More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0443 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.96 
 
 		 1342 aa  1053    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.105802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4008  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.96 
 
 		 1342 aa  1053    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0589  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.48 
 
 		 1252 aa  1129    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0603  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.8 
 
 		 1272 aa  656    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.14 
 
 		 1370 aa  1112    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0447  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.81 
 
 		 1357 aa  1030    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.4615  unclonable  0.00000104807 
 
 
-
 
NC_002950  PG0394  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.82 
 
 		 1269 aa  1040    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2421  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.5 
 
 		 1167 aa  719    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.142717  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1066  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.08 
 
 		 1358 aa  1104    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369234  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta/beta'  40.91 
 
 		 2837 aa  797    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3034  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.69 
 
 		 1368 aa  1049    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0207324 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4769  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.7 
 
 		 1342 aa  1046    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  39.91 
 
 		 1378 aa  957    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.28 
 
 		 1377 aa  1079    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.57 
 
 		 1345 aa  1025    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0619  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.75 
 
 		 1357 aa  1026    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.739155  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0387  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.92 
 
 		 1368 aa  1050    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0362  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.68 
 
 		 1368 aa  1050    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4555  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.75 
 
 		 1357 aa  1027    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00695009 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1887  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.32 
 
 		 1372 aa  1051    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.84 
 
 		 1427 aa  892    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0286177 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4463  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.82 
 
 		 1343 aa  1046    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3897  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.18 
 
 		 1374 aa  1060    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.741595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.68 
 
 		 1368 aa  1051    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.544144  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.29 
 
 		 1380 aa  991    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.410065  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0398  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  44.42 
 
 		 1359 aa  1070    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0653652  normal  0.0371296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.02 
 
 		 1380 aa  1128    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.47 
 
 		 1372 aa  1078    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.746649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3786  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.28 
 
 		 1368 aa  1063    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2331  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  44.31 
 
 		 1359 aa  1078    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5086  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.21 
 
 		 1357 aa  1030    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0807983  normal  0.53434 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1699  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.18 
 
 		 1377 aa  1079    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.13 
 
 		 1368 aa  1111    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.46808  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.35 
 
 		 1368 aa  1057    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1962  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.61 
 
 		 1301 aa  1107    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.768715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.96 
 
 		 1374 aa  1051    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0357  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.89 
 
 		 1300 aa  1113    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.78 
 
 		 1358 aa  1053    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.982891  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0619  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.75 
 
 		 1370 aa  1108    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000502856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2997  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.54 
 
 		 1375 aa  1079    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0288  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.44 
 
 		 1352 aa  1050    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0353  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  39.62 
 
 		 1381 aa  942    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3640  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.24 
 
 		 1370 aa  1049    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0476328 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0509  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  39.84 
 
 		 1378 aa  953    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000831874  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0759  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.54 
 
 		 1357 aa  1091    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2695  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.84 
 
 		 1393 aa  1113    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3076  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.21 
 
 		 1368 aa  1065    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.62 
 
 		 1422 aa  1111    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657994  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0865  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.76 
 
 		 1381 aa  1059    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.75 
 
 		 1390 aa  1107    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.71 
 
 		 1392 aa  1071    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0678  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  40.83 
 
 		 1358 aa  934    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.299005  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0952  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.17 
 
 		 1380 aa  993    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0568  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.07 
 
 		 1385 aa  1052    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.941099 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.22 
 
 		 1350 aa  1040    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.115444  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0924  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.72 
 
 		 1361 aa  1048    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.235944  hitchhiker  0.0000468436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.93 
 
 		 1373 aa  1116    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0272  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.46 
 
 		 1390 aa  1043    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4442  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.87 
 
 		 1370 aa  1050    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0306  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.72 
 
 		 1368 aa  1056    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.76 
 
 		 1343 aa  1046    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0257445  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.89 
 
 		 1374 aa  1113    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.22 
 
 		 1358 aa  1064    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.431195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.87 
 
 		 1380 aa  1123    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.4 
 
 		 1372 aa  1055    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0502999 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3334  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.87 
 
 		 1368 aa  1053    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0502  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  42.96 
 
 		 1340 aa  1040    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.60191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4676  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.75 
 
 		 1489 aa  1036    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.765247  hitchhiker  0.00735061 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.34 
 
 		 1379 aa  1081    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.31 
 
 		 1392 aa  1085    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.792933  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2767  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.35 
 
 		 1368 aa  1056    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0571  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.24 
 
 		 1383 aa  1101    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00509146  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.03 
 
 		 1342 aa  1019    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.487208  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1819  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.63 
 
 		 1379 aa  1132    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.39 
 
 		 1291 aa  1041    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.4 
 
 		 1234 aa  643    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.4 
 
 		 1234 aa  643    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.86 
 
 		 1342 aa  1056    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.16 
 
 		 1346 aa  1036    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428905 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.91 
 
 		 1325 aa  1041    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.167231  hitchhiker  0.000258915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0187  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.71 
 
 		 1345 aa  1041    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.248481  normal  0.0219546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0451  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.03 
 
 		 1355 aa  1078    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.91 
 
 		 1343 aa  1050    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.683785  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1914  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.28 
 
 		 1368 aa  1063    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0417426  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1802  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.75 
 
 		 1357 aa  1088    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.817598  normal  0.172687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0259  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.35 
 
 		 1368 aa  1057    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.84046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.43 
 
 		 1357 aa  1040    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338261 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3451  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.55 
 
 		 1375 aa  1041    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.335108  normal  0.221972 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.97 
 
 		 1193 aa  638    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.35 
 
 		 1368 aa  1056    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1549  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  44.95 
 
 		 1370 aa  1114    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0840  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  44.55 
 
 		 1360 aa  1104    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00386613 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.78 
 
 		 1345 aa  1041    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.409883  hitchhiker  0.000180599 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3178  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.28 
 
 		 1368 aa  1064    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0399618  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1316  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  39.77 
 
 		 1379 aa  958    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0378497  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0673  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.91 
 
 		 1499 aa  889    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0233  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.66 
 
 		 1312 aa  1109    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0747  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.34 
 
 		 1382 aa  1087    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712795  decreased coverage  0.00979449 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0206  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.79 
 
 		 1342 aa  1032    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.255589  hitchhiker  0.000288245 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2264  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.1 
 
 		 1370 aa  1044    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>