277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1588 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1588  Rhomboid family protein  100 
 
 		 296 aa  600  1.0000000000000001e-171  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  32.72 
 
 		 273 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  32.97 
 
 		 273 aa  113  3e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  36.28 
 
 		 278 aa  113  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  32.1 
 
 		 273 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  31.64 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3495  rhomboid family protein  29.65 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335831 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  31.88 
 
 		 283 aa  101  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  30.43 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  29.71 
 
 		 264 aa  99.4  7e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0016  hypothetical protein  26.62 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  32.21 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  31.03 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  36.36 
 
 		 232 aa  80.5  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  35.86 
 
 		 224 aa  79.7  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  31.31 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  38.46 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  36.49 
 
 		 220 aa  71.6  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  34.5 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  30.46 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  32.67 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3809  Rhomboid family protein  27.76 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.199592 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  35.66 
 
 		 200 aa  69.3  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  32.21 
 
 		 228 aa  68.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  29.26 
 
 		 279 aa  68.6  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0599  AN1-type Zinc finger protein  30 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.715069  normal  0.614872 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  37.06 
 
 		 196 aa  68.6  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0209  rhomboid family protein  25.97 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2191  Rhomboid family protein  25.49 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0066  rhomboid family protein  28.72 
 
 		 244 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167584  normal  0.0382417 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  34.9 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  31.88 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  36.11 
 
 		 197 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  26.94 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0483  Rhomboid family protein  28.76 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5567  Rhomboid family protein  25.95 
 
 		 308 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1367  Rhomboid family protein  32.94 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.870184  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  37.86 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  26.84 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  28.78 
 
 		 232 aa  63.2  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  31.97 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2632  Rhomboid family protein  32.24 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  33.8 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  36.36 
 
 		 197 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  33.79 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  32.72 
 
 		 223 aa  62  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  26.98 
 
 		 280 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  29.27 
 
 		 237 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  28.88 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  32.45 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07080  putative transmembrane rhomboid family protein  29.34 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  29.38 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5745  Rhomboid family protein  29.07 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  28.33 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  28.5 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1403  rhomboid family protein  26.17 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.327287 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2888  Rhomboid family protein  41.18 
 
 		 360 aa  58.9  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497694  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  33.77 
 
 		 260 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  33.79 
 
 		 222 aa  58.5  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  35.37 
 
 		 241 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  42.11 
 
 		 238 aa  58.9  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  33.77 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1812  hypothetical protein  26.51 
 
 		 278 aa  58.9  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.515033  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  34.23 
 
 		 218 aa  58.5  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  33.08 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2980  Rhomboid family protein  39.22 
 
 		 360 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0252324  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  34.87 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  34.93 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  30.46 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  41.35 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  35.95 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  33.77 
 
 		 229 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2016  rhomboid-like protein  35.42 
 
 		 504 aa  57  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  41.94 
 
 		 279 aa  57  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  42.53 
 
 		 237 aa  57  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  29.01 
 
 		 342 aa  57  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  29.32 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  34.72 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  34.75 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  33.08 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2794  rhomboid-like protein  35.71 
 
 		 360 aa  56.2  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.89322  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2451  Rhomboid family protein  31.61 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  28.78 
 
 		 486 aa  55.8  0.0000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  30.9 
 
 		 487 aa  55.8  0.0000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  35.79 
 
 		 554 aa  55.8  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  33.61 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  30.9 
 
 		 487 aa  55.8  0.0000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  31.21 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  30.46 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  28.48 
 
 		 205 aa  55.1  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  40.74 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  31.47 
 
 		 246 aa  54.3  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  34.03 
 
 		 365 aa  54.7  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1387  hypothetical protein  31.25 
 
 		 202 aa  55.1  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0256989  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  28.65 
 
 		 386 aa  54.7  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  32.88 
 
 		 362 aa  54.7  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  41.3 
 
 		 290 aa  54.7  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0917  rhomboid family protein  27.63 
 
 		 177 aa  54.3  0.000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  33.12 
 
 		 202 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>