More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3703 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3703  response regulator receiver  100 
 
 		 303 aa  623  1e-177  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301456  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2761  response regulator receiver  39.23 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.428071  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2329  response regulator receiver  37.45 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.25746  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2056  anti-sigma regulatory factor  33.33 
 
 		 143 aa  71.6  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.773482  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3500  anti-sigma regulatory factor  29.91 
 
 		 133 aa  67.8  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.314034  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1112  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  30.25 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2442  response regulator receiver protein  24.33 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0259595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2317  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  32.35 
 
 		 155 aa  62.4  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.128595  normal  0.13523 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1537  response regulator receiver protein  25.34 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.376192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2515  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  28.87 
 
 		 148 aa  60.8  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.538602  normal  0.204677 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  29.03 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0080  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  32.69 
 
 		 357 aa  55.8  0.0000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2819  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 562 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0360472 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 		 1361 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3000  response regulator receiver protein  31.9 
 
 		 124 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4952  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 121 aa  54.7  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699568  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0241  response regulator receiver protein  21.91 
 
 		 309 aa  54.7  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1323  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  31.9 
 
 		 134 aa  53.9  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.105677  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3085  CheA signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 		 2212 aa  54.3  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.284349 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0059  response regulator receiver domain-containing protein  30.83 
 
 		 125 aa  53.5  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.157498  normal  0.212271 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3019  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  30 
 
 		 455 aa  52  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  29.81 
 
 		 233 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1200  putative anti-sigma regulatory factor (serine/threonine protein kinase)  33.33 
 
 		 145 aa  52  0.00001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.13 
 
 		 232 aa  52.4  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  29.81 
 
 		 233 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2157  response regulator receiver protein  28.35 
 
 		 577 aa  52  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34360  Response regulator  34.82 
 
 		 575 aa  51.6  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.328347  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4373  two component transcriptional regulator  33.63 
 
 		 243 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  29.81 
 
 		 233 aa  51.6  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3304  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  28.57 
 
 		 153 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1246  CheA signal transduction histidine kinases  29.2 
 
 		 1643 aa  51.2  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0708097  normal  0.755815 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0622  putative PAS/PAC sensor protein  36.25 
 
 		 440 aa  51.6  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  26.21 
 
 		 233 aa  51.2  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2053  DNA-binding response regulator  25.86 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0608  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  26.35 
 
 		 461 aa  50.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0063  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  30.39 
 
 		 357 aa  50.4  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.56416e-22 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1016  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.76 
 
 		 243 aa  50.8  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2749  response regulator receiver domain-containing protein  26.67 
 
 		 436 aa  50.4  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0447  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  26.35 
 
 		 461 aa  50.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3577  two component transcriptional regulator  31.72 
 
 		 232 aa  50.8  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3603  response regulator receiver protein  26.02 
 
 		 131 aa  50.8  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.656399  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1438  putative anti-sigma regulatory factor  28.93 
 
 		 164 aa  50.4  0.00004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0533473  normal  0.759887 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0280  hypothetical protein  32.14 
 
 		 287 aa  50.4  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0146684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  28.45 
 
 		 121 aa  50.1  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2192  DNA-binding response regulator  25 
 
 		 237 aa  50.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  32.43 
 
 		 1427 aa  50.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1764  DNA-binding response regulator  27.18 
 
 		 224 aa  49.3  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1155  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.88 
 
 		 230 aa  49.3  0.00009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.560017  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1290  DNA-binding response regulator  29.51 
 
 		 245 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3653  putative anti-sigma regulatory factor serine/threonine protein kinase  30.83 
 
 		 149 aa  48.5  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1759  two component transcriptional regulator  27.88 
 
 		 220 aa  48.5  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07231  anti-sigma regulatory factor (Ser/Thr protein kinase)  31.97 
 
 		 131 aa  48.9  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.152597 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 		 1426 aa  48.9  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2294  two component transcriptional regulator  24.82 
 
 		 228 aa  48.9  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.305192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1482  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  24.04 
 
 		 458 aa  48.5  0.0001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.712271  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4162  OmpR-family response regulator  31.07 
 
 		 232 aa  48.5  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.789041  normal  0.397671 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 		 1370 aa  48.5  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2440  response regulator receiver protein  24.24 
 
 		 310 aa  48.9  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.814806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  22.31 
 
 		 465 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1062  response regulator receiver protein  30.58 
 
 		 120 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.58489  hitchhiker  0.0000344775 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0681  DNA-binding response regulator  26.92 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.63003  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1111  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  30.97 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.53214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.92 
 
 		 238 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2671  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.27 
 
 		 243 aa  48.1  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1516  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  35.04 
 
 		 131 aa  48.1  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.124385  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1670  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 		 394 aa  48.1  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00261958  normal  0.184327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  26.92 
 
 		 238 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0722  response regulator receiver domain-containing protein  21.74 
 
 		 227 aa  47.8  0.0002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0554017  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 		 511 aa  47.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  25.69 
 
 		 233 aa  48.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  25 
 
 		 121 aa  48.1  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0381  sensory box histidine kinase/response regulator  31.09 
 
 		 497 aa  48.1  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  25.3 
 
 		 231 aa  48.1  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.19 
 
 		 226 aa  48.1  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.41 
 
 		 233 aa  47.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1583  DNA-binding response regulator  28.16 
 
 		 260 aa  47.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.05 
 
 		 489 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.854352 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  26.92 
 
 		 227 aa  47.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1510  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.41 
 
 		 374 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1483  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.41 
 
 		 374 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3078  CheA signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 		 719 aa  47.4  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00446051 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5614  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  20.81 
 
 		 457 aa  47.4  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  27.03 
 
 		 321 aa  47.4  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1020  putative CheA signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 		 1725 aa  47.4  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.52 
 
 		 227 aa  47.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0638  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 453 aa  47.4  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  26.4 
 
 		 248 aa  47.8  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.07 
 
 		 225 aa  47.4  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.92 
 
 		 226 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0896  CheA signal transduction histidine kinase  26.32 
 
 		 1725 aa  47.4  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.720203  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1094  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  33.06 
 
 		 146 aa  47.4  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000660088  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0833  DNA-binding response regulator  28.16 
 
 		 260 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 208 aa  47  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1744  DNA-binding response regulator  28.16 
 
 		 260 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0635  DNA-binding response regulator  28.16 
 
 		 260 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0959742  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0520  DNA-binding response regulator  28.16 
 
 		 261 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.374054  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1557  DNA-binding response regulator  28.16 
 
 		 260 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  27.38 
 
 		 239 aa  47  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  26.92 
 
 		 226 aa  47  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>