More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0438 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0438  transcription termination/antitermination factor NusG  100 
 
 		 204 aa  418  1e-116  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  41.12 
 
 		 194 aa  164  6.9999999999999995e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3872  NusG antitermination factor  41.53 
 
 		 188 aa  163  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  43.68 
 
 		 194 aa  162  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4536  transcription antitermination protein nusG  38.27 
 
 		 197 aa  161  7e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.151972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3251  NusG antitermination factor  41.48 
 
 		 196 aa  160  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3902  transcription antitermination protein nusG  41.48 
 
 		 196 aa  160  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  39.36 
 
 		 188 aa  159  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3597  NusG antitermination factor  38.42 
 
 		 202 aa  158  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.259347  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0505  NusG antitermination factor  38.02 
 
 		 194 aa  158  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0583  NusG antitermination factor  40.91 
 
 		 203 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  39.59 
 
 		 194 aa  156  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3456  transcription antitermination protein NusG  40.11 
 
 		 192 aa  155  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.147926  normal  0.436073 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  42.77 
 
 		 177 aa  155  4e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  39.09 
 
 		 194 aa  154  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4447  transcription antitermination protein nusG  37.13 
 
 		 199 aa  154  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0158403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2259  NusG antitermination factor  37.56 
 
 		 212 aa  154  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  42.61 
 
 		 176 aa  153  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2167  transcription antitermination protein nusG  42.77 
 
 		 176 aa  153  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  41.04 
 
 		 187 aa  152  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  39.88 
 
 		 176 aa  153  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1544  NusG antitermination factor  43.18 
 
 		 180 aa  151  5e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.52343  normal  0.525349 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2868  transcription antitermination protein NusG  43.35 
 
 		 175 aa  151  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.157482  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  41.48 
 
 		 176 aa  151  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3645  NusG antitermination factor  39.2 
 
 		 198 aa  151  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.56368 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3340  NusG antitermination factor  43.18 
 
 		 175 aa  150  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0014891 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0921  NusG antitermination factor  43.18 
 
 		 175 aa  150  8e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  42.37 
 
 		 177 aa  151  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  42.37 
 
 		 177 aa  150  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3434  transcription antitermination protein NusG  39.46 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00962421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2772  transcription antitermination protein NusG  39.46 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.268118  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0314  transcription antitermination protein NusG  39.46 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007649  normal  0.212857 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0254  transcription antitermination protein NusG  39.46 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345322  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0236  transcription antitermination protein NusG  39.46 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176958  normal  0.0127315 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0335  transcription antitermination protein NusG  39.46 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00697763  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0263  transcription antitermination protein NusG  39.46 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00191516  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0307  transcription antitermination protein NusG  40.8 
 
 		 177 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000168566  normal  0.0486415 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2871  transcription antitermination protein NusG  40.8 
 
 		 181 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0267  transcription antitermination protein nusG  40.45 
 
 		 179 aa  149  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00185967  hitchhiker  0.0014194 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3464  transcription antitermination protein NusG  38.38 
 
 		 185 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00605291  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2646  transcription antitermination protein NusG  38.38 
 
 		 185 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00341422  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3350  transcription antitermination protein NusG  38.51 
 
 		 177 aa  149  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.309973  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  40.34 
 
 		 176 aa  149  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1334  NusG antitermination factor  43.35 
 
 		 175 aa  149  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0792615  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1909  transcription antitermination protein NusG  38.38 
 
 		 185 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000000000847824  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3183  transcription antitermination protein NusG  38.38 
 
 		 185 aa  149  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000738018  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2853  transcription antitermination protein NusG  37.84 
 
 		 185 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0969707  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3759  transcription antitermination protein NusG  38.38 
 
 		 185 aa  148  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000163041  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3791  transcription antitermination protein NusG  38.38 
 
 		 185 aa  148  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000837051  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  40.91 
 
 		 176 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3821  transcription antitermination protein NusG  38.38 
 
 		 185 aa  148  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0635584  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3081  transcription antitermination protein NusG  38.38 
 
 		 185 aa  148  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106863  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3039  transcription antitermination protein NusG  40.8 
 
 		 194 aa  148  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  38.33 
 
 		 180 aa  148  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  38.07 
 
 		 176 aa  148  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  40.68 
 
 		 177 aa  148  6e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  39.66 
 
 		 182 aa  147  7e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1046  NusG antitermination factor  41.67 
 
 		 189 aa  148  7e-35  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000000149181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3657  transcription antitermination protein NusG  37.84 
 
 		 185 aa  147  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00011215  hitchhiker  0.000000822613 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0301  transcription antitermination protein NusG  37.84 
 
 		 185 aa  147  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00942193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  39.08 
 
 		 182 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  38.92 
 
 		 185 aa  147  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2276  transcription antitermination protein NusG  38.07 
 
 		 176 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136705  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  38.07 
 
 		 176 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1061  transcription antitermination protein NusG  41.24 
 
 		 177 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0756818  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0219  transcription antitermination protein NusG  37.36 
 
 		 183 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  37.5 
 
 		 176 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1526  transcription antitermination protein NusG  38.07 
 
 		 176 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  39.77 
 
 		 176 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0172  NusG antitermination factor  38.12 
 
 		 183 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000325102  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0187  transcription antitermination protein nusG  37.36 
 
 		 183 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000177465  hitchhiker  0.00840518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0182  transcription antitermination protein nusG  37.36 
 
 		 183 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000371558  normal  0.0116836 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0136  NusG antitermination factor  40 
 
 		 183 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0668  NusG antitermination factor  42.77 
 
 		 175 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.652128  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4288  NusG antitermination factor  42.53 
 
 		 177 aa  145  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000127222  hitchhiker  0.00000238714 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  38.15 
 
 		 175 aa  145  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2725  NusG antitermination factor  40.34 
 
 		 181 aa  145  3e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0672465  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3771  NusG antitermination factor  37.36 
 
 		 183 aa  145  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000919  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0742  NusG antitermination factor  39.77 
 
 		 179 aa  145  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0172264 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  37.93 
 
 		 183 aa  145  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1025  transcription antitermination protein NusG  41.48 
 
 		 176 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0614  transcription antitermination protein nusG  42.05 
 
 		 175 aa  145  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000451246 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0187  transcription antitermination protein nusG  37.36 
 
 		 183 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000254051  normal  0.0190585 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  39.2 
 
 		 176 aa  145  6e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  38.51 
 
 		 182 aa  145  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3473  transcription antitermination protein NusG  37.5 
 
 		 176 aa  144  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0158  transcription termination/antitermination factor NusG  39.08 
 
 		 183 aa  144  7.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000171251  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  39.31 
 
 		 176 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4681  transcription antitermination protein nusG  36.41 
 
 		 199 aa  144  9e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000131174  hitchhiker  0.00867825 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0614  transcription antitermination protein NusG  41.24 
 
 		 177 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4560  transcription antitermination protein NusG  41.24 
 
 		 177 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000238123  normal  0.475852 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  40.68 
 
 		 177 aa  144  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  39.2 
 
 		 176 aa  143  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  37.29 
 
 		 201 aa  143  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4702  NusG antitermination factor  37.57 
 
 		 183 aa  143  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000069225  hitchhiker  0.0000042395 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1807  transcription antitermination protein nusG  39.31 
 
 		 177 aa  143  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.379623  normal  0.264433 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0188  NusG antitermination factor  36.78 
 
 		 183 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000173496  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0037  NusG antitermination factor  37.37 
 
 		 190 aa  142  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000759472  hitchhiker  0.0000000000226007 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0041  NusG antitermination factor  39.2 
 
 		 190 aa  142  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000273158  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0707  transcription antitermination protein NusG  42.37 
 
 		 177 aa  142  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0627927  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>