More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0357 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0357  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 537 aa  1089    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.308684  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0921  ribonuclease, Rne/Rng family protein  41.22 
 
 		 808 aa  415  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00650126  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1256  ribonuclease  41.87 
 
 		 792 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000740438  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  41.47 
 
 		 926 aa  402  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2546  ribonuclease E  40.76 
 
 		 806 aa  402  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000147077  hitchhiker  1.1855699999999999e-20 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1831  ribonuclease  41.12 
 
 		 495 aa  405  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0301322 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0756  ribonuclease, Rne/Rng family  40.16 
 
 		 741 aa  397  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000069675  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1756  ribonuclease, Rne/Rng family  39.81 
 
 		 1016 aa  391  1e-107  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000532878  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  39.65 
 
 		 984 aa  389  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  42.58 
 
 		 1035 aa  386  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3013  ribonuclease  38.86 
 
 		 866 aa  388  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000305018  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0712  ribonuclease, Rne/Rng family  41.48 
 
 		 919 aa  387  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  6.98043e-32 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  42.89 
 
 		 1073 aa  386  1e-106  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  41.63 
 
 		 1091 aa  383  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  40.84 
 
 		 1132 aa  384  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  40.64 
 
 		 1132 aa  383  1e-105  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  42.11 
 
 		 782 aa  379  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  42.16 
 
 		 1024 aa  381  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  41.24 
 
 		 1238 aa  382  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  39.96 
 
 		 1065 aa  379  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  41.34 
 
 		 1084 aa  379  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  40.82 
 
 		 1015 aa  379  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2149  RNAse E  41 
 
 		 889 aa  381  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  42.11 
 
 		 782 aa  379  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  41.72 
 
 		 1124 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  40.92 
 
 		 1098 aa  377  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  40.92 
 
 		 1088 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  40.82 
 
 		 1141 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  41.86 
 
 		 1056 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  41.86 
 
 		 1087 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  42.02 
 
 		 1068 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  41.86 
 
 		 1088 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  42.05 
 
 		 1059 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  40.86 
 
 		 1142 aa  377  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  41.97 
 
 		 1096 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  42.05 
 
 		 1111 aa  378  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  40.35 
 
 		 1201 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  41.86 
 
 		 1059 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2439  ribonuclease  40.95 
 
 		 499 aa  375  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0019704  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0715  ribonuclease E  42.18 
 
 		 942 aa  377  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.32082  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  42.05 
 
 		 1068 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  41.86 
 
 		 1059 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  41.86 
 
 		 1087 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  41.88 
 
 		 928 aa  372  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  41.97 
 
 		 1097 aa  375  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  40.43 
 
 		 543 aa  374  1e-102  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  40.64 
 
 		 938 aa  375  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  41.86 
 
 		 1090 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  42.02 
 
 		 1216 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  41.37 
 
 		 688 aa  374  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  40.92 
 
 		 1128 aa  374  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  41.83 
 
 		 1085 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  42.02 
 
 		 1216 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  42.05 
 
 		 1053 aa  375  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  41.86 
 
 		 1090 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  41.86 
 
 		 1088 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  42.02 
 
 		 1216 aa  374  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  41.13 
 
 		 968 aa  374  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  40.7 
 
 		 1070 aa  372  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  41.67 
 
 		 1012 aa  374  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  40.72 
 
 		 1093 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  40.92 
 
 		 1095 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  41.59 
 
 		 1092 aa  375  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  41.55 
 
 		 1014 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  39.52 
 
 		 1004 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  40.49 
 
 		 497 aa  369  1e-101  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  40.35 
 
 		 496 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3278  ribonuclease  37.39 
 
 		 863 aa  369  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.027998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  41.62 
 
 		 764 aa  370  1e-101  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  41.87 
 
 		 1073 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  39.53 
 
 		 1056 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  40.35 
 
 		 496 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  40.72 
 
 		 1154 aa  372  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  40.35 
 
 		 1102 aa  372  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  41 
 
 		 1175 aa  372  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  40.72 
 
 		 1148 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  40.35 
 
 		 1128 aa  372  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  42.48 
 
 		 1072 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  41.9 
 
 		 1048 aa  371  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  40.72 
 
 		 1144 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  41.87 
 
 		 1057 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  40.72 
 
 		 1158 aa  372  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  41.85 
 
 		 1061 aa  365  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  41.85 
 
 		 1061 aa  366  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  41.85 
 
 		 1068 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  41.37 
 
 		 1071 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  41.4 
 
 		 879 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  42.48 
 
 		 1120 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  42.28 
 
 		 1090 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  41.85 
 
 		 1067 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  41.36 
 
 		 1042 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  42.28 
 
 		 1082 aa  369  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  39.26 
 
 		 503 aa  366  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0703  ribonuclease  40.74 
 
 		 752 aa  367  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  41.85 
 
 		 1061 aa  366  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  41.85 
 
 		 1067 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2003  ribonuclease E  41.85 
 
 		 1067 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000122213  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  41.85 
 
 		 1057 aa  365  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  41.85 
 
 		 1061 aa  365  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0409  ribonuclease G  40.58 
 
 		 492 aa  369  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416814  normal  0.138989 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>