75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0005 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0005  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0326201  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0047  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.761804 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0047  tRNA-His  89.47 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.297374  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0049  tRNA-His  89.47 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0049  tRNA-His  89.47 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.389049  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0048  tRNA-His  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0008  tRNA-His  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00267875  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0009  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0025  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.086727 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0048  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0789708 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0008  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.856422 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0053  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.361533 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  83.58 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0037  tRNA-Arg  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000022611  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0059  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000000338363  unclonable  0.0000000922471 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0038  tRNA-Arg  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.427754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAspVIMSS1309266  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0010  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0550905 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>