166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0104 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  55.14 
 
 
1168 aa  1269    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  67.54 
 
 
1192 aa  1597    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  66.64 
 
 
1179 aa  1588    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  69.07 
 
 
1175 aa  1542    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  69.15 
 
 
1175 aa  1526    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  100 
 
 
1179 aa  2360    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  32.42 
 
 
1176 aa  521  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  30.04 
 
 
1182 aa  488  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  32.82 
 
 
1102 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  31.13 
 
 
1171 aa  488  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  28.48 
 
 
1172 aa  457  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  28.45 
 
 
1181 aa  451  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  31.19 
 
 
1175 aa  446  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  29.86 
 
 
1208 aa  425  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  30.89 
 
 
1205 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  29.76 
 
 
1209 aa  415  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  29.6 
 
 
1209 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  29.6 
 
 
1209 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  29.6 
 
 
1209 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  29.52 
 
 
1209 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  29.85 
 
 
1209 aa  409  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  29.52 
 
 
1209 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  29.52 
 
 
1209 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  29.52 
 
 
1209 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  30.53 
 
 
1220 aa  403  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  27.91 
 
 
1199 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  30.12 
 
 
1176 aa  393  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  28.81 
 
 
1181 aa  393  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  30.59 
 
 
1152 aa  385  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  27.74 
 
 
1164 aa  378  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  30.68 
 
 
1204 aa  376  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  27.65 
 
 
1212 aa  376  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  27.25 
 
 
1182 aa  375  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  29.18 
 
 
1148 aa  369  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  28.4 
 
 
1218 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  26.83 
 
 
1211 aa  359  9.999999999999999e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  28.06 
 
 
1302 aa  358  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  27.98 
 
 
1302 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  27.98 
 
 
1302 aa  357  6.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  26.59 
 
 
1187 aa  357  1e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  27.01 
 
 
1207 aa  348  3e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  27.54 
 
 
1302 aa  348  4e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  28.26 
 
 
1157 aa  343  1e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  28.54 
 
 
1173 aa  341  5.9999999999999996e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  28.17 
 
 
1173 aa  338  5e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  26.56 
 
 
1177 aa  337  9e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  26.56 
 
 
1177 aa  337  9e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  27.48 
 
 
1302 aa  324  7e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  26.11 
 
 
1194 aa  323  1.9999999999999998e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  25.92 
 
 
1165 aa  314  6.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  26.44 
 
 
1302 aa  313  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  25.87 
 
 
1165 aa  311  2.9999999999999997e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  26.15 
 
 
1008 aa  310  9e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  25.6 
 
 
1165 aa  305  4.0000000000000003e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  26.67 
 
 
1268 aa  301  4e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  27.03 
 
 
1194 aa  296  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  23.96 
 
 
1195 aa  295  5e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  27.23 
 
 
1289 aa  291  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  27.09 
 
 
1289 aa  288  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  27.23 
 
 
1289 aa  288  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  27.07 
 
 
1289 aa  287  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  26.46 
 
 
1206 aa  287  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  26.68 
 
 
1206 aa  285  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  25.71 
 
 
1208 aa  283  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0228  hypothetical protein  25.49 
 
 
1174 aa  282  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.164141  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0226  hypothetical protein  25.41 
 
 
1174 aa  279  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  25.55 
 
 
1317 aa  278  6e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  25.55 
 
 
1329 aa  276  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1099  type VI secretion protein IcmF  26.14 
 
 
1153 aa  274  7e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05857  hypothetical protein  23.73 
 
 
1129 aa  272  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1218  hypothetical protein  26.08 
 
 
1153 aa  271  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.19667 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000435  IcmF-related protein  24.47 
 
 
1130 aa  269  2.9999999999999995e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.127342  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0057  ImcF domain-containing protein  27.23 
 
 
1205 aa  266  2e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  24.94 
 
 
1275 aa  258  5e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  24.94 
 
 
1275 aa  258  5e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  24.84 
 
 
1332 aa  256  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  24.25 
 
 
1348 aa  248  6.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  23.28 
 
 
1288 aa  238  7e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  25.25 
 
 
1150 aa  234  9e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  24.55 
 
 
1230 aa  232  3e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  26.27 
 
 
1365 aa  230  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  25.43 
 
 
1369 aa  220  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  23.6 
 
 
1270 aa  220  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  25.51 
 
 
1365 aa  214  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  26.15 
 
 
1358 aa  213  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  25.96 
 
 
1358 aa  213  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  26.05 
 
 
1358 aa  212  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2260  OmpA/MotB  30.72 
 
 
830 aa  202  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  26.03 
 
 
1366 aa  199  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4964  OmpA/MotB  30.29 
 
 
830 aa  189  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0420  type VI secretion protein IcmF  29.86 
 
 
1313 aa  188  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.419198  normal  0.652814 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3575  hypothetical protein  27.65 
 
 
1315 aa  188  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0393  ImcF domain-containing protein  29.65 
 
 
1313 aa  187  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.145892  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0459  type VI secretion protein IcmF  29.65 
 
 
1314 aa  186  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821669  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2907  type VI secretion protein IcmF  30.08 
 
 
1315 aa  186  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.531051  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2620  ImcF-related  29.65 
 
 
1314 aa  185  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0485  ImcF domain-containing protein  29.65 
 
 
1314 aa  185  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752194  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1885  ImcF-like family protein  23.32 
 
 
1164 aa  184  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0217268  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3632  hypothetical protein  29.54 
 
 
1297 aa  179  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.20293  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  29.57 
 
 
1301 aa  179  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>