More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0023 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  100 
 
 
696 aa  1405    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  68.71 
 
 
699 aa  978    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  67.8 
 
 
700 aa  962    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  45.6 
 
 
691 aa  574  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  45.04 
 
 
689 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  30.32 
 
 
612 aa  231  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  28.6 
 
 
604 aa  214  4.9999999999999996e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  29.88 
 
 
600 aa  213  7e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.27 
 
 
624 aa  210  6e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  28.1 
 
 
623 aa  208  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.69 
 
 
588 aa  208  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.69 
 
 
630 aa  207  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.69 
 
 
588 aa  206  9e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.91 
 
 
666 aa  201  3e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.7 
 
 
591 aa  197  5.000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  28.4 
 
 
568 aa  194  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.09 
 
 
512 aa  191  4e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.1 
 
 
588 aa  191  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.29 
 
 
505 aa  190  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.29 
 
 
505 aa  190  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.54 
 
 
683 aa  184  6e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.28 
 
 
680 aa  183  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.09 
 
 
681 aa  183  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.68 
 
 
678 aa  180  7e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.68 
 
 
599 aa  179  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  26.55 
 
 
605 aa  179  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  26.51 
 
 
599 aa  176  9e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  26.51 
 
 
599 aa  176  9e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  26.51 
 
 
599 aa  176  9e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.38 
 
 
601 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  26.97 
 
 
681 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.97 
 
 
681 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.97 
 
 
681 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.38 
 
 
601 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.98 
 
 
514 aa  164  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.98 
 
 
514 aa  164  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.98 
 
 
514 aa  164  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.94 
 
 
589 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.77 
 
 
514 aa  163  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.77 
 
 
556 aa  163  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.89 
 
 
561 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.85 
 
 
567 aa  160  8e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  27.08 
 
 
736 aa  159  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.83 
 
 
497 aa  158  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.39 
 
 
497 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.39 
 
 
497 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.39 
 
 
497 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.39 
 
 
497 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.63 
 
 
637 aa  157  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.11 
 
 
491 aa  154  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.23 
 
 
617 aa  153  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.47 
 
 
491 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.86 
 
 
625 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  27.86 
 
 
606 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  27.86 
 
 
625 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  27.86 
 
 
625 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  26.26 
 
 
619 aa  142  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  25.35 
 
 
566 aa  134  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  33.58 
 
 
339 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  28.87 
 
 
721 aa  103  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  28.87 
 
 
721 aa  103  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  27.24 
 
 
714 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  27.55 
 
 
422 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  28.77 
 
 
710 aa  95.5  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  25.16 
 
 
696 aa  94.7  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  27.54 
 
 
706 aa  94  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  27.16 
 
 
641 aa  92  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  27.18 
 
 
578 aa  90.9  8e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  32.6 
 
 
715 aa  90.9  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  28.42 
 
 
553 aa  89  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  24.76 
 
 
692 aa  87.4  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  27.62 
 
 
696 aa  87.4  8e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  28.06 
 
 
553 aa  87  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1406  type II and III secretion system protein  26.16 
 
 
538 aa  86.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.7882  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  28.88 
 
 
576 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  27.88 
 
 
567 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5651  NolW domain-containing protein  28.62 
 
 
446 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0288442 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  25.66 
 
 
420 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  28.88 
 
 
523 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  28.88 
 
 
527 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  28.88 
 
 
575 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  27.27 
 
 
696 aa  86.3  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  28.16 
 
 
616 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  26.41 
 
 
668 aa  85.9  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  25.75 
 
 
716 aa  86.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  28.88 
 
 
462 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  28.88 
 
 
462 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  28.88 
 
 
465 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  24.91 
 
 
420 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5868  type II/III secretion system family protein  28.62 
 
 
475 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231603  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  28.88 
 
 
462 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  27.88 
 
 
591 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.21 
 
 
819 aa  84.7  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  25.28 
 
 
420 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  25.75 
 
 
712 aa  83.6  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  27.34 
 
 
424 aa  83.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  26.97 
 
 
630 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  25 
 
 
710 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  23.83 
 
 
829 aa  82  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  31.14 
 
 
712 aa  82  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.845155 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>