More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3699 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 345 aa  718    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.6 
 
 		 331 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  43.18 
 
 		 347 aa  244  9.999999999999999e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.21 
 
 		 350 aa  241  1e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  41.51 
 
 		 342 aa  240  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  38.96 
 
 		 352 aa  240  2.9999999999999997e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  40.75 
 
 		 306 aa  239  4e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  40.76 
 
 		 341 aa  238  8e-62  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  41.67 
 
 		 354 aa  238  9e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  40.97 
 
 		 347 aa  238  1e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  40.97 
 
 		 343 aa  237  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  42.22 
 
 		 334 aa  235  7e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.25 
 
 		 334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.04 
 
 		 347 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  43.31 
 
 		 311 aa  231  1e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  43.63 
 
 		 311 aa  231  1e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  41.69 
 
 		 354 aa  231  2e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  40.72 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  41.37 
 
 		 363 aa  229  6e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.61 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  40.26 
 
 		 349 aa  224  1e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  41.01 
 
 		 305 aa  225  1e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.77 
 
 		 343 aa  225  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.49 
 
 		 306 aa  225  1e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  39.43 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  40.69 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  38.24 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  40.13 
 
 		 346 aa  223  4e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.39 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  38.16 
 
 		 303 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.01 
 
 		 303 aa  223  4.9999999999999996e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 		 305 aa  222  7e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.24 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  40.96 
 
 		 341 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  42.38 
 
 		 323 aa  219  7e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.5 
 
 		 321 aa  218  8.999999999999998e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  37.42 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  40.06 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.03 
 
 		 348 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  40.06 
 
 		 344 aa  217  2.9999999999999998e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  41.27 
 
 		 343 aa  216  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  40.3 
 
 		 341 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.47 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.91 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.22 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  40.54 
 
 		 319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  40.3 
 
 		 355 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.74 
 
 		 356 aa  213  4.9999999999999996e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  36.69 
 
 		 348 aa  212  7e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  38.66 
 
 		 327 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  40.2 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 		 315 aa  211  1e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  40.82 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  37.15 
 
 		 336 aa  211  2e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  39.31 
 
 		 342 aa  211  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.2 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  40.71 
 
 		 329 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  35.67 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  36.33 
 
 		 356 aa  210  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.26 
 
 		 323 aa  210  3e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.31 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  36.5 
 
 		 321 aa  209  6e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  36.31 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.31 
 
 		 302 aa  209  7e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  36.31 
 
 		 302 aa  209  7e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.31 
 
 		 302 aa  209  7e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  37.93 
 
 		 340 aa  208  8e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.48 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.53 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  39.61 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.94 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  35.99 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.99 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  38.44 
 
 		 326 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.99 
 
 		 302 aa  207  3e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  36.45 
 
 		 319 aa  207  3e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  35.6 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  34.97 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.51 
 
 		 334 aa  206  4e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.16 
 
 		 321 aa  206  4e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 		 314 aa  206  5e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.5 
 
 		 356 aa  206  6e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  36.5 
 
 		 321 aa  205  7e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  41.29 
 
 		 315 aa  206  7e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  38.11 
 
 		 300 aa  205  7e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.58 
 
 		 296 aa  205  8e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.18 
 
 		 302 aa  205  1e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.65 
 
 		 333 aa  205  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  36.25 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.15 
 
 		 325 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.94 
 
 		 318 aa  203  4e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.04 
 
 		 325 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.04 
 
 		 325 aa  203  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  40.19 
 
 		 331 aa  203  4e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.69 
 
 		 325 aa  203  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>