49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0582 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0582  lipopolysaccharide kinase  100 
 
 		 265 aa  540  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0422457 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4859  lipopolysaccharide kinase  82.26 
 
 		 268 aa  460  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.59895 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0344  lipopolysaccharide kinase  83.02 
 
 		 268 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.048106  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0369  lipopolysaccharide kinase  83.02 
 
 		 268 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0372  lipopolysaccharide kinase  82.26 
 
 		 268 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982942  normal  0.29184 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66220  lipopolysaccharide kinase WaaP  82.26 
 
 		 268 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5744  lipopolysaccharide kinase WaaP  81.89 
 
 		 268 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0468  lipopolysaccharide kinase  78.49 
 
 		 268 aa  441  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0523  lipopolysaccharide kinase  78.49 
 
 		 268 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein WaaP  78.87 
 
 		 268 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44830  Lipopolysaccharide kinase  76.54 
 
 		 271 aa  408  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.83472  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3938  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  55.21 
 
 		 265 aa  309  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4046  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  54.83 
 
 		 265 aa  308  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.710683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4108  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  54.83 
 
 		 265 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.184564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4001  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  54.83 
 
 		 265 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00922523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3920  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  54.44 
 
 		 265 aa  306  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.773448  hitchhiker  0.00444896 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4055  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  56.37 
 
 		 265 aa  305  6e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  55.98 
 
 		 265 aa  304  8.000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.120387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4131  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  55.98 
 
 		 265 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00183874  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3839  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  55.6 
 
 		 265 aa  303  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000421355  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03439  hypothetical protein  55.98 
 
 		 265 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03487  kinase that phosphorylates core heptose of lipopolysaccharide  55.98 
 
 		 268 aa  303  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0081  lipopolysaccharide kinase  55.98 
 
 		 265 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.382008  hitchhiker  0.000743328 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3965  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  55.6 
 
 		 265 aa  301  6.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0509856  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0075  lipopolysaccharide kinase  54.41 
 
 		 265 aa  300  1e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0755  lipopolysaccharide kinase  46.28 
 
 		 278 aa  226  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0921452 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0318  lipopolysaccharide kinase  46.03 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2794  lipopolysaccharide kinase  46.27 
 
 		 286 aa  207  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1275  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  41.6 
 
 		 278 aa  178  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1265  putative LPS biosynthesis enzyme  33.61 
 
 		 277 aa  112  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0901  lipopolysaccharide kinase  34.65 
 
 		 268 aa  84.3  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66210  hypothetical protein  28.63 
 
 		 244 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5743  hypothetical protein  29.24 
 
 		 244 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.744614  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0469  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  29.66 
 
 		 244 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44820  lipopolysaccharide kinase  30.57 
 
 		 246 aa  55.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47028  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0583  lipopolysaccharide kinase  28.21 
 
 		 244 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0886843 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4999  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  30.04 
 
 		 244 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0374  lipopolysaccharide kinase  26.24 
 
 		 250 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616716 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0345  lipopolysaccharide kinase  30.82 
 
 		 244 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.199411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0524  lipopolysaccharide kinase  29.41 
 
 		 244 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0525  lipopolysaccharide kinase  26.67 
 
 		 259 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0370  lipopolysaccharide kinase  30.82 
 
 		 244 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4857  lipopolysaccharide kinase  28.41 
 
 		 250 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.616277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0371  lipopolysaccharide kinase  26.86 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605574  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0346  lipopolysaccharide kinase  26.86 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4858  lipopolysaccharide kinase  30.25 
 
 		 244 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0373  lipopolysaccharide kinase  28.93 
 
 		 244 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.379585 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4998  lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative  23.78 
 
 		 253 aa  42.4  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2259  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid kinase  30.5 
 
 		 244 aa  42  0.009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>