More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3728 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 		 1148 aa  662    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1164 aa  663    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  40.61 
 
 		 1157 aa  754    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  38.14 
 
 		 1148 aa  696    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  39.83 
 
 		 1157 aa  714    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  46.27 
 
 		 1179 aa  639    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  38.98 
 
 		 1122 aa  698    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  35.78 
 
 		 1126 aa  692    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  44.43 
 
 		 1169 aa  649    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  35.9 
 
 		 1165 aa  661    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  48.16 
 
 		 1176 aa  668    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  47.21 
 
 		 1176 aa  675    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  37.13 
 
 		 1150 aa  661    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 		 1126 aa  656    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.79 
 
 		 1174 aa  685    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  38.75 
 
 		 1207 aa  708    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  47.21 
 
 		 1176 aa  675    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  47.21 
 
 		 1178 aa  674    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  47.21 
 
 		 1176 aa  674    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  47.21 
 
 		 1176 aa  674    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1153 aa  639    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1153 aa  638    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8585  transcription-repair coupling factor  38.39 
 
 		 1204 aa  657    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1148 aa  664    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  36.51 
 
 		 1121 aa  707    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  40.48 
 
 		 1112 aa  693    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1103 aa  2251    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  49.4 
 
 		 1176 aa  672    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  37.34 
 
 		 1174 aa  711    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1059 aa  674    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  50.22 
 
 		 1170 aa  681    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  37.41 
 
 		 1158 aa  662    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  47.51 
 
 		 1176 aa  674    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0657  transcription-repair coupling factor  35.39 
 
 		 1202 aa  666    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  46.79 
 
 		 1161 aa  650    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  50.6 
 
 		 1169 aa  691    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  50.15 
 
 		 1183 aa  690    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  36.77 
 
 		 1148 aa  660    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 		 1099 aa  668    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  47.55 
 
 		 1159 aa  676    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  39.96 
 
 		 1158 aa  742    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  39.43 
 
 		 1182 aa  713    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  44.75 
 
 		 1246 aa  673    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  47.21 
 
 		 1176 aa  675    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  48.05 
 
 		 1177 aa  660    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1164 aa  662    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  47.21 
 
 		 1176 aa  675    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  36.46 
 
 		 1150 aa  649    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  47.8 
 
 		 1183 aa  688    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  47.55 
 
 		 1178 aa  683    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  49.16 
 
 		 1197 aa  665    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  47.76 
 
 		 1177 aa  662    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  48.73 
 
 		 1165 aa  687    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  36.92 
 
 		 1148 aa  662    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.77 
 
 		 1134 aa  637    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  48.02 
 
 		 1179 aa  655    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  44.55 
 
 		 1265 aa  664    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  37.93 
 
 		 1194 aa  667    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.43 
 
 		 1157 aa  679    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3135  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1164 aa  675    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.223116  normal  0.109749 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 		 1115 aa  666    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  38.2 
 
 		 1148 aa  711    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1182 aa  701    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  46.11 
 
 		 1197 aa  655    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0188  transcription-repair coupling factor  36.09 
 
 		 1182 aa  638    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  36 
 
 		 1148 aa  639    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  39.66 
 
 		 1123 aa  701    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3189  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 		 1218 aa  662    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  49.54 
 
 		 1176 aa  683    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1122 aa  673    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  45.4 
 
 		 1162 aa  664    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  42.56 
 
 		 1162 aa  666    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  37.12 
 
 		 1109 aa  696    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0022  transcription-repair coupling factor  37.16 
 
 		 1113 aa  708    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5514  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1126 aa  680    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  36.86 
 
 		 1148 aa  660    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1148 aa  662    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  46.65 
 
 		 1141 aa  638    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1073 aa  649    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.34 
 
 		 1157 aa  683    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2989  transcription-repair coupling factor  41.71 
 
 		 1205 aa  645    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.147706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1162 aa  728    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  47.36 
 
 		 1176 aa  675    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.34 
 
 		 1165 aa  679    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  36.14 
 
 		 1150 aa  645    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 		 1168 aa  668    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1148 aa  663    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4478  transcription-repair coupling factor  51.33 
 
 		 1229 aa  642    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.419935 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  45.93 
 
 		 1189 aa  669    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  48.75 
 
 		 1150 aa  659    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  36.22 
 
 		 1116 aa  665    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  43.52 
 
 		 1177 aa  654    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  37.7 
 
 		 1154 aa  697    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1195  transcription-repair coupling factor  38.09 
 
 		 1157 aa  643    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.865219  normal  0.466133 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  45.39 
 
 		 1112 aa  636    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  47.72 
 
 		 1157 aa  676    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  36.32 
 
 		 1123 aa  672    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  43.1 
 
 		 1165 aa  652    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1157 aa  633  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  38.76 
 
 		 1120 aa  634  1e-180  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>