More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0478 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0478  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 422 aa  852    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.33 
 
 		 411 aa  343  4e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.8 
 
 		 415 aa  328  8e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 420 aa  327  3e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0621  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 415 aa  307  2.0000000000000002e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.649156 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  41.13 
 
 		 406 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03374  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  40.99 
 
 		 419 aa  304  2.0000000000000002e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.67607  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1511  response regulator receiver protein  42.03 
 
 		 416 aa  297  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.5 
 
 		 400 aa  296  6e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  40.79 
 
 		 407 aa  290  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 453 aa  285  8e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  37.86 
 
 		 417 aa  269  7e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.3 
 
 		 419 aa  266  7e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  36.01 
 
 		 417 aa  263  3e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  37.97 
 
 		 403 aa  258  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3346  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.05 
 
 		 417 aa  253  7e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 443 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 427 aa  249  8e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  37.5 
 
 		 414 aa  247  3e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  34.55 
 
 		 422 aa  245  9.999999999999999e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 415 aa  244  1.9999999999999999e-63  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1334  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 447 aa  243  5e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 414 aa  240  4e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 445 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 443 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  34.06 
 
 		 418 aa  233  3e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 428 aa  227  3e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 418 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  31.5 
 
 		 426 aa  211  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0178  response regulator receiver domain-containing protein  40.08 
 
 		 272 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2852  response regulator receiver protein  41.27 
 
 		 268 aa  188  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0180  response regulator receiver domain-containing protein  38.22 
 
 		 273 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0746  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.38 
 
 		 414 aa  170  4e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0447686  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.38 
 
 		 414 aa  170  4e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0579  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.12 
 
 		 487 aa  170  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1937  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 269 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1356  response regulator/GGDEF domain-containing protein  27.14 
 
 		 414 aa  167  4e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 		 1691 aa  167  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0652  two component response regulator  29.51 
 
 		 414 aa  162  8.000000000000001e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.267728  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1131  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 		 500 aa  162  9e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2154  response regulator receiver protein  32.37 
 
 		 268 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193377  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2408  response regulator receiver protein  32.78 
 
 		 276 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2726  two component response regulator  32.28 
 
 		 277 aa  146  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  37.33 
 
 		 542 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 419 aa  142  8e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  37.75 
 
 		 542 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1795  response regulator receiver protein  31.23 
 
 		 274 aa  141  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00918371  hitchhiker  0.000651153 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 917 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 301 aa  140  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  33.33 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  37.02 
 
 		 551 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 304 aa  139  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.68 
 
 		 526 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 314 aa  138  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  33.45 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 676 aa  134  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 544 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 544 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  36.33 
 
 		 551 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  34 
 
 		 301 aa  134  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 715 aa  133  6e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 543 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  32.98 
 
 		 544 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 312 aa  131  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 556 aa  131  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 393 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 300 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 546 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.26 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 322 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 351 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 941 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 546 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 322 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 312 aa  127  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  31.16 
 
 		 300 aa  127  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 455 aa  126  6e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 546 aa  126  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 451 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 316 aa  126  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 546 aa  126  9e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 452 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 665 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  32.89 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  32.14 
 
 		 302 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.79 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 451 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 459 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  31.96 
 
 		 299 aa  124  4e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>