298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0048 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  96.23 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0026  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335207  hitchhiker  0.00751265 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  97.92 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0017  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0314744  normal  0.604641 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0048  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000000768741  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0009  tRNA-Arg  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.122464  normal  0.0281964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0008  tRNA-Arg  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0006  tRNA-Arg  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.649743 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0008  tRNA-Arg  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0011  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.966891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0055  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0053  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000106477  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0029  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00115694  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02560  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.574761  hitchhiker  0.000017399 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0441272 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0009    90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.956254 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0060  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.530052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0008  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0012  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08860  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00968271  normal  0.0225487 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0011  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.264666  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0002  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000443996  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>