More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1962 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
326 aa  673    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
325 aa  331  9e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.05 
 
 
325 aa  328  1.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0169  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  47.48 
 
 
319 aa  317  2e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.22 
 
 
332 aa  307  2.0000000000000002e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.299125 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.6 
 
 
327 aa  296  2e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.25 
 
 
332 aa  287  1e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.21 
 
 
334 aa  287  2e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.91 
 
 
354 aa  285  8e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.873323  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.14 
 
 
321 aa  256  3e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000491095  unclonable  4.61706e-23 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1622  UDP-glucose 4-epimerase  43.13 
 
 
333 aa  255  6e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222296  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2064  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  39.75 
 
 
327 aa  247  2e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.46 
 
 
321 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0422  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  38.46 
 
 
321 aa  228  1e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.46 
 
 
321 aa  228  1e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0488  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.46 
 
 
321 aa  228  1e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0418  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  38.46 
 
 
321 aa  227  2e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.77 
 
 
321 aa  225  1e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0563  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.53 
 
 
321 aa  223  4e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0424  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.39 
 
 
321 aa  222  6e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0561  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  38.53 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4813  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.61 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.89 
 
 
321 aa  220  3e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2806  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.62 
 
 
317 aa  207  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.46 
 
 
329 aa  206  3e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.463092  decreased coverage  0.00350753 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2173  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.3 
 
 
332 aa  202  5e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0967474  normal  0.0101731 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.38 
 
 
321 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.26 
 
 
313 aa  181  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000855956  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.59 
 
 
327 aa  179  4.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.809623 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0779  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 
318 aa  178  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.59 
 
 
318 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00954538 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.35 
 
 
309 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3060  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.87 
 
 
331 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0392933  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.28 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000151711  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.56 
 
 
346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.544479  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2802  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0782  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.19 
 
 
316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182086  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.46 
 
 
343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0230856  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4588  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.31 
 
 
311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
330 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000230956 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.28 
 
 
311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1815  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35 
 
 
311 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.437537  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0261  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
311 aa  172  5.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.370218  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.57 
 
 
313 aa  172  6.999999999999999e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3791  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
313 aa  171  1e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1165  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.29 
 
 
320 aa  170  3e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0499982  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1149  dTDP-glucose 46-dehydratase  35.65 
 
 
325 aa  170  3e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.985297 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.7 
 
 
314 aa  169  4e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.167111  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.96 
 
 
318 aa  169  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.6 
 
 
333 aa  168  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.6 
 
 
333 aa  168  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.134293 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29801  predicted protein  34.6 
 
 
340 aa  167  2e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.78 
 
 
313 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.03 
 
 
311 aa  167  2e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.747671  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33309  predicted protein  34.6 
 
 
340 aa  167  2e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3252  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.65 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0363049  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3556  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.6 
 
 
321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0542  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.91 
 
 
337 aa  166  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.91 
 
 
337 aa  166  4e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.65 
 
 
330 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1937  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.93 
 
 
311 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 
330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.746716  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.11 
 
 
311 aa  165  8e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0132998  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.54 
 
 
311 aa  165  8e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.366265  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.19 
 
 
308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0917118  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5784  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.667939  normal  0.0304013 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0893  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.19 
 
 
308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.27 
 
 
347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131148 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.08 
 
 
330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.46913  normal  0.0352982 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1611  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.709629  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.47 
 
 
315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.710301 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 
320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.579578  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
318 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 
314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.97 
 
 
309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.6 
 
 
317 aa  162  6e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.09 
 
 
353 aa  162  6e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2118  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
336 aa  162  7e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.292316  normal  0.0790503 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
315 aa  162  7e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.380397  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
308 aa  162  9e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.72 
 
 
330 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
336 aa  161  1e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.150051  normal  0.64899 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3893  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
346 aa  162  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258351  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.19 
 
 
348 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0212169 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2307  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.6 
 
 
311 aa  161  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00124145  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.77 
 
 
324 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0129  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
322 aa  161  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.92 
 
 
315 aa  161  1e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.6 
 
 
317 aa  160  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307285  normal  0.160905 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
348 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0857049  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2263  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
348 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171141  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1378  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
348 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280113  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3029  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
348 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.965327  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3158  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
348 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0477125  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
348 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.47827  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1288  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
348 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5517  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 
315 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0262  sugar nucleotide dehydratase  34.47 
 
 
317 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.129808  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.2 
 
 
315 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  34.16 
 
 
326 aa  160  3e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>