90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2288 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2288  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  100 
 
 
291 aa  595  1e-169  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.130767  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2335  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.5 
 
 
271 aa  142  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2393  uroporphyrinogen III synthase HEM4  37.5 
 
 
277 aa  142  7e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3043  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.46 
 
 
376 aa  123  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.178966  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2410  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.31 
 
 
390 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000187789  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0840  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.43 
 
 
381 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000157223  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1494  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  29.53 
 
 
383 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.074261 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2178  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.57 
 
 
391 aa  101  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000567169  hitchhiker  0.00000562153 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1256  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  29.5 
 
 
387 aa  99.8  4e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0672  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.07 
 
 
284 aa  97.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00947107 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3505  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.25 
 
 
377 aa  97.1  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3871  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  29.7 
 
 
362 aa  96.3  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.323432  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1377  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.92 
 
 
378 aa  95.9  7e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.855752  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1303  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  27.97 
 
 
387 aa  94.7  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000592794 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1707  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.54 
 
 
281 aa  94.7  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.752477 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2963  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.28 
 
 
269 aa  93.2  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0793  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  28.74 
 
 
383 aa  93.2  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.649128  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5922  Uroporphyrinogen-III synthase-like protein  29.39 
 
 
389 aa  92  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0915623  normal  0.0919141 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4262  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  28.95 
 
 
362 aa  88.6  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233788 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2720  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.73 
 
 
368 aa  87.8  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.210642 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00840  uroporphyrinogen-III synthase  27.05 
 
 
377 aa  86.3  6e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0880377  normal  0.206146 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10264  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  27.86 
 
 
381 aa  85.9  8e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.122536 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0273  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  26.69 
 
 
382 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.92823  normal  0.27348 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0253  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  27.34 
 
 
382 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.518626 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1526  uroporphyrinogen-III synthase  28.3 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000060174  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0263  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  26.69 
 
 
382 aa  82.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.169391  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6178  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.41 
 
 
391 aa  82  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677803  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1813  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.2 
 
 
394 aa  82  0.00000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0320621  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2640  uroporphyrinogen-III synthase  29.63 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0380  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  26.32 
 
 
380 aa  79  0.00000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00848915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4563  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.95 
 
 
281 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20438  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0301  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  26.32 
 
 
380 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2796  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.8 
 
 
381 aa  76.6  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0507836  decreased coverage  0.000543328 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5710  putative uroporphyrinogen-III synthase  32.23 
 
 
277 aa  76.6  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1775  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  25.69 
 
 
369 aa  74.7  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.488954  normal  0.025641 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1325  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  27.09 
 
 
387 aa  73.2  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112832  normal  0.21583 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2199  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  24.9 
 
 
372 aa  71.6  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.116124  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1109  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.3 
 
 
284 aa  70.5  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0052  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  21.48 
 
 
261 aa  67.8  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.853888  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0354  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  27.64 
 
 
372 aa  67  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1576  uroporphyrinogen III synthase HEM4  23.95 
 
 
281 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.650234 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0928  uroporphyrinogen-III synthase  28.14 
 
 
244 aa  63.2  0.000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.232267  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3677  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  24.72 
 
 
255 aa  63.2  0.000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1792  uroporphyrinogen-III synthase  25.34 
 
 
263 aa  61.2  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.156972  normal  0.974342 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4165  uroporphyrinogen III synthase HEM4  25 
 
 
280 aa  60.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1124  uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.05 
 
 
491 aa  58.9  0.00000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.219261  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2282  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  22.43 
 
 
419 aa  58.2  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000232035  hitchhiker  0.00399846 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0501  Uroporphyrinogen-III synthase  34.69 
 
 
276 aa  53.5  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000190734  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1742  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/response regulator domain protein  26.48 
 
 
435 aa  52.8  0.000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.849504 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10522  uroporphyrin-III C-methyltransferase hemD  29.61 
 
 
565 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5697  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  32 
 
 
527 aa  52  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1103  uroporphyrinogen-III synthase  28.26 
 
 
250 aa  50.4  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0908711  normal  0.612882 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2837  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  31.9 
 
 
503 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.452302  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3201  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.11 
 
 
519 aa  50.4  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1458  uroporphyrinogen III synthase HEM4  25.24 
 
 
269 aa  49.7  0.00005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2131  uroporphyrin-III C-methyltransferase  30.58 
 
 
507 aa  48.5  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0860734  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0678  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  30.77 
 
 
554 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0691  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  30.77 
 
 
554 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.212228 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0671  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  30.77 
 
 
554 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0920  Uroporphyrin-III C/tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) methyltransferase  32.2 
 
 
506 aa  48.9  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2254  uroporphyrinogen-III synthase  28.91 
 
 
253 aa  48.1  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.093335  normal  0.017049 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0846  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.77 
 
 
571 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.75971  normal  0.92956 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2069  uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.63 
 
 
522 aa  47.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.198087  hitchhiker  0.000347629 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1252  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.11 
 
 
505 aa  47.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1248  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  33.66 
 
 
520 aa  46.6  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.472521 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3549  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.65 
 
 
266 aa  45.8  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1125  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase, uroporphyrinogen-III synthase  27.12 
 
 
516 aa  45.8  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.325525 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0358  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.03 
 
 
526 aa  45.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1214  uroporphyrinogen III synthase HEM4  24.81 
 
 
281 aa  45.1  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0065  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.2 
 
 
569 aa  45.4  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.255039  normal  0.829091 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0236  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  32 
 
 
528 aa  45.4  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1977  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  30.33 
 
 
513 aa  45.4  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0017868  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0669  Uroporphyrin-III C/tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) methyltransferase  29.31 
 
 
567 aa  45.4  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0428  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.03 
 
 
526 aa  45.1  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256746  hitchhiker  0.000733658 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.38 
 
 
510 aa  44.3  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2558  uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.68 
 
 
506 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02870  uroporphyrinogen-III synthase /uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  33.05 
 
 
516 aa  44.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.052713  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1015  Uroporphyrin-III C/tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) methyltransferase  29.91 
 
 
577 aa  45.1  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3452  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.57 
 
 
525 aa  44.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.305578  normal  0.171928 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3476  uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.79 
 
 
270 aa  43.9  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0896  uroporphyrin-III C-methyltransferase  25.11 
 
 
506 aa  44.3  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4578  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.4 
 
 
516 aa  44.3  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.767972  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.47 
 
 
511 aa  44.3  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2488  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.25 
 
 
285 aa  43.5  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000908937 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0486  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.48 
 
 
270 aa  43.5  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1341  Uroporphyrinogen-III synthase  28.74 
 
 
266 aa  43.5  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0359  uroporphyrinogen-III synthase  26.92 
 
 
250 aa  43.1  0.005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4438  Uroporphyrin-III C/tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) methyltransferase  25.71 
 
 
526 aa  43.5  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2562  uroporphyrinogen-III synthase  25.18 
 
 
272 aa  43.1  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.267194  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3374  uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.26 
 
 
509 aa  42.7  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>