More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0259 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_6030  nitrogen regulatory protein P-II 2  100 
 
 
112 aa  221  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69810  nitrogen regulatory protein P-II 2  100 
 
 
112 aa  221  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.241854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0259  nitrogen regulatory protein P-II  100 
 
 
112 aa  221  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0190  nitrogen regulatory protein P-II  97.32 
 
 
112 aa  213  9e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5295  nitrogen regulatory protein P-II  97.32 
 
 
112 aa  213  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0238  nitrogen regulatory protein P-II  97.32 
 
 
112 aa  213  9e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0928138  normal  0.898368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5506  nitrogen regulatory protein P-II  97.32 
 
 
112 aa  213  9e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.851812  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0217  nitrogen regulatory protein P-II  97.32 
 
 
112 aa  213  9e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531374  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5234  nitrogen regulatory protein P-II  97.32 
 
 
112 aa  213  9e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5143  nitrogen regulatory protein P-II  97.32 
 
 
112 aa  213  9e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47790  Nitrogen regulatory protein P-II GlnK  96.43 
 
 
112 aa  211  2e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3656  nitrogen regulatory protein P-II  85.71 
 
 
112 aa  198  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0523  nitrogen regulatory protein P-II  86.61 
 
 
112 aa  197  5e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.278087  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3119  nitrogen regulatory protein P-II  87.5 
 
 
112 aa  196  9e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0080  nitrogen regulatory protein P-II  85.71 
 
 
112 aa  196  9e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416357  normal  0.780104 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3163  nitrogen regulatory protein P-II  84.82 
 
 
112 aa  191  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.105283  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0053  nitrogen regulatory protein P-II  83.93 
 
 
112 aa  190  6e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0041295  normal  0.377674 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2137  nitrogen regulatory protein P-II  82.14 
 
 
112 aa  189  8e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.573897  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0218  nitrogen regulatory protein P-II  82.14 
 
 
112 aa  187  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.601689  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0232  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 
112 aa  186  7e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312248  normal  0.530475 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0181  nitrogen regulatory protein P-II  81.25 
 
 
112 aa  186  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.153981  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0183  nitrogen regulatory protein P-II  81.25 
 
 
112 aa  186  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320277  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0163  nitrogen regulatory protein P-II  81.25 
 
 
112 aa  186  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.814781 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2513  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 
112 aa  185  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00284343  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2346  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  79.46 
 
 
112 aa  185  2e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.235899 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00479  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 
112 aa  184  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3314  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 
112 aa  184  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.258343  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0641  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  184  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.252116  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2043  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 
112 aa  184  4e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.242523  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2406  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 
112 aa  184  4e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0233  nitrogen regulatory protein P-II  81.25 
 
 
112 aa  184  4e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0491  nitrogen regulatory protein P-II  78.57 
 
 
112 aa  184  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0594  nitrogen regulatory protein P-II  81.25 
 
 
112 aa  183  6e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0171  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 
112 aa  182  1e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.138781  normal  0.605066 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0173  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 
112 aa  182  1e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.93377e-06  normal  0.353092 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0240  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 
112 aa  182  1e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.806951 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3942  nitrogen regulatory protein P-II  81.25 
 
 
112 aa  182  2e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3251  nitrogen regulatory protein P-II 2  77.68 
 
 
112 aa  181  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.534488  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0433  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 
112 aa  181  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0037358  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1060  nitrogen regulatory protein P-II 2  77.68 
 
 
112 aa  181  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2865  nitrogen regulatory protein P-II 2  77.68 
 
 
112 aa  181  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3039  nitrogen regulatory protein P-II 2  77.68 
 
 
112 aa  181  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.437205 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3057  nitrogen regulatory protein P-II 2  77.68 
 
 
112 aa  181  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3078  nitrogen regulatory protein P-II 2  77.68 
 
 
112 aa  181  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3220  nitrogen regulatory protein P-II 2  77.68 
 
 
112 aa  181  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1116  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 
112 aa  181  4e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0217  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 
112 aa  181  4e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  3.68327e-06 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0198  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 
112 aa  181  4e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0342  nitrogen regulatory P-II transcription regulator protein  77.68 
 
 
112 aa  181  4e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2044  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 
112 aa  180  5e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0472  nitrogen regulatory protein P-II  79.46 
 
 
112 aa  180  5e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0120  nitrogen regulatory protein P-II  78.57 
 
 
112 aa  180  5e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0723912 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0527  nitrogen regulatory protein P-II 2  78.57 
 
 
112 aa  180  7e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0539  nitrogen regulatory protein P-II 2  78.57 
 
 
112 aa  180  7e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.843641  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3708  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 
112 aa  180  7e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00803334  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0377  nitrogen regulatory protein P-II 2  78.57 
 
 
112 aa  180  7e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0494  nitrogen regulatory protein P-II 2  78.57 
 
 
112 aa  180  7e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00406  hypothetical protein  78.57 
 
 
112 aa  180  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3165  nitrogen regulatory protein P-II 2  78.57 
 
 
112 aa  180  7e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3650  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 
112 aa  180  7e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.107893  hitchhiker  0.000239042 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0486  nitrogen regulatory protein P-II 2  78.57 
 
 
112 aa  180  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0797  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 
112 aa  180  7e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.131267  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3832  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 
112 aa  180  7e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00851971  normal  0.0591217 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00402  nitrogen assimilation regulatory protein for GlnL, GlnE, and AmtB  78.57 
 
 
112 aa  180  7e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0291  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 
112 aa  180  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3159  nitrogen regulatory protein P-II  78.57 
 
 
112 aa  180  7e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2550  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 
112 aa  179  8e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0188103  normal  0.0743791 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1109  nitrogen regulatory protein P-II 2  75.89 
 
 
112 aa  179  9e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0216976  hitchhiker  2.14142e-06 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0468  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409463  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4190  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 
112 aa  179  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.959597 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0193  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.431486  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0651  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0525  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 
112 aa  179  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0623  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  179  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000846933  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0256  nitrogen regulatory protein P-II  77.68 
 
 
112 aa  179  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1400  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3218  P-II family regulatory protein  75.89 
 
 
112 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472285  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2827  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.994537  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0918  nitrogen regulatory protein P-II 2  76.79 
 
 
112 aa  179  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3161  nitrogen regulatory protein P-II  76.79 
 
 
112 aa  179  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0791702  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0487  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.188054  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0407  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  179  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32852  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0135  nitrogen regulatory protein P-II  74.11 
 
 
121 aa  179  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.14835e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2866  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
136 aa  178  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138557  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3241  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  178  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3532  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  178  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0591  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  178  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0195  nitrogen regulatory protein P-II  72.32 
 
 
112 aa  178  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.863029 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6195  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
136 aa  178  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3362  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  178  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0503  nitrogen regulatory protein P-II 2  78.57 
 
 
112 aa  178  3e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0597213  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0761  nitrogen regulatory protein P-II 1  75.89 
 
 
112 aa  177  3e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0437  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  178  3e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2877  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  178  3e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.58077  normal  0.596742 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2921  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  178  3e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0772673  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0506  nitrogen regulatory protein P-II 2  78.57 
 
 
112 aa  178  3e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0565  nitrogen regulatory protein P-II 2  78.57 
 
 
112 aa  178  3e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.941752  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2783  nitrogen regulatory protein P-II  75.89 
 
 
112 aa  178  3e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190051  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0512  nitrogen regulatory protein P-II 2  78.57 
 
 
112 aa  178  3e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0522  nitrogen regulatory protein P-II 2  78.57 
 
 
112 aa  178  3e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.869463  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>