More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1235 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  100 
 
 
680 aa  1404    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  42.12 
 
 
678 aa  489  1e-137  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  43.34 
 
 
678 aa  491  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.94 
 
 
729 aa  484  1e-135  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  42.11 
 
 
678 aa  477  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.44 
 
 
729 aa  478  1e-133  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  41.8 
 
 
678 aa  478  1e-133  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  41.49 
 
 
678 aa  476  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  40.19 
 
 
668 aa  473  1e-132  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.94 
 
 
732 aa  475  1e-132  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.15 
 
 
725 aa  474  1e-132  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.94 
 
 
730 aa  468  9.999999999999999e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.37 
 
 
751 aa  467  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.94 
 
 
730 aa  468  9.999999999999999e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.34 
 
 
785 aa  466  9.999999999999999e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.21 
 
 
751 aa  462  1e-129  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0537  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.22 
 
 
711 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.09 
 
 
742 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  40.71 
 
 
744 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  41.77 
 
 
672 aa  461  9.999999999999999e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  41.77 
 
 
739 aa  456  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.88 
 
 
737 aa  457  1e-127  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.48 
 
 
741 aa  454  1.0000000000000001e-126  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.03 
 
 
786 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.48 
 
 
718 aa  454  1.0000000000000001e-126  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.76 
 
 
755 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.74 
 
 
753 aa  450  1e-125  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0381  UvrD/REP helicase  39.54 
 
 
688 aa  449  1e-125  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0971471 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.63 
 
 
694 aa  451  1e-125  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.82 
 
 
751 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  39.25 
 
 
731 aa  446  1.0000000000000001e-124  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.86 
 
 
747 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.82 
 
 
751 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  39.82 
 
 
753 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.82 
 
 
747 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  41.09 
 
 
736 aa  449  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.56 
 
 
715 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  39.88 
 
 
666 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.86 
 
 
741 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  39.97 
 
 
807 aa  449  1.0000000000000001e-124  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.82 
 
 
751 aa  445  1e-123  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  39.82 
 
 
751 aa  445  1e-123  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  42.04 
 
 
756 aa  445  1e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  38.61 
 
 
762 aa  442  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.72 
 
 
747 aa  443  1e-123  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.48 
 
 
753 aa  444  1e-123  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.71 
 
 
754 aa  441  9.999999999999999e-123  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  40.94 
 
 
731 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  41.89 
 
 
671 aa  439  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.2 
 
 
757 aa  441  9.999999999999999e-123  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0142  UvrD/REP helicase  41.65 
 
 
751 aa  438  1e-121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.750575  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0389  UvrD/REP helicase  41.03 
 
 
759 aa  436  1e-121  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.335066 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  40.78 
 
 
732 aa  436  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  39.2 
 
 
730 aa  438  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  40.18 
 
 
738 aa  437  1e-121  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  40.34 
 
 
707 aa  436  1e-121  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  39.12 
 
 
762 aa  437  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.03 
 
 
738 aa  434  1e-120  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  42.04 
 
 
682 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  38.4 
 
 
849 aa  435  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  40.03 
 
 
738 aa  431  1e-119  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38 
 
 
759 aa  431  1e-119  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  39.79 
 
 
665 aa  431  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  40.74 
 
 
705 aa  428  1e-118  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  39.29 
 
 
746 aa  426  1e-118  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  38.59 
 
 
714 aa  426  1e-118  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  38.26 
 
 
681 aa  428  1e-118  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  39.57 
 
 
768 aa  428  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  37.48 
 
 
764 aa  423  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  40.7 
 
 
671 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  40.7 
 
 
671 aa  425  1e-117  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  39.54 
 
 
787 aa  424  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.86 
 
 
781 aa  425  1e-117  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  38.01 
 
 
749 aa  421  1e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.21 
 
 
758 aa  421  1e-116  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  37.9 
 
 
770 aa  421  1e-116  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  41.2 
 
 
706 aa  420  1e-116  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1525  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.8 
 
 
772 aa  416  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.77 
 
 
794 aa  417  9.999999999999999e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.58 
 
 
762 aa  419  9.999999999999999e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  38.34 
 
 
755 aa  417  9.999999999999999e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.56 
 
 
766 aa  416  9.999999999999999e-116  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4154  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.65 
 
 
781 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.906632 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.96 
 
 
768 aa  412  1e-114  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  37.74 
 
 
765 aa  413  1e-114  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.62 
 
 
795 aa  415  1e-114  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  37.52 
 
 
789 aa  413  1e-114  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3879  ATP-dependent DNA helicase Rep  39.66 
 
 
663 aa  413  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  37.43 
 
 
779 aa  413  1e-114  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4114  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.79 
 
 
781 aa  415  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  39.22 
 
 
677 aa  414  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2168  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.29 
 
 
794 aa  415  1e-114  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.63993 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  38.58 
 
 
672 aa  412  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.69 
 
 
851 aa  413  1e-114  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3593  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.62 
 
 
797 aa  412  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.420917  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  36.6 
 
 
778 aa  414  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  37.11 
 
 
772 aa  415  1e-114  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1669  ATP-dependent DNA helicase Rep  38.36 
 
 
805 aa  411  1e-113  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  39.66 
 
 
690 aa  411  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  36.45 
 
 
689 aa  410  1e-113  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>