More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0280 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 312 aa  622  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  89.03 
 
 		 313 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  87.74 
 
 		 313 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  88.06 
 
 		 313 aa  547  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  88.39 
 
 		 313 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  89.03 
 
 		 313 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  88.46 
 
 		 314 aa  541  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  87.7 
 
 		 313 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  88.71 
 
 		 313 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  85.11 
 
 		 313 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  85.11 
 
 		 313 aa  536  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  71.71 
 
 		 308 aa  434  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  69.51 
 
 		 310 aa  425  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  70.53 
 
 		 320 aa  425  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  69.41 
 
 		 317 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  69.87 
 
 		 318 aa  422  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  69.87 
 
 		 313 aa  422  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  70.2 
 
 		 320 aa  424  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  70.2 
 
 		 318 aa  423  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  70.2 
 
 		 320 aa  424  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  69.87 
 
 		 313 aa  422  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  69.87 
 
 		 320 aa  422  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  70.2 
 
 		 320 aa  424  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  70.16 
 
 		 315 aa  422  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  67.54 
 
 		 326 aa  419  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0342  porphobilinogen deaminase  68.42 
 
 		 309 aa  421  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  69.54 
 
 		 326 aa  419  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  67.54 
 
 		 310 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  68.54 
 
 		 309 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  68.87 
 
 		 313 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  68.42 
 
 		 312 aa  415  9.999999999999999e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  68.87 
 
 		 320 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  68.87 
 
 		 313 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  67.54 
 
 		 310 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  67.54 
 
 		 310 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  68.87 
 
 		 318 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  68.87 
 
 		 320 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  67.54 
 
 		 310 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  67.21 
 
 		 310 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  69.51 
 
 		 313 aa  412  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  68.54 
 
 		 309 aa  414  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  68.2 
 
 		 322 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  69.16 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  69.21 
 
 		 313 aa  413  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  68.54 
 
 		 309 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  68.54 
 
 		 313 aa  408  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  66.89 
 
 		 310 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  66.89 
 
 		 310 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  68.87 
 
 		 313 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  67.21 
 
 		 311 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  68.21 
 
 		 317 aa  407  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  67.21 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  66.89 
 
 		 310 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  68.87 
 
 		 313 aa  407  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  68.87 
 
 		 313 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  67.53 
 
 		 313 aa  407  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  67.43 
 
 		 312 aa  406  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  65.69 
 
 		 313 aa  401  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  66.45 
 
 		 312 aa  398  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  65.69 
 
 		 317 aa  393  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  64.47 
 
 		 310 aa  394  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  65.23 
 
 		 319 aa  389  1e-107  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  66.89 
 
 		 351 aa  388  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0044  porphobilinogen deaminase  62.15 
 
 		 321 aa  379  1e-104  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0112  porphobilinogen deaminase  61.49 
 
 		 309 aa  375  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3109  hydroxymethylbilane synthase  65.46 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324742  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  65.79 
 
 		 316 aa  371  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2263  porphobilinogen deaminase  59.38 
 
 		 339 aa  370  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  61.41 
 
 		 311 aa  367  1e-100  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  65.4 
 
 		 315 aa  362  6e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  61.59 
 
 		 310 aa  360  2e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1025  porphobilinogen deaminase  58.47 
 
 		 310 aa  350  1e-95  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0857406  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0089  hydroxymethylbilane synthase  55.49 
 
 		 345 aa  350  2e-95  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2670  porphobilinogen deaminase  59.08 
 
 		 308 aa  346  3e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000635996 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0098  porphobilinogen deaminase  54.6 
 
 		 345 aa  343  2.9999999999999997e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  60.13 
 
 		 310 aa  342  4e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  56.35 
 
 		 314 aa  338  5e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  57.62 
 
 		 311 aa  338  9.999999999999999e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  56.82 
 
 		 334 aa  326  3e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  56.81 
 
 		 306 aa  326  4.0000000000000003e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  56.48 
 
 		 315 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0408  porphobilinogen deaminase  53.62 
 
 		 318 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3234  porphobilinogen deaminase  55.08 
 
 		 318 aa  319  3.9999999999999996e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00122468  normal  0.150053 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0408  porphobilinogen deaminase  53.62 
 
 		 318 aa  318  7.999999999999999e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  56.49 
 
 		 334 aa  317  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  57.81 
 
 		 304 aa  317  2e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2571  porphobilinogen deaminase  58.65 
 
 		 338 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.902801 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2166  porphobilinogen deaminase  59.29 
 
 		 338 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.600756 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  53.29 
 
 		 318 aa  315  4e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3285  porphobilinogen deaminase  53.97 
 
 		 318 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3530  porphobilinogen deaminase  57.86 
 
 		 303 aa  311  5.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3375  porphobilinogen deaminase  53.77 
 
 		 310 aa  311  7.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2179  porphobilinogen deaminase  56.09 
 
 		 327 aa  309  5e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.230446  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2690  porphobilinogen deaminase  54.98 
 
 		 321 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1287  porphobilinogen deaminase  54.72 
 
 		 310 aa  306  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.909327  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1069  porphobilinogen deaminase  55.45 
 
 		 342 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0679  porphobilinogen deaminase  53.92 
 
 		 317 aa  305  1.0000000000000001e-81  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.451406  normal  0.332479 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  54.4 
 
 		 310 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2357  porphobilinogen deaminase  57.69 
 
 		 334 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.206721  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07271  porphobilinogen deaminase  53.27 
 
 		 317 aa  302  5.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>