230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0208 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0208  flagellar basal body rod modification protein  100 
 
 		 225 aa  447  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.577619 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04911  flagellar basal body rod modification protein  47.45 
 
 		 228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000738  flagellar basal-body rod modification protein FlgD  45.41 
 
 		 227 aa  175  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0641  flagellar basal body rod modification protein  49.47 
 
 		 218 aa  169  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3576  flagellar basal body rod modification protein  42.27 
 
 		 230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0225  flagellar basal body rod modification protein  48.95 
 
 		 218 aa  164  8e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0721  flagellar basal body rod modification protein  48.42 
 
 		 218 aa  162  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3369  flagellar hook capping protein  38.54 
 
 		 237 aa  142  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0265  lateral flagellar rod protein LfgD  38.54 
 
 		 237 aa  142  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4673  flagellar basal body rod modification protein  40.11 
 
 		 241 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00795242 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3649  flagellar hook capping protein  37.95 
 
 		 220 aa  131  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0067  flagellar hook capping protein  37.95 
 
 		 221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3969  flagellar hook capping protein  37.79 
 
 		 220 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0239  flagellar basal body rod modification protein  37.91 
 
 		 241 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0073  flagellar hook capping protein  36.92 
 
 		 219 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0186  flagellar basal body rod modification protein  37.91 
 
 		 231 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3466  flagellar hook capping protein  35.68 
 
 		 220 aa  123  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1904  flagellar basal body rod modification protein  33.94 
 
 		 227 aa  88.2  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.141438 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4298  flagellar basal body rod modification protein  34.67 
 
 		 227 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2848  flagellar basal body rod modification protein  33.51 
 
 		 221 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.128669 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50460  flagellar basal body rod modification protein  34.67 
 
 		 237 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.021036 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0782  flagellar hook capping protein  34.55 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0751  flagellar hook capping protein  31.61 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.873785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0081  flagellar scaffolding protein FlgD  36.22 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2053  flagellar basal body rod modification protein  34.78 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251185 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01011  flagellar basal body rod modification protein  32.62 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.695232  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0928  flagellar hook capping protein  34.72 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06155  flagellar basal body rod modification protein  32.62 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000566097  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0895  flagellar hook capping protein  32.12 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1717  flagellar hook capping protein  36.22 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.751206 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01071  flagellar basal body rod modification protein D  34.16 
 
 		 231 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.600835  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01079  hypothetical protein  34.16 
 
 		 231 aa  78.2  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.703206  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2571  flagellar hook capping protein  34.16 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.67756  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1454  flagellar basal body rod modification protein  34.16 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00192771 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2250  flagellar basal body rod modification protein  34.16 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1198  flagellar basal body rod modification protein  34.16 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1198  flagellar basal body rod modification protein  34.16 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2525  flagellar basal body rod modification protein  34.16 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.414017  hitchhiker  0.00818545 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2376  flagellar hook capping protein  35.57 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1555  flagellar basal body rod modification protein  33.88 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1226  flagellar basal body rod modification protein  32.17 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3915  flagellar hook capping protein  33.52 
 
 		 221 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0387265 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1226  flagellar basal body rod modification protein  32.84 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1527  flagellar hook capping protein  31.79 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2211  flagellar basal-body rod modification protein FlgD  29.81 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2423  flagellar basal body rod modification protein  32.24 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.563147  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1104  flagellar hook capping protein  27.46 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24020  flagellar basal body rod modification protein  32.89 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1870  flagellar basal body rod modification protein  32.12 
 
 		 224 aa  72  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0417  flagellar hook assembly protein FlgD  32.98 
 
 		 218 aa  72  0.000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2322  flagellar basal body rod modification protein  33.76 
 
 		 228 aa  72  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2012  flagellar basal body rod modification protein  31.29 
 
 		 232 aa  71.6  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1273  flagellar basal body rod modification protein  31.29 
 
 		 232 aa  71.6  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.41149  normal  0.0170794 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1288  flagellar basal body rod modification protein  31.29 
 
 		 232 aa  71.6  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.126128  normal  0.0193993 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1244  flagellar basal body rod modification protein  31.29 
 
 		 232 aa  71.6  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.450688  normal  0.238344 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3018  flagellar basal body rod modification protein  35.64 
 
 		 247 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2196  flagellar basal body rod modification protein  31.29 
 
 		 232 aa  71.6  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000763375 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2000  flagellar basal body rod modification protein  34.59 
 
 		 225 aa  71.2  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2933  flagellar basal body rod modification protein  36.41 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.766915 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3950  flagellar basal body rod modification protein  31.28 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3068  flagellar basal body rod modification protein  36.41 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3829  flagellar hook capping protein  27.45 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.383027 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4206  flagellar hook capping protein  32.46 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1635  flagellar basal body rod modification protein  31.42 
 
 		 221 aa  70.1  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.904883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3433  flagellar hook capping protein  26.84 
 
 		 220 aa  69.7  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3831  flagellar hook capping protein  32.4 
 
 		 221 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0242  flagellar basal body rod modification protein  35.4 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2409  flagellar basal body rod modification protein  34.24 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3023  flagellar basal body rod modification protein  34.24 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112366  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3102  flagellar hook capping protein  27.45 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.576147  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0518  flagellar hook capping protein  29.84 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1323  flagellar basal body rod modification protein  29.02 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2596  flagellar basal body rod modification protein  32.05 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.661244  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1589  flagellar basal body rod modification protein  32.72 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4389  flagellar basal body rod modification protein  30.69 
 
 		 233 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1712  basal-body rod modification protein FlgD  29.76 
 
 		 263 aa  67.8  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0870  flagellar hook capping protein  30.56 
 
 		 218 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3042  flagellar basal body rod modification protein  35.8 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3327  flagellar basal body rod modification protein  33.54 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0464  flagellar basal body rod modification protein  33.54 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0764  flagellar hook capping protein  30.94 
 
 		 220 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.282848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1617  flagellar hook capping protein  31.28 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1219  flagellar hook capping protein  27.84 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.248011  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2996  flagellar basal body rod modification protein  33.54 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2097  flagellar basal body rod modification protein  33.54 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0268  flagellar basal body rod modification protein  33.54 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.501331  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0280  flagellar basal body rod modification protein  33.54 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3352  flagellar basal body rod modification protein  33.54 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6369  flagellar basal body rod modification protein  35.09 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.338716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3071  flagellar hook capping protein  28.23 
 
 		 217 aa  66.2  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.113202 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1670  flagellar hook capping protein  30.36 
 
 		 225 aa  66.2  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.166978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0711  flagellar hook capping protein  29.84 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02926  flagellar basal body rod modification protein  25.43 
 
 		 228 aa  65.9  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0594334  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0567  flagellar hook capping protein  28.05 
 
 		 236 aa  65.1  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2968  flagellar basal body rod modification protein  33.33 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.127656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1466  flagellar basal body rod modification protein  30.35 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3712  flagellar hook capping protein  24.84 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.395074 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5627  flagellar basal body rod modification protein  27.87 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4789  flagellar hook capping protein  24.84 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.739847  normal  0.428557 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3716  flagellar hook capping protein  30.34 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>