204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0026 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  95.92 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  91.53 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0050  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.850223 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  93.22 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  89.83 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    92 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  92 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  92 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  92 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  89.09 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  88.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  89.09 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  89.09 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0054  tRNA-Ser  89.09 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35196  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  84.42 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0033  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.374525 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.54444  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0012  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0188639 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-2  tRNA-OTHER  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.520192  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2161  tRNA-Ser  85 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000713726  normal  0.978327 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00032  tRNA-Ser  85 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000331013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0043  tRNA-Ser  85 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0020807  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60420  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2065  tRNA-Ser  85 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000178932  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2165  tRNA-Ser  85 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00542927  normal  0.154256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0048  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0048  tRNA-Ser  85 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00171886  normal  0.292826 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  85 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2218  tRNA-Ser  85 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00379666  normal  0.543792 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4672  tRNA-Ser  85 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000507057  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5040  tRNA-Ser  85 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  84.75 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  81.61 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  81.61 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0006  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  84.75 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  84.75 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>