptidase  53.1 
 
 
280 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3178  Prepilin peptidase  52.85 
 
 
287 aa  252  5.000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0843  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  52.17 
 
 
285 aa  246  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120524  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2820  prepilin peptidase  49.81 
 
 
303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0392488  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0062  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  46.8 
 
 
299 aa  242  6e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000282125  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0504  prepilin peptidase  48.56 
 
 
303 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.613081  normal  0.615675 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3454  Prepilin peptidase  49.45 
 
 
306 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110375  hitchhiker  0.0033362 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0546  prepilin peptidase  49.62 
 
 
303 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204548  normal  0.0306295 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5490  prepilin peptidase  50 
 
 
294 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16559  normal  0.184138 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1953  type 4 prepilin peptidase  43.36 
 
 
286 aa  236  5.0000000000000005e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0766  Prepilin peptidase  49.25 
 
 
293 aa  233  3e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0479  prepilin peptidase  47.84 
 
 
303 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.508512  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2022  prepilin peptidase  48.84 
 
 
296 aa  233  3e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0169642  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0803  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  49.25 
 
 
293 aa  232  4.0000000000000004e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal  0.890784 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2176  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  50 
 
 
280 aa  232  5e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.464128  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0245  type 4 prepilin peptidase PilD  42.66 
 
 
286 aa  231  1e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3529  peptidase A24 N- domain-containing protein  49.81 
 
 
351 aa  229  5e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3249  type IV pilus prepilin peptidase PilD  49.81 
 
 
304 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2533  type IV pilus prepilin peptidase PilD  49.81 
 
 
304 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3682  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  51.87 
 
 
295 aa  228  7e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.948084 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0455  type IV pilus prepilin peptidase PilD  49.81 
 
 
304 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3508  type IV prepilin leader peptidase  49.81 
 
 
304 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1313  type IV pilus prepilin peptidase PilD  49.81 
 
 
304 aa  228  7e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3533  type IV prepilin leader peptidase  49.43 
 
 
304 aa  228  9e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1480  Prepilin peptidase  50.58 
 
 
283 aa  225  6e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0094  prepilin peptidase  50.19 
 
 
303 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0576  prepilin peptidase  50.19 
 
 
303 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0251238  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3661  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  50.19 
 
 
303 aa  225  8e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.301605  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4222  Prepilin peptidase  48.51 
 
 
321 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.32554  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1134  type IV pilus prepilin peptidase PilD  49.62 
 
 
351 aa  223  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0067  prepilin peptidase  47.47 
 
 
299 aa  222  6e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000398253  normal  0.330687 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1309  Prepilin peptidase  49.21 
 
 
283 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2849  Prepilin peptidase  46.82 
 
 
281 aa  219  5e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.993621  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3921  prepilin peptidase  47.94 
 
 
294 aa  215  8e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2107  prepilin peptidase  48.64 
 
 
287 aa  212  4.9999999999999996e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2029  peptidase A24A domain-containing protein  48.64 
 
 
287 aa  212  4.9999999999999996e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.250506  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1391  prepilin peptidase  44.49 
 
 
261 aa  211  1e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2043  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  43.8 
 
 
259 aa  208  7e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1422  Prepilin peptidase  46.39 
 
 
282 aa  202  6e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4241  prepilin peptidase  45.96 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.204549 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>