62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0093 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  100 
 
 
481 aa  983  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  55.51 
 
 
469 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13390  hypothetical protein  72.82 
 
 
131 aa  146  7e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.694836  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  71.7 
 
 
174 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  63.81 
 
 
172 aa  133  7e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3806  PAAR  60.38 
 
 
165 aa  126  8e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.159045 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3930  hypothetical protein  27.38 
 
 
506 aa  122  2e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  65.17 
 
 
181 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4128  PAAR  65.09 
 
 
164 aa  113  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4633  hypothetical protein  56.31 
 
 
177 aa  113  8e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.53967  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  54.37 
 
 
179 aa  112  1e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  5.63624e-08  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  57.55 
 
 
185 aa  112  2e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3257  hypothetical protein  24.68 
 
 
550 aa  93.6  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.728074  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  49.46 
 
 
379 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3756  hypothetical protein  50 
 
 
386 aa  84  6e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.136459  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1878  hypothetical protein  56.25 
 
 
87 aa  62.4  2e-08  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0199793  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0943  hypothetical protein  56.25 
 
 
87 aa  62.4  2e-08  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00127142  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3827  PAAR repeat-containing protein  56.25 
 
 
87 aa  62.4  2e-08  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86819  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  44.33 
 
 
96 aa  61.6  3e-08  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3928  PAAR repeat-containing protein  41.41 
 
 
100 aa  60.8  5e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00719724  normal  0.0225395 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  45.26 
 
 
96 aa  60.5  7e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  46.94 
 
 
96 aa  60.1  8e-08  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3002  PAAR  41.24 
 
 
99 aa  59.3  1e-07  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4114  PAAR repeat-containing protein  42.39 
 
 
96 aa  57.8  5e-07  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916002  hitchhiker  0.00152888 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  43.16 
 
 
113 aa  57.4  5e-07  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  48 
 
 
461 aa  57.4  6e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2301  PAAR repeat-containing protein  48 
 
 
87 aa  55.5  2e-06  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360683  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1168  putative type VI secretion protein VasV-1, PAAR domain protein  40.21 
 
 
98 aa  55.1  3e-06  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173375  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  38.52 
 
 
323 aa  54.3  5e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0368  PAAR repeat-containing protein  39.8 
 
 
100 aa  53.9  7e-06  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  41.58 
 
 
540 aa  52.8  1e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3584  PAAR repeat-containing protein  39.29 
 
 
84 aa  52.8  2e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  43.48 
 
 
466 aa  52.4  2e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0675  PAAR repeat-containing protein  42.86 
 
 
99 aa  51.6  3e-05  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5509  hypothetical protein  44.44 
 
 
87 aa  51.6  3e-05  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5249  PAAR repeat-containing protein  39.36 
 
 
96 aa  51.6  3e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  5.30651e-05 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  44 
 
 
456 aa  51.2  4e-05  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2461  hypothetical protein  39.18 
 
 
99 aa  51.2  4e-05  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05511  paar motif family  46.15 
 
 
86 aa  50.8  5e-05  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0211513  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0056  PAAR repeat-containing protein  46.3 
 
 
88 aa  49.3  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  38.46 
 
 
592 aa  49.7  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4801  hypothetical protein  54.17 
 
 
88 aa  48.5  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0636786  normal  0.750355 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3115  PAAR repeat-containing protein  36.78 
 
 
85 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1081  hypothetical protein  40.23 
 
 
102 aa  49.3  0.0002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.738335 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  44.05 
 
 
96 aa  48.5  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  34.32 
 
 
456 aa  47.8  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2373  PAAR repeat-containing protein  38.3 
 
 
96 aa  48.1  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0352022 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0034  hypothetical protein  53.23 
 
 
94 aa  47.8  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.543283  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2190  PAAR  45.28 
 
 
88 aa  47.4  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1907  PAAR repeat-containing protein  46.38 
 
 
93 aa  47  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0142709  hitchhiker  0.000734481 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  43.08 
 
 
118 aa  46.2  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_003296  RS01943  hypothetical protein  47.06 
 
 
89 aa  46.2  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1039  PAAR  45.45 
 
 
89 aa  45.8  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0895  hypothetical protein  45.45 
 
 
89 aa  45.8  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.457574 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3257  phospholipase  45.76 
 
 
101 aa  45.1  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5383  PAAR repeat-containing protein  37.5 
 
 
93 aa  45.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3238  PAAR repeat-containing protein  36.25 
 
 
85 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198697  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3252  PAAR repeat-containing protein  44.68 
 
 
86 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.447164  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3019  hypothetical protein  31.25 
 
 
84 aa  44.3  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.746993 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0945  hypothetical protein  39.22 
 
 
176 aa  44.3  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120455  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2610  hypothetical protein  35.8 
 
 
85 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408788  normal  0.0150385 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  30.56 
 
 
1229 aa  43.5  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>