More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1185 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 
315 aa  651  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  41.44 
 
 
295 aa  257  1e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
299 aa  247  2e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.44 
 
 
296 aa  246  4e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.44 
 
 
296 aa  246  4e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.1 
 
 
296 aa  244  2e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.44 
 
 
296 aa  244  2e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.44 
 
 
296 aa  244  2e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  41.89 
 
 
296 aa  243  2e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.44 
 
 
296 aa  244  2e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.44 
 
 
296 aa  244  2e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.1 
 
 
296 aa  243  3e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.1 
 
 
296 aa  243  3e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.1 
 
 
296 aa  243  3e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  43.55 
 
 
295 aa  243  4e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.1 
 
 
296 aa  242  5e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  3.17777e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  42.12 
 
 
296 aa  240  3e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  42.81 
 
 
295 aa  239  6e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  44.56 
 
 
294 aa  236  3e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.57 
 
 
298 aa  234  1e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  38.54 
 
 
296 aa  233  5e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  37.41 
 
 
295 aa  231  9e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  41.03 
 
 
317 aa  230  2e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  39.8 
 
 
296 aa  229  5e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  39.46 
 
 
295 aa  229  6e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  39.06 
 
 
302 aa  228  8e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  44.18 
 
 
305 aa  228  1e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  43.36 
 
 
310 aa  227  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  39.39 
 
 
302 aa  227  2e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  40.6 
 
 
309 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  41.47 
 
 
309 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  38.8 
 
 
304 aa  226  4e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  40.6 
 
 
309 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  36.3 
 
 
294 aa  226  5e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  37.71 
 
 
302 aa  226  5e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  41.47 
 
 
300 aa  226  6e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  41.1 
 
 
321 aa  225  7e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  40.68 
 
 
295 aa  225  7e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  39.8 
 
 
305 aa  225  8e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  37.76 
 
 
295 aa  224  1e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  37.76 
 
 
295 aa  224  1e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  41.1 
 
 
308 aa  224  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.81 
 
 
300 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  41.58 
 
 
320 aa  223  3e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  40.55 
 
 
300 aa  222  6e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  40.55 
 
 
300 aa  222  6e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.78 
 
 
305 aa  222  7e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  38.59 
 
 
319 aa  221  8e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  41.78 
 
 
305 aa  221  1e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  42.32 
 
 
300 aa  220  2e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  40.55 
 
 
300 aa  221  2e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  44.56 
 
 
302 aa  220  2e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  39.86 
 
 
295 aa  220  2e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  40.55 
 
 
300 aa  220  2e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  38.97 
 
 
297 aa  219  3e-56  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  41.92 
 
 
300 aa  220  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  39.19 
 
 
304 aa  218  8e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1174  tyrosine recombinase XerD  41.3 
 
 
300 aa  218  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  43.1 
 
 
292 aa  216  3e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  40.14 
 
 
295 aa  216  3e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  40.54 
 
 
295 aa  217  3e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  39.35 
 
 
309 aa  216  3e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  8.60406e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  38.89 
 
 
305 aa  216  4e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  40.65 
 
 
277 aa  216  5e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  37.76 
 
 
295 aa  216  6e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  40.55 
 
 
296 aa  216  6e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  36.77 
 
 
291 aa  214  1e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  38.97 
 
 
297 aa  214  2e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  40.61 
 
 
303 aa  214  2e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  38.54 
 
 
297 aa  213  3e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  40 
 
 
311 aa  213  4e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  39.73 
 
 
301 aa  213  4e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 
298 aa  213  5e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  42.32 
 
 
298 aa  213  5e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 
298 aa  213  5e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 
298 aa  213  5e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 
298 aa  213  5e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 
298 aa  213  5e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 
298 aa  213  5e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.47 
 
 
298 aa  212  6e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  39.52 
 
 
309 aa  212  7e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  39.19 
 
 
306 aa  212  7e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  36.82 
 
 
306 aa  212  8e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  39.24 
 
 
295 aa  211  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  41 
 
 
310 aa  211  1e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.41 
 
 
302 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  40.13 
 
 
304 aa  210  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  6.63621e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 
298 aa  211  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  42.95 
 
 
310 aa  210  2e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  40.92 
 
 
307 aa  211  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  39.6 
 
 
308 aa  209  3e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  37.97 
 
 
299 aa  209  3e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  37.71 
 
 
314 aa  210  3e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 
298 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  38.31 
 
 
300 aa  209  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  39.79 
 
 
292 aa  209  5e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  38.98 
 
 
304 aa  209  5e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 
298 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 
298 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.32 
 
 
298 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.476349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>