More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0083 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0083  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  421  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41040  Two-component response regulator, LuxR family  67.68 
 
 		 208 aa  223  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.136918  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  50.74 
 
 		 217 aa  209  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6469  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 213 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.53826 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2071  LuxR family DNA-binding response regulator  49.51 
 
 		 215 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1463  LuxR family DNA-binding response regulator  49.51 
 
 		 215 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1100  LuxR family DNA-binding response regulator  49.51 
 
 		 215 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1379  LuxR family DNA-binding response regulator  49.51 
 
 		 215 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3248  LuxR family DNA-binding response regulator  49.03 
 
 		 215 aa  193  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.780539  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2364  LuxR family DNA-binding response regulator  49.51 
 
 		 215 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3133  LuxR family DNA-binding response regulator  49.51 
 
 		 215 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2335  LuxR family DNA-binding response regulator  49.75 
 
 		 215 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.53 
 
 		 214 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 213 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3992  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.2 
 
 		 214 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82671  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.53 
 
 		 214 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4563  two component LuxR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 214 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0560765 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5187  two component LuxR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 214 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5672  two component LuxR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 214 aa  185  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685344 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 214 aa  185  5e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4476  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.04 
 
 		 215 aa  184  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4946  two component LuxR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 214 aa  184  9e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0203352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5498  two component LuxR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 214 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509748 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0026  two component LuxR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 214 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  47.57 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 214 aa  179  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.10411 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0788  two component LuxR family transcriptional regulator  46.19 
 
 		 218 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.3296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3576  two component LuxR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 228 aa  175  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0905  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  40.39 
 
 		 206 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0826046  hitchhiker  0.00000533581 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3523  two component LuxR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 224 aa  171  6.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1121  two component LuxR family transcriptional regulator  47.29 
 
 		 222 aa  168  7e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.864132  normal  0.872256 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0679  two component LuxR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 213 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  43.35 
 
 		 206 aa  167  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4527  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.09 
 
 		 223 aa  165  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.658241 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0876  two component LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 233 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4229  two component LuxR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.720334  normal  0.28913 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1260  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  39.6 
 
 		 206 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6399  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.2 
 
 		 214 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.139442 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  43.78 
 
 		 221 aa  159  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.273145  hitchhiker  0.00000136124 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 213 aa  159  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5717  two component LuxR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 220 aa  159  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  hitchhiker  0.00405289 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2345  two component transcriptional regulator  41.5 
 
 		 220 aa  158  7e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.499423  normal  0.134206 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0896  LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 216 aa  157  8e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5322  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 220 aa  154  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929677 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 		 213 aa  154  9e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  37.62 
 
 		 213 aa  153  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1205  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  37.62 
 
 		 213 aa  153  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4628  two component LuxR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 219 aa  152  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3042  two component LuxR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 222 aa  153  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 215 aa  153  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 215 aa  153  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 215 aa  153  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1293  LuxR family DNA-binding response regulator  37.85 
 
 		 216 aa  152  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2943  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 215 aa  151  5e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 222 aa  151  5.9999999999999996e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 228 aa  151  5.9999999999999996e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1664  two component LuxR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 218 aa  151  5.9999999999999996e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2290  two component LuxR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 215 aa  151  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.53 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 218 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 223 aa  148  5e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003136  transcriptional regulator LuxR family protein  38.54 
 
 		 212 aa  148  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.12843  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  37.56 
 
 		 215 aa  148  7e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 214 aa  147  8e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0154  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.47 
 
 		 244 aa  147  8e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3229  LuxR family DNA-binding response regulator  33.64 
 
 		 229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1743  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.9 
 
 		 214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.370009  normal  0.039988 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3105  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.15 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0443  two component LuxR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  35.38 
 
 		 220 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 219 aa  147  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0121621 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.05 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.97 
 
 		 215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6032  response regulator receiver protein  40.28 
 
 		 218 aa  145  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1103  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.86 
 
 		 216 aa  146  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0385  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.76 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3945  putative DNA-binding response regulator EsrB  37.06 
 
 		 210 aa  145  5e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3919  two component LuxR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 210 aa  145  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3833  putative DNA-binding response regulator EsrB  37.06 
 
 		 210 aa  145  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2962  response regulator receiver  38.12 
 
 		 206 aa  145  6e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 216 aa  145  6e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.62 
 
 		 218 aa  144  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.62 
 
 		 218 aa  144  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 209 aa  144  8.000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 218 aa  144  9e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 219 aa  144  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2941  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.81 
 
 		 219 aa  144  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.911135  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1194  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.03 
 
 		 217 aa  144  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3249  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.52 
 
 		 211 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.414819  normal  0.558116 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 212 aa  143  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3747  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.02 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1311  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 226 aa  142  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165019  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.86 
 
 		 205 aa  142  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2579  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.45 
 
 		 352 aa  142  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0445779 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  36.36 
 
 		 221 aa  142  4e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 232 aa  142  5e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1233  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.93 
 
 		 220 aa  141  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.792953 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>