More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2346 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  100 
 
 
302 aa  622  1e-177  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  46.21 
 
 
290 aa  265  7e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  47.28 
 
 
313 aa  263  2e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  6.34873e-09 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  45.18 
 
 
301 aa  263  3e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  44.82 
 
 
294 aa  257  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  41.86 
 
 
295 aa  255  6e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  41.95 
 
 
296 aa  251  8e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  41.5 
 
 
307 aa  246  4e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.54 
 
 
299 aa  245  7e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.04 
 
 
315 aa  245  8e-64  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  43.31 
 
 
317 aa  244  9e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  41.18 
 
 
307 aa  244  1e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  41.98 
 
 
308 aa  243  3e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  43.65 
 
 
293 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  43.2 
 
 
299 aa  242  6e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  40.66 
 
 
298 aa  241  9e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.15 
 
 
298 aa  241  1e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  43 
 
 
296 aa  241  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  43 
 
 
296 aa  241  1e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  40.2 
 
 
307 aa  240  2e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  43 
 
 
293 aa  240  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.69064e-10 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  43.84 
 
 
294 aa  239  4e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.38339e-06  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 
296 aa  239  5e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 
296 aa  239  5e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 
296 aa  239  5e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 
296 aa  238  6e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 
296 aa  238  6e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 
296 aa  238  6e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 
296 aa  238  6e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.58 
 
 
296 aa  238  1e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  42.51 
 
 
298 aa  236  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.66 
 
 
296 aa  235  7e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  3.17777e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  43.81 
 
 
332 aa  234  1e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  44.22 
 
 
300 aa  234  1e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  43.84 
 
 
294 aa  234  2e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  41.44 
 
 
302 aa  233  4e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  8.94527e-13 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  43.88 
 
 
298 aa  232  6e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  42.37 
 
 
295 aa  231  9e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  39.93 
 
 
300 aa  231  1e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  41.2 
 
 
295 aa  231  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  44.03 
 
 
302 aa  230  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 
302 aa  229  3e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  42.14 
 
 
302 aa  230  3e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  40.74 
 
 
305 aa  229  3e-59  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  1.43659e-07  unclonable  2.74126e-08 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  39.19 
 
 
302 aa  229  4e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  39.53 
 
 
302 aa  229  5e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  40.52 
 
 
309 aa  227  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  8.60406e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  41.92 
 
 
294 aa  226  3e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  39.93 
 
 
291 aa  224  9e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  41.97 
 
 
304 aa  224  1e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  6.63621e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  43.92 
 
 
342 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  38.13 
 
 
295 aa  223  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  41.61 
 
 
292 aa  224  2e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  38.13 
 
 
295 aa  223  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  39.32 
 
 
297 aa  223  4e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  40.48 
 
 
324 aa  222  5e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  36.91 
 
 
294 aa  222  6e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  43.73 
 
 
343 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  42.76 
 
 
311 aa  221  1e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  41.28 
 
 
320 aa  221  1e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  42.61 
 
 
295 aa  221  1e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  39.66 
 
 
296 aa  221  2e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  37.79 
 
 
296 aa  220  2e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  43.39 
 
 
343 aa  220  2e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.47 
 
 
303 aa  219  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.47 
 
 
303 aa  219  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  43.05 
 
 
312 aa  219  3e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  39.8 
 
 
296 aa  219  3e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.47 
 
 
303 aa  219  3e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.47 
 
 
299 aa  219  4e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  8.55714e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  36.58 
 
 
296 aa  219  4e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.09 
 
 
303 aa  219  4e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  36.79 
 
 
295 aa  219  5e-56  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  39.46 
 
 
299 aa  219  5e-56  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  38.74 
 
 
308 aa  219  6e-56  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  40.88 
 
 
294 aa  219  6e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  40.41 
 
 
304 aa  219  6e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.12 
 
 
299 aa  218  7e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.07327e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.12 
 
 
299 aa  218  7e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  3.91393e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.12 
 
 
299 aa  218  7e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.12 
 
 
299 aa  218  8e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  6.85052e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.12 
 
 
299 aa  218  8e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  40.4 
 
 
304 aa  218  9e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  38.31 
 
 
312 aa  218  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0067  phage integrase family protein  40.46 
 
 
328 aa  218  1e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  40.74 
 
 
306 aa  218  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  41.18 
 
 
317 aa  218  1e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.12 
 
 
299 aa  218  1e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  37.46 
 
 
299 aa  217  2e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  38.83 
 
 
295 aa  217  2e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 
316 aa  216  3e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.78 
 
 
299 aa  216  3e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.16 
 
 
311 aa  216  4e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.78 
 
 
299 aa  216  4e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  41.89 
 
 
308 aa  216  5e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  40.47 
 
 
310 aa  216  5e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.61 
 
 
299 aa  216  6e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.9497e-06  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  38.1 
 
 
295 aa  215  7e-55  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  39.8 
 
 
296 aa  215  8e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.84 
 
 
300 aa  215  9e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>