62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0051 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0051  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 104 aa  208  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0015  TPR domain-containing protein  77.45 
 
 		 104 aa  159  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00160  TPR repeat-containing protein  74.04 
 
 		 105 aa  155  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0080  tetratricopeptide domain-containing protein  73 
 
 		 102 aa  148  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.163561  hitchhiker  0.00000000000757426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0013  hypothetical protein  73 
 
 		 104 aa  149  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00540742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0083  TPR repeat-containing protein  73.74 
 
 		 102 aa  146  9e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.50356  hitchhiker  0.0000000163177 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0064  TPR domain-containing protein  72 
 
 		 104 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000302311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0080  TPR repeat-containing protein  72 
 
 		 104 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.550206  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46510  hypothetical protein  68.69 
 
 		 107 aa  144  6e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0247352  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2284  TPR repeat-containing protein  68.63 
 
 		 112 aa  136  8.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0435427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0023  TPR repeat-containing protein  53.47 
 
 		 111 aa  105  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.727906  normal  0.110544 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0204  TPR repeat-containing protein  57 
 
 		 110 aa  103  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0438861  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4712  hypothetical protein  56 
 
 		 108 aa  94.7  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.658591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0354  TPR repeat-containing protein  49 
 
 		 108 aa  90.1  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2621  TPR repeat-containing protein  44.44 
 
 		 107 aa  84.3  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606766 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2265  TPR repeat-containing protein  45.36 
 
 		 112 aa  76.3  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.073962 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3205  tetratricopeptide TPR_2  37.37 
 
 		 111 aa  75.9  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3592  TPR repeat-containing protein  37.25 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292213 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  34.62 
 
 		 260 aa  50.1  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3814  response regulator receiver protein  38.36 
 
 		 735 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.706947  hitchhiker  0.0056347 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_863  predicted protein  39.02 
 
 		 708 aa  47.8  0.00005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.622244  normal  0.0203568 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1242  TPR repeat-containing protein  30.61 
 
 		 103 aa  45.4  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3746  response regulator receiver protein  34.72 
 
 		 714 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.374039  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0949  TPR repeat-containing protein  35.21 
 
 		 1121 aa  45.4  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849269  normal  0.0980091 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2406  tetratricopeptide TPR_2  28.57 
 
 		 436 aa  45.4  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.77 
 
 		 261 aa  45.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3565  hypothetical protein  29.7 
 
 		 111 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.65733  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.77 
 
 		 262 aa  44.3  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2626  TPR repeat-containing protein  32.35 
 
 		 587 aa  44.3  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3633  hypothetical protein  29.7 
 
 		 111 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1820  Tetratricopeptide TPR_4  27.78 
 
 		 106 aa  43.9  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.452931  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0243  TPR repeat-containing protein  31.88 
 
 		 208 aa  43.9  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.127552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3829  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 713 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0106552  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1123  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.33 
 
 		 176 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0172242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2981  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30 
 
 		 383 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000586322  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 3145 aa  43.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43936  antiviral protein  40 
 
 		 1413 aa  43.5  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  43.1 
 
 		 615 aa  42.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3688  response regulator receiver domain-containing protein  31.94 
 
 		 718 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  29.49 
 
 		 262 aa  42.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3481  hypothetical protein  28.57 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2246  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.49 
 
 		 252 aa  42.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.353905 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3639  HemY domain-containing protein  35.62 
 
 		 396 aa  42.4  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.510419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  43.1 
 
 		 620 aa  41.6  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0990  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  43.48 
 
 		 410 aa  42  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113297  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  32.63 
 
 		 626 aa  41.6  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0488  TPR repeat-containing protein  39.71 
 
 		 485 aa  41.6  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160649 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1106  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 		 605 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000356395  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1618  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 217 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00366972 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1260  TPR repeat-containing protein  32.53 
 
 		 573 aa  41.2  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.439457 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2708  tetratricopeptide TPR_2  33.93 
 
 		 979 aa  41.2  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.169437 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.54 
 
 		 557 aa  40.8  0.006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.07 
 
 		 262 aa  40.4  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0588  TPR repeat-containing protein  29.73 
 
 		 613 aa  40.8  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0755  TPR repeat-containing protein  30.51 
 
 		 421 aa  40.8  0.007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.58 
 
 		 262 aa  40.4  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  43.1 
 
 		 620 aa  40.4  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  34.21 
 
 		 636 aa  40.4  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1420  response regulator receiver domain-containing protein  41.46 
 
 		 561 aa  40  0.009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  36.92 
 
 		 827 aa  40  0.01  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.21 
 
 		 262 aa  40  0.01  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.21 
 
 		 262 aa  40  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>