More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1377 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  100 
 
 
1226 aa  2487  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  30.01 
 
 
1149 aa  305  5e-81  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  27.33 
 
 
1080 aa  271  4e-71  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  28.89 
 
 
1282 aa  244  9e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  26.64 
 
 
1057 aa  241  6e-62  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  26.95 
 
 
1392 aa  224  1e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.79 
 
 
1230 aa  218  8e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  34.24 
 
 
1196 aa  216  2e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  25.37 
 
 
1161 aa  213  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  26.1 
 
 
1074 aa  212  3e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.76 
 
 
1061 aa  207  8e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  28.05 
 
 
1240 aa  206  3e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.24 
 
 
1271 aa  203  2e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.27 
 
 
1244 aa  202  2e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  25.93 
 
 
1270 aa  197  8e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  25.7 
 
 
1121 aa  195  4e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  25.16 
 
 
1204 aa  194  9e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  27.97 
 
 
1123 aa  193  1e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  31.65 
 
 
1184 aa  194  1e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  28.06 
 
 
1110 aa  192  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.74 
 
 
1230 aa  183  2e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.87 
 
 
1139 aa  182  4e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  30.61 
 
 
833 aa  177  1e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  28.85 
 
 
1244 aa  176  2e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  28.4 
 
 
1248 aa  176  3e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  23.45 
 
 
1218 aa  169  2e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  30.46 
 
 
1117 aa  169  3e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.49 
 
 
1203 aa  169  4e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3423  recombination helicase AddA  24.82 
 
 
1377 aa  168  6e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  30.17 
 
 
1115 aa  166  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  27.06 
 
 
1147 aa  163  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  27.18 
 
 
1121 aa  162  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.14 
 
 
1251 aa  162  5e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  26.32 
 
 
1251 aa  159  4e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  29.4 
 
 
1047 aa  158  5e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  28.84 
 
 
1131 aa  154  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  29.53 
 
 
1107 aa  152  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.65 
 
 
1186 aa  152  4e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  25.35 
 
 
1244 aa  150  1e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  25.75 
 
 
1245 aa  147  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  24.97 
 
 
1155 aa  146  2e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  29.26 
 
 
1110 aa  147  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  26 
 
 
1241 aa  146  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.86 
 
 
1177 aa  145  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  27.01 
 
 
1242 aa  145  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.93 
 
 
1241 aa  145  6e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.97 
 
 
1241 aa  145  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  26 
 
 
1241 aa  144  8e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.85 
 
 
1241 aa  144  9e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  25.43 
 
 
1120 aa  144  1e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.15 
 
 
1240 aa  144  1e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.87 
 
 
1241 aa  143  2e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  25.85 
 
 
1241 aa  143  2e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  25.85 
 
 
1241 aa  143  2e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  26.55 
 
 
1241 aa  142  4e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  26.17 
 
 
1185 aa  137  9e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  25.5 
 
 
1185 aa  137  1e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1244  UvrD/REP helicase  26.49 
 
 
1165 aa  135  7e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0173598  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  25.39 
 
 
1392 aa  135  7e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.55 
 
 
1233 aa  134  8e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  23.63 
 
 
1217 aa  134  9e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  23.63 
 
 
1217 aa  134  9e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  26.06 
 
 
1180 aa  134  1e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.9 
 
 
860 aa  133  2e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  26.16 
 
 
1162 aa  133  2e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  26.53 
 
 
1236 aa  131  8e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  25.29 
 
 
1173 aa  130  1e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  26.16 
 
 
1106 aa  130  1e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  26.23 
 
 
739 aa  130  2e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.65 
 
 
1106 aa  129  2e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4021  UvrD/REP helicase  28.64 
 
 
1111 aa  129  2e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.89 
 
 
1119 aa  128  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  25.3 
 
 
1183 aa  127  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0973  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.37 
 
 
1155 aa  127  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.117254 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  25.64 
 
 
1161 aa  125  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  27.6 
 
 
1125 aa  125  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.85 
 
 
1230 aa  124  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.7 
 
 
1207 aa  124  8e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3878  UvrD/REP helicase  28.12 
 
 
1111 aa  123  2e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0419  UvrD/REP helicase  24.73 
 
 
1003 aa  122  4e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.35 
 
 
1226 aa  121  1e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.05 
 
 
1286 aa  120  1e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  29.27 
 
 
1164 aa  120  1e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  24.34 
 
 
762 aa  120  2e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  2.43154e-05 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  26.5 
 
 
1242 aa  119  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.37 
 
 
1336 aa  119  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.79 
 
 
732 aa  119  5e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  24.65 
 
 
1089 aa  119  5e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.63 
 
 
833 aa  118  8e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.33 
 
 
765 aa  117  9e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  28.92 
 
 
1182 aa  118  9e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  27.84 
 
 
1173 aa  117  1e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.19 
 
 
1240 aa  117  1e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  28.45 
 
 
1177 aa  116  2e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  27.39 
 
 
659 aa  116  2e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  27.68 
 
 
1124 aa  117  2e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0519  UvrD/REP helicase  23.05 
 
 
1130 aa  116  3e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1341  UvrD/REP helicase  31.74 
 
 
1195 aa  116  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.638227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3984  UvrD/REP helicase  27.41 
 
 
1111 aa  116  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  24.02 
 
 
1162 aa  115  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>