More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0380 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 		 734 aa  669    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.27 
 
 		 711 aa  669    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1133  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 		 699 aa  649    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000984141  unclonable  0.0000000000121656 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 		 711 aa  671    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.36 
 
 		 697 aa  646    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.84 
 
 		 704 aa  648    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000712799  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.43 
 
 		 714 aa  646    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.2 
 
 		 722 aa  642    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.93 
 
 		 710 aa  635    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.29 
 
 		 699 aa  657    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.21 
 
 		 710 aa  671    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 		 712 aa  652    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.86 
 
 		 696 aa  650    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.9 
 
 		 702 aa  640    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.15 
 
 		 714 aa  643    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.21 
 
 		 702 aa  655    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.2 
 
 		 702 aa  659    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.74 
 
 		 712 aa  650    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 		 712 aa  651    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.89 
 
 		 712 aa  651    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.13 
 
 		 711 aa  668    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.86 
 
 		 700 aa  650    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000844924  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.58 
 
 		 699 aa  659    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.25 
 
 		 723 aa  652    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.57 
 
 		 696 aa  671    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.92 
 
 		 715 aa  636    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.62 
 
 		 725 aa  637    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.4 
 
 		 705 aa  652    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.4 
 
 		 705 aa  652    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0042224  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.94 
 
 		 701 aa  647    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.95 
 
 		 696 aa  638    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 718 aa  647    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.8 
 
 		 700 aa  661    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 		 711 aa  669    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.29 
 
 		 695 aa  686    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0783  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.77 
 
 		 701 aa  636    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00491346  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.84 
 
 		 700 aa  648    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.55 
 
 		 699 aa  658    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.78 
 
 		 715 aa  636    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.85 
 
 		 700 aa  650    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000261182  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.14 
 
 		 700 aa  665    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.74 
 
 		 712 aa  649    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.99 
 
 		 699 aa  654    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.35 
 
 		 697 aa  669    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.86 
 
 		 703 aa  650    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.9 
 
 		 715 aa  649    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.74 
 
 		 712 aa  650    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.32 
 
 		 700 aa  636    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 722 aa  647    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.16 
 
 		 701 aa  644    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2415  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.13 
 
 		 730 aa  649    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.556673 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.01 
 
 		 747 aa  653    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.92 
 
 		 721 aa  644    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.49 
 
 		 749 aa  646    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.56 
 
 		 718 aa  648    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.84 
 
 		 690 aa  664    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.93 
 
 		 705 aa  665    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.03 
 
 		 712 aa  652    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.76 
 
 		 717 aa  656    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.3 
 
 		 722 aa  639    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 		 715 aa  639    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.57 
 
 		 714 aa  652    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.19 
 
 		 714 aa  646    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.84 
 
 		 692 aa  664    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.64 
 
 		 701 aa  640    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.57 
 
 		 722 aa  650    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.56 
 
 		 707 aa  639    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 		 711 aa  668    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.74 
 
 		 712 aa  648    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.95 
 
 		 721 aa  641    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.4 
 
 		 712 aa  636    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.22 
 
 		 815 aa  648    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 		 711 aa  669    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.34 
 
 		 711 aa  670    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 		 712 aa  652    Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.4 
 
 		 705 aa  652    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.13 
 
 		 720 aa  648    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.95 
 
 		 696 aa  638    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.43 
 
 		 715 aa  655    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 		 747 aa  635    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.92 
 
 		 721 aa  643    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.3 
 
 		 740 aa  640    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.56 
 
 		 713 aa  646    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 		 711 aa  669    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.35 
 
 		 699 aa  656    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.35 
 
 		 699 aa  656    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.97 
 
 		 720 aa  647    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 698 aa  638    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.01 
 
 		 703 aa  665    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.84 
 
 		 700 aa  649    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.78 
 
 		 714 aa  637    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.66 
 
 		 701 aa  644    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.85 
 
 		 704 aa  657    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000445882  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.57 
 
 		 712 aa  635    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.5 
 
 		 702 aa  677    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.59 
 
 		 699 aa  660    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.72 
 
 		 701 aa  664    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.77 
 
 		 699 aa  648    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.78 
 
 		 714 aa  637    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01307  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.79 
 
 		 704 aa  659    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>