115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0416 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0416  citrate transporter  100 
 
 		 464 aa  914    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00414278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3347  citrate transporter  72.84 
 
 		 462 aa  677    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.916908  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13910  integral membrane permease/GntP family/citrate transporter  71.83 
 
 		 463 aa  643    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00000614873  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4048  citrate transporter  66.31 
 
 		 461 aa  580  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1595  GntP family transporter  57.21 
 
 		 471 aa  528  1e-149  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.845191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3440  Citrate transporter  57.51 
 
 		 521 aa  529  1e-149  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1768  citrate transporter  57.64 
 
 		 481 aa  525  1e-148  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1431  GntP family transporter  57.21 
 
 		 471 aa  525  1e-147  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.68613  normal  0.475499 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1707  citrate transporter  55.96 
 
 		 469 aa  521  1e-146  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3642  citrate transporter  56.2 
 
 		 469 aa  506  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.994424  normal  0.156784 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10190  H+/gluconate symporter family protein  53.39 
 
 		 469 aa  446  1.0000000000000001e-124  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.438603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0830  citrate transporter  47.24 
 
 		 487 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.857504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0768  hypothetical protein  48.53 
 
 		 459 aa  431  1e-119  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.402373  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0751  hypothetical protein  48.75 
 
 		 459 aa  431  1e-119  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0683587  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4691  putative permease  49.49 
 
 		 485 aa  420  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00173372  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2569  Citrate transporter  49.38 
 
 		 484 aa  409  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212099 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0794  citrate transporter  50.53 
 
 		 491 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3481  hypothetical protein  51.89 
 
 		 452 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31169 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1395  citrate transporter  49.38 
 
 		 484 aa  392  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3078  hypothetical protein  46.7 
 
 		 463 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22430  H+/gluconate symporter family protein  47.41 
 
 		 483 aa  381  1e-104  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.399146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2792  citrate transporter  47.58 
 
 		 463 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221695  normal  0.129925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2650  citrate transporter  47.58 
 
 		 463 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01390  H+/gluconate symporter family protein  45.78 
 
 		 489 aa  377  1e-103  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3074  citrate transporter  47.02 
 
 		 463 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.846868 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0456  hypothetical protein  46.93 
 
 		 465 aa  372  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.259355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3285  hypothetical protein  48.46 
 
 		 463 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612003  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2980  hypothetical protein  46.49 
 
 		 466 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38580  hypothetical protein  48.24 
 
 		 463 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.27646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1268  citrate transporter  44.16 
 
 		 466 aa  371  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1629  citrate transporter  46.48 
 
 		 479 aa  371  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0518899  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2046  citrate transporter  44.75 
 
 		 479 aa  370  1e-101  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.02921  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6939  Citrate transporter  46.49 
 
 		 466 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2789  Citrate transporter  47.35 
 
 		 466 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2382  Citrate transporter  47.12 
 
 		 466 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.463878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4755  citrate transporter  45.84 
 
 		 463 aa  366  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.708141 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17600  membrane protein, D-beta-hydroxybutyrate permease  48.1 
 
 		 463 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2717  citrate transporter  47.54 
 
 		 463 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.203556  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2005  gluconate permease  45.2 
 
 		 479 aa  365  1e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0226101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2065  hypothetical protein  45.2 
 
 		 479 aa  364  2e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2221  hypothetical protein  45.2 
 
 		 479 aa  364  2e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.751134  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2249  hypothetical protein  45.2 
 
 		 479 aa  364  2e-99  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.9907900000000003e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2333  hypothetical protein  44.99 
 
 		 479 aa  363  3e-99  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0140317  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2203  hypothetical protein  44.78 
 
 		 479 aa  363  3e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3122  hypothetical protein  44.56 
 
 		 479 aa  363  5.0000000000000005e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000385329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4323  Citrate transporter  46.9 
 
 		 463 aa  362  9e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.261698 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3955  citrate transporter  46.9 
 
 		 463 aa  361  1e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.376659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3728  hypothetical protein  47.99 
 
 		 463 aa  360  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0594  citrate transporter  45.14 
 
 		 463 aa  360  3e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4742  citrate transporter  47.62 
 
 		 467 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2004  gluconate permease  44.69 
 
 		 479 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000311316  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1854  Citrate transporter  44.67 
 
 		 463 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.761609 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2001  citrate transporter  43.81 
 
 		 465 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2707  integral membrane protein; gluconate transporter  44.98 
 
 		 478 aa  355  6.999999999999999e-97  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0128  H+/gluconate symporter family protein  47.39 
 
 		 467 aa  355  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2686  permease  44.1 
 
 		 478 aa  354  2e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0422279  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5331  citrate transporter  47.17 
 
 		 467 aa  353  5e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5530  citrate transporter  47.17 
 
 		 467 aa  353  5e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2251  hypothetical protein  44.56 
 
 		 466 aa  352  7e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.162052  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3275  citrate transporter  46.74 
 
 		 495 aa  351  1e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.143329  normal  0.0330596 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4854  citrate transporter  46.71 
 
 		 467 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5401  citrate transporter  46.71 
 
 		 467 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.487736 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1666  citrate transporter family protein  45.59 
 
 		 463 aa  349  6e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0564  citrate transporter  46.29 
 
 		 461 aa  349  6e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4278  citrate transporter  46.01 
 
 		 466 aa  343  4e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.991467  normal  0.456122 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0583  citrate transporter  46.14 
 
 		 466 aa  342  8e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.242191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2437  citrate transporter  42.34 
 
 		 479 aa  342  9e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568762  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2211  hypothetical protein  46.71 
 
 		 467 aa  342  1e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0293678  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2518  hypothetical protein  47.74 
 
 		 466 aa  340  2e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0875463  normal  0.019888 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2892  hypothetical protein  46.49 
 
 		 467 aa  341  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0362  hypothetical protein  46.49 
 
 		 467 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140777  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1244  YxjC protein  46.49 
 
 		 467 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460946  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1545  hypothetical protein  46.49 
 
 		 467 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0375228  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1734  hypothetical protein  46.49 
 
 		 467 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0301594  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3009  hypothetical protein  46.49 
 
 		 467 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000107347  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0395  hypothetical protein  46.49 
 
 		 467 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.202442  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0547  citrate transporter  46.4 
 
 		 463 aa  339  5e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104636 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4432  Citrate transporter  45.9 
 
 		 463 aa  339  7e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.605428 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1979  citrate transporter  38.51 
 
 		 431 aa  264  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.789189  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02262  GntP family permease  38.34 
 
 		 428 aa  246  6e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.470308  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2081  hypothetical protein  37.91 
 
 		 464 aa  241  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2554  citrate transporter  38.5 
 
 		 457 aa  212  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000334363  hitchhiker  1.3683e-16 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0931  citrate transporter family protein  44.25 
 
 		 141 aa  87  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0992  citrate transporter family protein  44.25 
 
 		 141 aa  87  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1012  citrate transporter family protein  44.25 
 
 		 141 aa  87  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0122891  normal  0.705838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0963  citrate transporter family protein  44.25 
 
 		 141 aa  87  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.589813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4051  gluconate:H+ symporter (GntP) family protein  29.31 
 
 		 422 aa  52  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4082  gluconate:H+ symporter (GntP) family protein  27.43 
 
 		 422 aa  51.6  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.143116 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0112  gluconate transporter  29.31 
 
 		 422 aa  52  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3399  Citrate transporter  32.78 
 
 		 424 aa  47.8  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000345783  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04190  fructuronate transporter  29.82 
 
 		 447 aa  47.8  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3676  gluconate transporter  29.82 
 
 		 447 aa  47.8  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.810405  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4547  fructuronate transporter  29.82 
 
 		 447 aa  47.8  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4919  fructuronate transporter  29.82 
 
 		 447 aa  47.8  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4848  fructuronate transporter  29.82 
 
 		 447 aa  47.8  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.774061 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04152  hypothetical protein  29.82 
 
 		 447 aa  47.8  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5827  fructuronate transporter  29.82 
 
 		 447 aa  47.8  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.469468  normal  0.910454 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1420  H+/gluconate symporter or related permease  30.36 
 
 		 499 aa  46.2  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0473802  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0621  citrate transporter  25.93 
 
 		 431 aa  46.6  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2593  gluconate permease  27.54 
 
 		 421 aa  45.8  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>