More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3457 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 700 aa  1432    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  53.41 
 
 		 702 aa  649    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  48.14 
 
 		 717 aa  640    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  49.93 
 
 		 687 aa  636    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  50.37 
 
 		 694 aa  640    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  49.16 
 
 		 708 aa  630  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  49.05 
 
 		 688 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  48.36 
 
 		 720 aa  627  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  49.56 
 
 		 685 aa  627  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  49.92 
 
 		 686 aa  627  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  50.79 
 
 		 725 aa  624  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  49.92 
 
 		 687 aa  623  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  49.55 
 
 		 689 aa  622  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  50.29 
 
 		 702 aa  622  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  49.56 
 
 		 686 aa  622  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  49.56 
 
 		 686 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  47.75 
 
 		 750 aa  621  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  47.92 
 
 		 689 aa  617  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  50.15 
 
 		 712 aa  618  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  48.09 
 
 		 710 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  47.08 
 
 		 716 aa  600  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  47.08 
 
 		 716 aa  600  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  46.28 
 
 		 745 aa  580  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  43.14 
 
 		 676 aa  459  1e-127  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  41.99 
 
 		 681 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  39.1 
 
 		 754 aa  439  1e-121  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  39.43 
 
 		 655 aa  420  1e-116  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  40.25 
 
 		 726 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  39.91 
 
 		 725 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  39.94 
 
 		 726 aa  414  1e-114  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  38.85 
 
 		 745 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  39.14 
 
 		 714 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  37.71 
 
 		 668 aa  380  1e-104  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  36.63 
 
 		 669 aa  377  1e-103  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  35.9 
 
 		 656 aa  376  1e-103  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  36.54 
 
 		 742 aa  376  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  37.09 
 
 		 719 aa  375  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  38.36 
 
 		 724 aa  371  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  34.85 
 
 		 733 aa  362  2e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  39.24 
 
 		 768 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  36.22 
 
 		 630 aa  350  6e-95  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  34.87 
 
 		 789 aa  349  1e-94  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  34.87 
 
 		 648 aa  346  1e-93  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  34.87 
 
 		 648 aa  346  1e-93  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  34.66 
 
 		 719 aa  340  4e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  33.02 
 
 		 706 aa  333  9e-90  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.37 
 
 		 773 aa  314  2.9999999999999996e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.87 
 
 		 765 aa  311  2e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  31.86 
 
 		 724 aa  307  4.0000000000000004e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.44 
 
 		 742 aa  304  4.0000000000000003e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.44 
 
 		 754 aa  303  6.000000000000001e-81  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  32.22 
 
 		 735 aa  303  7.000000000000001e-81  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  34.22 
 
 		 768 aa  301  2e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  34.45 
 
 		 744 aa  301  2e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.76 
 
 		 829 aa  301  4e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  32.09 
 
 		 749 aa  299  9e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.88 
 
 		 755 aa  299  1e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.34 
 
 		 781 aa  295  1e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.43 
 
 		 762 aa  295  2e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.23 
 
 		 763 aa  295  2e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.13 
 
 		 785 aa  294  3e-78  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  33.69 
 
 		 737 aa  293  5e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  33.64 
 
 		 736 aa  293  6e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.52 
 
 		 831 aa  293  7e-78  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.77 
 
 		 858 aa  293  8e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  32.43 
 
 		 739 aa  293  1e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  31.3 
 
 		 625 aa  292  1e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  32.72 
 
 		 783 aa  293  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.68 
 
 		 768 aa  291  2e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  34.8 
 
 		 735 aa  290  8e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  32.72 
 
 		 778 aa  289  9e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.89 
 
 		 857 aa  288  2e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  31.09 
 
 		 755 aa  288  2e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  33.14 
 
 		 765 aa  288  2.9999999999999996e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  32.66 
 
 		 787 aa  288  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.49 
 
 		 741 aa  287  4e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  32.36 
 
 		 773 aa  286  7e-76  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.39 
 
 		 1023 aa  286  1.0000000000000001e-75  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.46 
 
 		 786 aa  286  1.0000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.18 
 
 		 772 aa  285  2.0000000000000002e-75  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.74 
 
 		 896 aa  285  2.0000000000000002e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.32 
 
 		 781 aa  285  3.0000000000000004e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  33.19 
 
 		 707 aa  284  4.0000000000000003e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  33.94 
 
 		 762 aa  284  4.0000000000000003e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.73 
 
 		 830 aa  283  5.000000000000001e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  32.49 
 
 		 735 aa  283  6.000000000000001e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  32.31 
 
 		 789 aa  283  7.000000000000001e-75  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.19 
 
 		 837 aa  282  1e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  33.03 
 
 		 706 aa  281  2e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  30.3 
 
 		 757 aa  280  5e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  34.7 
 
 		 673 aa  280  5e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.22 
 
 		 851 aa  280  6e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  32.88 
 
 		 762 aa  280  6e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.43 
 
 		 795 aa  280  7e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.74 
 
 		 737 aa  280  7e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  31.9 
 
 		 764 aa  280  8e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.47 
 
 		 732 aa  279  1e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.31 
 
 		 711 aa  279  1e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.75 
 
 		 715 aa  279  1e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  32.81 
 
 		 678 aa  278  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>