More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2207 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  100 
 
 		 440 aa  905    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.14 
 
 		 449 aa  289  7e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  35.93 
 
 		 449 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  35 
 
 		 436 aa  286  7e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  37.08 
 
 		 450 aa  283  5.000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  35.8 
 
 		 434 aa  281  2e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  35.76 
 
 		 451 aa  280  4e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  37.14 
 
 		 435 aa  280  5e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  35.97 
 
 		 448 aa  279  9e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  37.59 
 
 		 450 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  37.59 
 
 		 450 aa  278  1e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  37.59 
 
 		 450 aa  278  1e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  37.59 
 
 		 450 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  37.59 
 
 		 450 aa  278  1e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  37.59 
 
 		 450 aa  277  2e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  37.35 
 
 		 450 aa  278  2e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  37.59 
 
 		 450 aa  277  2e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  37.59 
 
 		 450 aa  277  3e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  37.59 
 
 		 450 aa  277  3e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  33.79 
 
 		 454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  34.94 
 
 		 431 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.19 
 
 		 450 aa  271  2e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  35.83 
 
 		 448 aa  268  1e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  35.83 
 
 		 448 aa  268  1e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  37.14 
 
 		 434 aa  267  2e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  37.85 
 
 		 437 aa  268  2e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.04 
 
 		 438 aa  263  4e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.13 
 
 		 450 aa  261  2e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.1 
 
 		 434 aa  260  3e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.1 
 
 		 434 aa  260  3e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  37.59 
 
 		 439 aa  259  7e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.72 
 
 		 466 aa  256  4e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.76 
 
 		 471 aa  255  9e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.89 
 
 		 432 aa  253  6e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  34.29 
 
 		 446 aa  249  8e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.42 
 
 		 429 aa  246  8e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.39 
 
 		 434 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.12 
 
 		 431 aa  244  3e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.8 
 
 		 408 aa  240  2.9999999999999997e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.36 
 
 		 429 aa  239  5e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.63 
 
 		 444 aa  239  8e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2722  hypothetical protein  35.9 
 
 		 435 aa  236  4e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.5 
 
 		 434 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0570  RNA modification enzyme, MiaB family  34.09 
 
 		 447 aa  233  7.000000000000001e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.89 
 
 		 444 aa  231  1e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.3 
 
 		 421 aa  231  2e-59  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.91 
 
 		 438 aa  230  4e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  28.9 
 
 		 430 aa  230  5e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  32.66 
 
 		 458 aa  229  7e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.93 
 
 		 409 aa  229  7e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.24 
 
 		 442 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  33.9 
 
 		 440 aa  229  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0549  RNA modification protein  33.57 
 
 		 443 aa  228  2e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  35.07 
 
 		 431 aa  228  2e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.12 
 
 		 434 aa  227  3e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  35.48 
 
 		 438 aa  227  4e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2087  RNA modification protein  36.25 
 
 		 458 aa  226  7e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.464184  normal  0.0294097 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2208  RNA modification enzyme, MiaB family  34.87 
 
 		 528 aa  225  1e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494815  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.28 
 
 		 449 aa  224  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.17 
 
 		 429 aa  224  3e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.99 
 
 		 427 aa  224  3e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  30.89 
 
 		 451 aa  223  4.9999999999999996e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000210311  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2738  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  31.22 
 
 		 447 aa  223  6e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000461297  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.18 
 
 		 456 aa  223  6e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.99 
 
 		 435 aa  223  7e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.15 
 
 		 441 aa  222  9e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1488  RNA modification protein  34.87 
 
 		 497 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.234424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0789  tRNA 2-methylthioadenosine synthase  30.47 
 
 		 411 aa  219  5e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.594901  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.89 
 
 		 467 aa  220  5e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.19 
 
 		 444 aa  219  7.999999999999999e-56  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1402  RNA modification enzyme, MiaB family  36.1 
 
 		 462 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  32.3 
 
 		 441 aa  219  7.999999999999999e-56  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.88 
 
 		 495 aa  218  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2898  RNA modification enzyme, MiaB family  36.41 
 
 		 429 aa  218  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1495  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  28.96 
 
 		 451 aa  217  2.9999999999999998e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.421573  hitchhiker  0.000974888 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2092  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  31.18 
 
 		 531 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1610  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  30.29 
 
 		 471 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.34792  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0673  RNA modification enzyme, MiaB family  34.78 
 
 		 496 aa  216  8e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.518988  normal  0.323598 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0783  RNA modification protein  31.05 
 
 		 480 aa  216  9e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12746  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  32.66 
 
 		 512 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000618798  normal  0.207012 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.81 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10340  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.9 
 
 		 409 aa  215  1.9999999999999998e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0729922  unclonable  0.00000000167703 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.19 
 
 		 423 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1699  RNA modification enzyme, MiaB family  29.62 
 
 		 478 aa  214  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000319842  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2429  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.74 
 
 		 510 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130764 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.76 
 
 		 427 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.81 
 
 		 439 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1793  RNA modification enzyme, MiaB family  34.35 
 
 		 503 aa  213  4.9999999999999996e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.513666  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  35.25 
 
 		 436 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.08 
 
 		 421 aa  213  7e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07660  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.01 
 
 		 409 aa  212  7.999999999999999e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.738464 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1112  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  30.16 
 
 		 444 aa  212  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000242644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.94 
 
 		 417 aa  212  1e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0795  RNA modification enzyme, MiaB family  33.86 
 
 		 423 aa  211  2e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.134555  normal  0.773593 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.88 
 
 		 420 aa  211  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  31.05 
 
 		 412 aa  210  3e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  31.63 
 
 		 427 aa  210  5e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  31.63 
 
 		 427 aa  210  5e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0783  RNA modification enzyme, MiaB family  31.41 
 
 		 438 aa  209  6e-53  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.41 
 
 		 451 aa  209  8e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>