93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0510 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_0510  S23 ribosomal protein  100 
 
 
119 aa  242  1e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.426974  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1903  S23 ribosomal protein  48.7 
 
 
117 aa  117  4e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.452499  normal  0.515332 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2639  S23 ribosomal protein  47.62 
 
 
117 aa  109  1e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3674  S23 ribosomal protein  45.38 
 
 
119 aa  107  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.141742 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0653  hypothetical protein  43.48 
 
 
128 aa  104  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2569  S23 ribosomal protein  46.55 
 
 
115 aa  104  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2891  hypothetical protein  44.17 
 
 
121 aa  104  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0159035 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1843  S23 ribosomal protein  50 
 
 
116 aa  102  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.561977  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3082  hypothetical protein  49.44 
 
 
119 aa  99  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3825  hypothetical protein  46.59 
 
 
118 aa  97.8  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.169171  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0769  hypothetical protein  38.1 
 
 
120 aa  91.7  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0716  hypothetical protein  38.1 
 
 
120 aa  91.7  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0925  S23 ribosomal protein  46.81 
 
 
118 aa  90.9  5e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1908  S23 ribosomal protein  38.6 
 
 
143 aa  90.1  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0472505 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4365  S23 ribosomal  47.19 
 
 
127 aa  89  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.981218  normal  0.704063 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3829  S23 ribosomal protein  39.67 
 
 
123 aa  89  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0815906  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4923  S23 ribosomal protein  36.21 
 
 
119 aa  88.2  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0743  S23 ribosomal protein  35.04 
 
 
121 aa  88.2  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4875  S23 ribosomal protein  42.2 
 
 
119 aa  87.4  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2018  S23 ribosomal protein  40.87 
 
 
116 aa  87  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.575414  normal  0.264087 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1774  S23 ribosomal protein  38.02 
 
 
118 aa  86.3  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.113241  normal  0.0178351 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1776  S23 ribosomal protein  39.81 
 
 
118 aa  85.5  2e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  3.53039e-09  normal  0.0187612 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3816  hypothetical protein  36.44 
 
 
123 aa  85.1  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0119683  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2947  hypothetical protein  40.34 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2021  hypothetical protein  40.34 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.933908  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1266  hypothetical protein  40.34 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1260  hypothetical protein  40.34 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0176  hypothetical protein  40.34 
 
 
124 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.713236  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1780  hypothetical protein  39.13 
 
 
119 aa  84.7  4e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0667  S23 ribosomal protein  38.98 
 
 
119 aa  84.7  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0008  hypothetical protein  40.34 
 
 
117 aa  84.3  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2528  hypothetical protein  40.34 
 
 
117 aa  84  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0405  hypothetical protein  39.5 
 
 
117 aa  82.4  2e-15  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.743042  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1495  S23 ribosomal protein  40 
 
 
124 aa  82.8  2e-15  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1133  S23 ribosomal protein  38.39 
 
 
125 aa  80.9  6e-15  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.625795 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1809  hypothetical protein  43.96 
 
 
122 aa  80.5  7e-15  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.324507  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0903  hypothetical protein  43.96 
 
 
122 aa  80.5  7e-15  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000118462  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0042  hypothetical protein  43.96 
 
 
122 aa  80.5  7e-15  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.97869  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1773  hypothetical protein  43.96 
 
 
122 aa  80.5  7e-15  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0046265  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2403  hypothetical protein  41.9 
 
 
108 aa  79  2e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.589367  hitchhiker  0.00347564 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0702  hypothetical protein  31.3 
 
 
130 aa  77.4  6e-14  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  4.25706e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03005  hypothetical protein  38.05 
 
 
135 aa  75.9  2e-13  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1768  S23 ribosomal protein  37.5 
 
 
127 aa  75.9  2e-13  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.392074  normal  0.0791201 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0033  hypothetical protein  49.28 
 
 
116 aa  75.9  2e-13  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4754  S23 ribosomal protein  32.76 
 
 
117 aa  73.2  1e-12  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.32042  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2230  hypothetical protein  35.96 
 
 
128 aa  72.8  2e-12  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.8637e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0984  S23 ribosomal  48.53 
 
 
128 aa  72  2e-12  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.302642  normal  0.219777 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1973  S23 ribosomal protein  37.5 
 
 
122 aa  72  3e-12  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.174055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2958  hypothetical protein  35.04 
 
 
117 aa  69.7  1e-11  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0797  hypothetical protein  32.17 
 
 
115 aa  68.6  3e-11  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171877 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2609  S23 ribosomal protein  37.5 
 
 
122 aa  67  9e-11  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.839204  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0596  S23 ribosomal protein  30.43 
 
 
122 aa  66.2  1e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0419728  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1904  S23 ribosomal protein  36.11 
 
 
122 aa  65.9  2e-10  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0352  hypothetical protein  32.48 
 
 
133 aa  64.7  4e-10  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.50367  normal  0.137183 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1652  hypothetical protein  33.33 
 
 
125 aa  64.7  4e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.193408  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0610  S23 ribosomal protein  30.51 
 
 
124 aa  64.3  5e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28865e-18 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2842  hypothetical protein  32.73 
 
 
125 aa  63.9  7e-10  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.578199  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1960  S23 ribosomal protein  34.82 
 
 
122 aa  63.9  7e-10  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.330866 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1949  S23 ribosomal protein  33.93 
 
 
122 aa  63.2  1e-09  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.512605 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1940  S23 ribosomal protein  33.93 
 
 
122 aa  63.2  1e-09  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0249687  normal  0.793802 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0039  S23 ribosomal  43.82 
 
 
121 aa  63.2  1e-09  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.746441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1770  hypothetical protein  35.29 
 
 
119 aa  62.4  2e-09  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00388506  normal  0.0836423 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2263  hypothetical protein  39.33 
 
 
128 aa  62.4  2e-09  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00175463  decreased coverage  0.000429969 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1396  hypothetical protein  36.36 
 
 
119 aa  61.6  3e-09  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4127  hypothetical protein  31.86 
 
 
113 aa  61.2  4e-09  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1864  S23 ribosomal protein  30.36 
 
 
123 aa  60.5  8e-09  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.508556  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2542  hypothetical protein  30.91 
 
 
117 aa  59.7  1e-08  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0834  S23 ribosomal protein  33.04 
 
 
122 aa  59.7  1e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.530691  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3192  hypothetical protein  28.45 
 
 
117 aa  59.3  2e-08  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1793  hypothetical protein  33.33 
 
 
127 aa  59.3  2e-08  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1383  hypothetical protein  30.91 
 
 
117 aa  58.9  2e-08  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2670  hypothetical protein  31.82 
 
 
131 aa  58.5  3e-08  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2821  hypothetical protein  32 
 
 
127 aa  57.8  5e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3034  S23 ribosomal protein  30.97 
 
 
119 aa  57.4  7e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1316  hypothetical protein  28.45 
 
 
117 aa  57  8e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0254819 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0809  S23 ribosomal protein  39.76 
 
 
134 aa  55.5  3e-07  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0863  S23 ribosomal protein  33.33 
 
 
104 aa  54.7  4e-07  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2787  hypothetical protein  30.17 
 
 
118 aa  54.3  5e-07  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  1.22053e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2144  hypothetical protein  30.36 
 
 
121 aa  52.4  2e-06  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1181  S23 ribosomal protein  28.45 
 
 
122 aa  52.4  2e-06  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2487  S23 ribosomal protein  30.09 
 
 
130 aa  52.4  2e-06  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.119233 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4428  glutamine--scyllo-inositol transaminase  33.93 
 
 
583 aa  51.2  4e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3212  S23 ribosomal protein  27.87 
 
 
124 aa  51.6  4e-06  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.69732  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1137  hypothetical protein  30.95 
 
 
124 aa  49.7  1e-05  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3035  S23 ribosomal  31.76 
 
 
109 aa  48.9  2e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.964559  hitchhiker  0.00587494 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3761  S23 ribosomal protein  30 
 
 
127 aa  49.7  2e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1160  S23 ribosomal protein  28.93 
 
 
138 aa  48.5  3e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2996  hypothetical protein  26.8 
 
 
118 aa  48.1  4e-05  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0782  S23 ribosomal protein  30.91 
 
 
142 aa  45.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118065  normal  0.653003 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1554  S23 ribosomal protein  30.53 
 
 
136 aa  42.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4775  hypothetical protein  26.21 
 
 
120 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.39699 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0795  S23 ribosomal protein  34.25 
 
 
134 aa  40.8  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.361615  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3459  S23 ribosomal protein  38.98 
 
 
127 aa  40.4  0.009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>