More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1620 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  100 
 
 		 597 aa  1195    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  49.81 
 
 		 557 aa  542  1e-153  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  49.13 
 
 		 573 aa  538  1e-151  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  47.27 
 
 		 596 aa  538  1e-151  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  49.42 
 
 		 570 aa  532  1e-150  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  49.17 
 
 		 584 aa  528  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  49.36 
 
 		 584 aa  528  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  51.73 
 
 		 574 aa  520  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  49.42 
 
 		 584 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  48.38 
 
 		 562 aa  509  1e-143  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  45.6 
 
 		 577 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  46.26 
 
 		 608 aa  503  1e-141  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  51.2 
 
 		 568 aa  502  1e-140  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  49.42 
 
 		 586 aa  501  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  51.2 
 
 		 568 aa  502  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  51.2 
 
 		 568 aa  502  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  46.54 
 
 		 577 aa  496  1e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  47.29 
 
 		 593 aa  495  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  51.1 
 
 		 578 aa  495  1e-139  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  48.8 
 
 		 579 aa  491  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  47.2 
 
 		 574 aa  487  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  44.21 
 
 		 609 aa  483  1e-135  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  46.69 
 
 		 575 aa  483  1e-135  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  46.41 
 
 		 720 aa  478  1e-133  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  46.2 
 
 		 573 aa  473  1e-132  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  45.45 
 
 		 570 aa  473  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  44.14 
 
 		 604 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  44.25 
 
 		 588 aa  463  1e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  41.98 
 
 		 591 aa  456  1e-127  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  42.25 
 
 		 592 aa  458  1e-127  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  41.7 
 
 		 592 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  42.27 
 
 		 589 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  41.5 
 
 		 591 aa  451  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  41.86 
 
 		 586 aa  442  1e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  42.28 
 
 		 560 aa  441  9.999999999999999e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  40.64 
 
 		 557 aa  434  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  42.94 
 
 		 555 aa  432  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  42.16 
 
 		 557 aa  432  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  42.56 
 
 		 558 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  41.13 
 
 		 555 aa  431  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  42.71 
 
 		 558 aa  431  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  43.91 
 
 		 559 aa  430  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  42.56 
 
 		 558 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  43.58 
 
 		 504 aa  431  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  43.51 
 
 		 560 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  42.56 
 
 		 558 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  42.56 
 
 		 558 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  42.23 
 
 		 567 aa  430  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  43.14 
 
 		 555 aa  430  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  42.63 
 
 		 555 aa  426  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  40.27 
 
 		 560 aa  426  1e-118  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  42.32 
 
 		 556 aa  429  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  43.78 
 
 		 561 aa  427  1e-118  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  40.99 
 
 		 560 aa  427  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 559 aa  428  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  43.16 
 
 		 555 aa  428  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  42.26 
 
 		 560 aa  426  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  42.5 
 
 		 555 aa  428  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  42.63 
 
 		 555 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  42.63 
 
 		 555 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  43.14 
 
 		 555 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 559 aa  428  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  42.63 
 
 		 555 aa  427  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  42.24 
 
 		 555 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  42.44 
 
 		 555 aa  424  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  42.24 
 
 		 555 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  41.52 
 
 		 561 aa  424  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  42.24 
 
 		 555 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  41.85 
 
 		 555 aa  424  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  42.24 
 
 		 555 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  41.96 
 
 		 553 aa  421  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  42.91 
 
 		 558 aa  420  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  42.91 
 
 		 558 aa  420  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  40.73 
 
 		 571 aa  419  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  40.68 
 
 		 559 aa  421  1e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  43 
 
 		 569 aa  419  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  43 
 
 		 569 aa  419  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  41.46 
 
 		 559 aa  420  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  41.75 
 
 		 557 aa  419  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  39.78 
 
 		 589 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  42.77 
 
 		 573 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  42.11 
 
 		 556 aa  419  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  41.06 
 
 		 606 aa  417  9.999999999999999e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  41.14 
 
 		 563 aa  419  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  43.85 
 
 		 557 aa  413  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  43.85 
 
 		 557 aa  413  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185762  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  42.14 
 
 		 599 aa  414  1e-114  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  42.46 
 
 		 563 aa  413  1e-114  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  43.85 
 
 		 557 aa  413  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  43.85 
 
 		 557 aa  413  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  41.25 
 
 		 561 aa  415  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  43.85 
 
 		 557 aa  413  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  43.85 
 
 		 557 aa  413  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  41.4 
 
 		 562 aa  413  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  43.85 
 
 		 557 aa  413  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  40.04 
 
 		 571 aa  415  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  42.46 
 
 		 563 aa  413  1e-114  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  43.85 
 
 		 557 aa  413  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000956942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  43.85 
 
 		 557 aa  413  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  40.04 
 
 		 577 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>