126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0564 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
415 aa  859    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  45.86 
 
 
425 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.69 
 
 
442 aa  207  3e-52  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.74 
 
 
456 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.93 
 
 
413 aa  149  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  26.99 
 
 
429 aa  137  4e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  33.33 
 
 
315 aa  133  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  35.1 
 
 
427 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  43.31 
 
 
411 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  43.31 
 
 
411 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  28.17 
 
 
428 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  26.28 
 
 
439 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  33.57 
 
 
432 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  31.27 
 
 
425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  29.33 
 
 
413 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.35 
 
 
424 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  25.39 
 
 
464 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  26.92 
 
 
360 aa  85.1  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.29 
 
 
390 aa  82.4  0.00000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.76 
 
 
422 aa  81.6  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.43 
 
 
374 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  27.64 
 
 
438 aa  82  0.00000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.93 
 
 
238 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  23.26 
 
 
433 aa  80.9  0.00000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  24.92 
 
 
417 aa  80.5  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2785  type I restriction enzyme EcoR124II specificity protein  36.7 
 
 
121 aa  79.3  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.302167 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  22.13 
 
 
477 aa  78.2  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.24 
 
 
465 aa  77.8  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.79 
 
 
429 aa  75.9  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  26.42 
 
 
435 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  26.86 
 
 
436 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.1 
 
 
423 aa  72.4  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  24.63 
 
 
290 aa  71.2  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  25.77 
 
 
419 aa  67.8  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.39 
 
 
428 aa  67.8  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.41 
 
 
413 aa  66.2  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  24.15 
 
 
425 aa  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  23.26 
 
 
411 aa  66.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.64 
 
 
620 aa  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.33 
 
 
423 aa  65.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.69 
 
 
433 aa  64.3  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  23.56 
 
 
434 aa  63.9  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  28.16 
 
 
473 aa  63.5  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  28.42 
 
 
383 aa  63.2  0.000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.92 
 
 
445 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 
296 aa  60.8  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  21.94 
 
 
461 aa  60.1  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  30.23 
 
 
400 aa  60.1  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 
442 aa  59.7  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  22.29 
 
 
413 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.46 
 
 
444 aa  59.3  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  29.77 
 
 
556 aa  58.9  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.69 
 
 
435 aa  58.9  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.08 
 
 
462 aa  59.3  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.39 
 
 
453 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  24.44 
 
 
775 aa  58.2  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0545  hypothetical protein  26.7 
 
 
701 aa  57.4  0.0000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  24.68 
 
 
453 aa  57.4  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  26.29 
 
 
456 aa  57.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  24.08 
 
 
453 aa  57.8  0.0000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  21.28 
 
 
446 aa  57.4  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.63 
 
 
528 aa  56.2  0.0000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  21.15 
 
 
408 aa  55.8  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  23.5 
 
 
633 aa  55.8  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  25 
 
 
775 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3599  hypothetical protein  25.45 
 
 
482 aa  55.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  25.77 
 
 
409 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  25.77 
 
 
409 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  24.34 
 
 
563 aa  54.7  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  24.34 
 
 
561 aa  54.7  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 
413 aa  54.3  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.17 
 
 
460 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 
402 aa  53.9  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  22.67 
 
 
451 aa  53.5  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.99 
 
 
477 aa  53.5  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.88 
 
 
462 aa  53.1  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  23.6 
 
 
444 aa  52.4  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.41 
 
 
520 aa  52.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  22.03 
 
 
432 aa  52.4  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.93 
 
 
411 aa  52.8  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  23.26 
 
 
430 aa  52.4  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  32.5 
 
 
490 aa  51.6  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  22.1 
 
 
456 aa  52.4  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.37 
 
 
457 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  21.67 
 
 
387 aa  51.2  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  24.24 
 
 
417 aa  51.2  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.87 
 
 
443 aa  51.2  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  22.7 
 
 
463 aa  51.2  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.99 
 
 
428 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 
435 aa  50.8  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  24.38 
 
 
492 aa  50.4  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  27 
 
 
417 aa  50.1  0.00007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  26.63 
 
 
611 aa  49.7  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.48 
 
 
194 aa  49.7  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  26.49 
 
 
236 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  32.98 
 
 
420 aa  48.9  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  23.33 
 
 
422 aa  49.3  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0839  type I restriction-modification system, M subunit, putative  25.15 
 
 
613 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.52707  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 
402 aa  48.9  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  21.85 
 
 
429 aa  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>