More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0267 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  87.2 
 
 		 415 aa  734    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  84.78 
 
 		 415 aa  714    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  84.78 
 
 		 415 aa  714    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  85.51 
 
 		 415 aa  726    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 415 aa  835    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  85.02 
 
 		 415 aa  725    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  86.96 
 
 		 415 aa  705    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  84.3 
 
 		 415 aa  687    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  86.71 
 
 		 415 aa  701    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  84.78 
 
 		 415 aa  716    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  87.68 
 
 		 415 aa  737    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  69.64 
 
 		 416 aa  597  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  68.75 
 
 		 417 aa  592  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  69.08 
 
 		 414 aa  591  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  68.99 
 
 		 417 aa  590  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2394  diaminopimelate decarboxylase  67.79 
 
 		 417 aa  586  1e-166  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.362349  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  65.87 
 
 		 417 aa  578  1e-164  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  67.55 
 
 		 417 aa  576  1.0000000000000001e-163  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  64.25 
 
 		 414 aa  569  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  68.6 
 
 		 414 aa  568  1e-161  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  64.98 
 
 		 414 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  64.98 
 
 		 414 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  64.73 
 
 		 414 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  64.73 
 
 		 414 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  64.73 
 
 		 414 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  65.78 
 
 		 417 aa  558  1e-158  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  63.77 
 
 		 414 aa  560  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  63.53 
 
 		 414 aa  558  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  64.01 
 
 		 414 aa  560  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  63.04 
 
 		 414 aa  557  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  64.82 
 
 		 415 aa  551  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  64.34 
 
 		 434 aa  545  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  64.01 
 
 		 414 aa  543  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  64.49 
 
 		 414 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  64.49 
 
 		 414 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  64.49 
 
 		 414 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  64.49 
 
 		 414 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  63.25 
 
 		 420 aa  540  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  62.08 
 
 		 418 aa  538  9.999999999999999e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  65.22 
 
 		 415 aa  541  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  67.87 
 
 		 418 aa  531  1e-150  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  61.54 
 
 		 416 aa  531  1e-150  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  61.5 
 
 		 418 aa  521  1e-147  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  60.91 
 
 		 415 aa  522  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  61.41 
 
 		 445 aa  518  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0041  diaminopimelate decarboxylase  60.48 
 
 		 421 aa  515  1.0000000000000001e-145  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.437243  hitchhiker  0.00781145 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  63.04 
 
 		 414 aa  511  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  61.78 
 
 		 420 aa  510  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3766  diaminopimelate decarboxylase  63.7 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.795007  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2756  diaminopimelate decarboxylase  63.7 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.303641  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  63.7 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  63.7 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3197  diaminopimelate decarboxylase  63.7 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3708  diaminopimelate decarboxylase  63.7 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  63.7 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  63.7 
 
 		 423 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  56.63 
 
 		 417 aa  506  9.999999999999999e-143  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  61.46 
 
 		 422 aa  502  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  61.87 
 
 		 420 aa  503  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0830  diaminopimelate decarboxylase  62.41 
 
 		 423 aa  500  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  61.33 
 
 		 414 aa  496  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3606  diaminopimelate decarboxylase  61.54 
 
 		 420 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00198954  hitchhiker  0.0000000450016 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  59.23 
 
 		 451 aa  489  1e-137  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  58.51 
 
 		 423 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  58.25 
 
 		 445 aa  485  1e-136  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3116  diaminopimelate decarboxylase  61.26 
 
 		 424 aa  487  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675356 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  57.79 
 
 		 423 aa  482  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  58.5 
 
 		 443 aa  477  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  57.55 
 
 		 443 aa  473  1e-132  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  58.03 
 
 		 419 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  54.63 
 
 		 432 aa  466  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  56.69 
 
 		 416 aa  461  1e-129  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  54.13 
 
 		 415 aa  457  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  55.56 
 
 		 431 aa  451  1.0000000000000001e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  55.26 
 
 		 422 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2176  diaminopimelate decarboxylase  58.31 
 
 		 430 aa  449  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  54.72 
 
 		 433 aa  449  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  57.63 
 
 		 419 aa  450  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  56.01 
 
 		 419 aa  450  1e-125  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  55.31 
 
 		 431 aa  449  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  53.03 
 
 		 417 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  55.88 
 
 		 427 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  55.1 
 
 		 427 aa  444  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  55.16 
 
 		 427 aa  443  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  54.7 
 
 		 419 aa  443  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  54.83 
 
 		 427 aa  442  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  54.7 
 
 		 419 aa  443  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0083  diaminopimelate decarboxylase  52.97 
 
 		 432 aa  442  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822301 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  57.67 
 
 		 418 aa  443  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  54.48 
 
 		 434 aa  444  1e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  54.99 
 
 		 412 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  55.16 
 
 		 427 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  52.55 
 
 		 417 aa  437  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  52.67 
 
 		 418 aa  432  1e-120  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  53.44 
 
 		 425 aa  434  1e-120  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0992  diaminopimelate decarboxylase  54.11 
 
 		 427 aa  434  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  51.57 
 
 		 417 aa  433  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  50.36 
 
 		 417 aa  431  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  53 
 
 		 422 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  51.58 
 
 		 423 aa  424  1e-117  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>