More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_4135 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_4135  ribonuclease H  100 
 
 		 176 aa  362  2e-99  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.204286  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  53.55 
 
 		 153 aa  170  7.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  54.55 
 
 		 162 aa  168  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  56.13 
 
 		 154 aa  167  7e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  57.33 
 
 		 154 aa  165  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  56.29 
 
 		 151 aa  163  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  56.16 
 
 		 155 aa  160  9e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  54.42 
 
 		 153 aa  160  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  53.25 
 
 		 157 aa  158  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  56.03 
 
 		 151 aa  158  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  56.74 
 
 		 153 aa  157  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  57.86 
 
 		 154 aa  157  6e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  56.03 
 
 		 151 aa  157  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  57.86 
 
 		 154 aa  157  6e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  56.12 
 
 		 148 aa  157  8e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  56.16 
 
 		 151 aa  157  8e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  56.03 
 
 		 148 aa  157  9e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  54.17 
 
 		 156 aa  157  9e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  157  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  157  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  53.79 
 
 		 155 aa  157  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  157  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  157  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  157  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  56.83 
 
 		 149 aa  156  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  157  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  157  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  157  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  50.97 
 
 		 163 aa  156  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  50.32 
 
 		 157 aa  156  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  50.3 
 
 		 160 aa  155  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  55.32 
 
 		 148 aa  154  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  55.32 
 
 		 148 aa  154  4e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  55.32 
 
 		 148 aa  154  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  55.32 
 
 		 148 aa  154  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  55.32 
 
 		 148 aa  154  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  55.32 
 
 		 148 aa  154  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  53.79 
 
 		 156 aa  154  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  55.8 
 
 		 146 aa  154  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  56.03 
 
 		 157 aa  153  1e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  54.61 
 
 		 145 aa  153  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  53.79 
 
 		 155 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  52.63 
 
 		 157 aa  152  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  53.02 
 
 		 153 aa  152  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2527  ribonuclease H  51.32 
 
 		 151 aa  152  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832874  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  52.08 
 
 		 163 aa  152  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  53.62 
 
 		 147 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  53.62 
 
 		 147 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  53.62 
 
 		 147 aa  152  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  53.96 
 
 		 148 aa  152  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  55.88 
 
 		 141 aa  152  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0852  ribonuclease H  53.19 
 
 		 164 aa  152  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  51.02 
 
 		 152 aa  151  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  47.4 
 
 		 170 aa  151  4e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  53.62 
 
 		 147 aa  151  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  53.42 
 
 		 151 aa  151  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  52.05 
 
 		 166 aa  151  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  51.72 
 
 		 154 aa  151  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  52.9 
 
 		 147 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0867  ribonuclease H  50.66 
 
 		 175 aa  150  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  51.75 
 
 		 155 aa  150  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  52.74 
 
 		 154 aa  151  5.9999999999999996e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  52.9 
 
 		 147 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  52.74 
 
 		 154 aa  150  5.9999999999999996e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  55.8 
 
 		 154 aa  150  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  53.47 
 
 		 157 aa  150  7e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  53.85 
 
 		 153 aa  150  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1024  ribonuclease H  52.05 
 
 		 154 aa  150  8.999999999999999e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226266  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  55.07 
 
 		 151 aa  150  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  53.9 
 
 		 154 aa  150  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  53.38 
 
 		 152 aa  150  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  53.06 
 
 		 147 aa  149  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  49.67 
 
 		 154 aa  149  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  53.62 
 
 		 147 aa  149  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  54 
 
 		 148 aa  149  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  50.34 
 
 		 148 aa  148  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  51.02 
 
 		 148 aa  148  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  55.8 
 
 		 161 aa  148  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  46.45 
 
 		 158 aa  148  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  47.65 
 
 		 158 aa  148  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  52.17 
 
 		 143 aa  148  4e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  48.28 
 
 		 156 aa  148  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  45.4 
 
 		 185 aa  148  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  48 
 
 		 158 aa  148  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  48 
 
 		 158 aa  148  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  52.08 
 
 		 160 aa  148  4e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  49.66 
 
 		 148 aa  148  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  52.11 
 
 		 155 aa  148  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  54.35 
 
 		 150 aa  147  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  49.66 
 
 		 148 aa  147  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  49.66 
 
 		 148 aa  147  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  50.7 
 
 		 154 aa  147  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  52.86 
 
 		 154 aa  147  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  49.66 
 
 		 148 aa  147  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  53.62 
 
 		 145 aa  147  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  53.33 
 
 		 148 aa  147  7e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>